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- PDB-6hxq: Structure of citryl-CoA synthetase from Hydrogenobacter thermophilus -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hxq | ||||||
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Title | Structure of citryl-CoA synthetase from Hydrogenobacter thermophilus | ||||||
![]() |
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![]() | LYASE / Citryl-CoA synthesise / ATP citrate lyase / central metabolism / acetyl-Coa / citrate shuttle / rTCA cycle / citryl-CoA / lipogenesis | ||||||
Function / homology | ![]() ATP citrate synthase activity / ATP citrate synthase / ligase activity / catalytic activity / tricarboxylic acid cycle / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Verstraete, K. / Verschueren, K. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of ATP citrate lyase and the origin of citrate synthase in the Krebs cycle. Authors: Verschueren, K.H.G. / Blanchet, C. / Felix, J. / Dansercoer, A. / De Vos, D. / Bloch, Y. / Van Beeumen, J. / Svergun, D. / Gutsche, I. / Savvides, S.N. / Verstraete, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 603.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 507.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6hxhC ![]() 6hxiC ![]() 6hxjC ![]() 6hxkC ![]() 6hxlC ![]() 6hxmC ![]() 6hxnC ![]() 6hxoC ![]() 6hxpC ![]() 6qclC ![]() 6qfbC ![]() 2yv2S ![]() 3ufxS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 38085.227 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: ccsB / Plasmid: pET-DUET / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 47633.625 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: ccsA / Plasmid: pET-DUET / Production host: ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-PGE / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-FLC / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.29 Å3/Da / Density % sol: 62.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 18% PEG4000 20% 2-propanol 0.1 M Na-citrate pH 5.6 Protein sample buffer: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.4 supplemented with 10 mM CoASH |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 25, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.91→47.93 Å / Num. obs: 48328 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 84.77 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 12.83 |
Reflection shell | Resolution: 2.91→3.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 7549 / CC1/2: 0.48 / Rrim(I) all: 2.17 / % possible all: 97.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2yv2, 3ufx Resolution: 2.91→47.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.964 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.181 / SU Rfree Blow DPI: 0.31 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.319
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Displacement parameters | Biso mean: 99.16 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.91→47.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.91→2.99 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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