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- PDB-6hxp: Structure of citryl-CoA lyase from Hydrogenobacter thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hxp
タイトルStructure of citryl-CoA lyase from Hydrogenobacter thermophilus
要素Citryl-CoA lyase
キーワードLYASE / ATP citrate lyase / central metabolism / acetyl-Coa / citrate shuttle / rTCA cycle / citryl-CoA / lipogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate synthase (unknown stereospecificity) / citrate synthase activity / tricarboxylic acid cycle / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Citrate synthase
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / citrate synthase (unknown stereospecificity)
類似検索 - 構成要素
生物種Hydrogenobacter thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Verstraete, K. / Verschueren, K.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders1524918N ベルギー
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of ATP citrate lyase and the origin of citrate synthase in the Krebs cycle.
著者: Verschueren, K.H.G. / Blanchet, C. / Felix, J. / Dansercoer, A. / De Vos, D. / Bloch, Y. / Van Beeumen, J. / Svergun, D. / Gutsche, I. / Savvides, S.N. / Verstraete, K.
履歴
登録2018年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citryl-CoA lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8724
ポリマ－29,9121
非ポリマー9603
水3,801211
1
A: Citryl-CoA lyase
ヘテロ分子

A: Citryl-CoA lyase
ヘテロ分子

A: Citryl-CoA lyase
ヘテロ分子

A: Citryl-CoA lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,48716
ポリマ－119,6494
非ポリマー3,83912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-11
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_554y,x,-z-11
Buried area31440 Å2
ΔGint-310 kcal/mol
Surface area38400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.596, 130.596, 83.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-448-

HOH

21A-530-

HOH

31A-595-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Citryl-CoA lyase


分子量: 29912.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hydrogenobacter thermophilus (バクテリア)
遺伝子: ccl / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q75VX1
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 45% MPD 0.1 M HEPES pH 7.5 200 mM NH4 acetate Protein sample buffer 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.4 supplemented with 10 mM CoASH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→48 Å / Num. all: 122838 / Num. obs: 63972 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 23.77 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 16.29
反射 シェル解像度: 1.45→1.54 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 19899 / CC1/2: 0.47 / Rrim(I) all: 2.02 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ACL holoenzyme structure from C. limicola

解像度: 1.45→47.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.046 / SU Rfree Blow DPI: 0.047 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.045
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.162 3140 4.91 %RANDOM
Rwork0.145 ---
obs0.146 63952 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.9871 Å20 Å20 Å2
2--3.9871 Å20 Å2
3----7.9743 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.16 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.45→47.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2006 0 58 211 2275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014287HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.037836HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1011SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes47HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes649HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4287HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.7
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion278SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4937SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 248 5.4 %
Rwork0.229 4341 -
all0.23 4589 -
obs--98.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6240.1235-0.36282.1017-0.48160.9347-0.00840.07830.09840.08370.05940.3214-0.1528-0.0501-0.0509-0.02230.00560.0219-0.0858-0.01810.01944.855825.4554-39.7952
21.6286-1.2349-0.88582.23380.53151.230.0116-0.10470.04450.2935-0.0649-0.1269-0.07950.09060.05330.0145-0.0184-0.01070.0097-0.02710.003520.746218.2502-33.4161
31.16620.5431-0.02591.15520.06290.87860.02810.0122-0.14640.05470.018-0.16530.02880.0659-0.0462-0.04150.0052-0.0054-0.0254-0.01340.017210.4102-1.4155-42.569
42.5041-0.54860.32971.2661-0.62373.0676-0.0245-0.5436-0.00140.53960.00950.30830.0733-0.05280.0150.1557-0.04250.02950.0143-0.0033-0.201514.33048.4388-12.6948
54.98540.5583-1.4962.4684-0.49243.6253-0.166-0.3949-0.40440.3091-0.011-0.31080.40060.31680.177-0.0360.0214-0.0547-0.07010.0352-0.121625.04757.6107-23.1565
61.7224-1.16391.33090.1917-2.58362.39620.0531-0.4980.09190.2801-0.0804-0.07230.07750.19150.02720.1362-0.0066-0.09380.05830.0165-0.170123.5827.9537-12.508
70.78890.23040.22091.310.31140.6402-0.0074-0.0392-0.08720.2312-0.0264-0.03480.060.06810.0338-0.0226-0.00270.0047-0.051-0.0099-0.01915.34347.2531-32.5389
80.7427-0.8470.82980.0791-0.46221.2145-0.02910.1245-0.4832-0.24480.1114-0.19020.00760.2333-0.0823-0.08930.02890.0374-0.0483-0.10560.198211.9667-16.9633-49.6563
90.14541.6491-0.22343.74810.28090.3622-0.0291-0.03060.03020.1710.077-0.54340.18240.095-0.04790.01010.0166-0.0393-0.11890.01970.0453-5.9613-32.9625-39.016
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|3 - A|47 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|48 - A|61 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|62 - A|100 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|101 - A|129 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|130 - A|163 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|164 - A|180 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|181 - A|228 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|229 - A|241 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|242 - A|259 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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