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Yorodumi- PDB-6hxl: Structure of the citryl-CoA lyase core module of human ATP citrat... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6hxl | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of the citryl-CoA lyase core module of human ATP citrate lyase in complex with citrate and CoASH (space group P21) | ||||||
Components | ATP-citrate synthase | ||||||
Keywords | LYASE / ATP citrate lyase / central metabolism / acetyl-Coa / citrate shuttle / rTCA cycle / citryl-CoA / lipogenesis | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationATP citrate synthase / ATP citrate synthase activity / citrate metabolic process / Fatty acyl-CoA biosynthesis / acetyl-CoA biosynthetic process / ChREBP activates metabolic gene expression / coenzyme A metabolic process / oxaloacetate metabolic process / negative regulation of ferroptosis / cholesterol biosynthetic process ...ATP citrate synthase / ATP citrate synthase activity / citrate metabolic process / Fatty acyl-CoA biosynthesis / acetyl-CoA biosynthetic process / ChREBP activates metabolic gene expression / coenzyme A metabolic process / oxaloacetate metabolic process / negative regulation of ferroptosis / cholesterol biosynthetic process / lipid biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / azurophil granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / ciliary basal body / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.35 Å | ||||||
Authors | Verstraete, K. / Verschueren, K. | ||||||
| Funding support | Belgium, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2019Title: Structure of ATP citrate lyase and the origin of citrate synthase in the Krebs cycle. Authors: Verschueren, K.H.G. / Blanchet, C. / Felix, J. / Dansercoer, A. / De Vos, D. / Bloch, Y. / Van Beeumen, J. / Svergun, D. / Gutsche, I. / Savvides, S.N. / Verstraete, K. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6hxl.cif.gz | 1.6 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6hxl.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6hxl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6hxl_validation.pdf.gz | 6.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6hxl_full_validation.pdf.gz | 6.1 MB | Display | |
| Data in XML | 6hxl_validation.xml.gz | 93.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 6hxl_validation.cif.gz | 133.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/6hxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/6hxl | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6hxhC ![]() 6hxiC ![]() 6hxjC ![]() 6hxkC ![]() 6hxmC ![]() 6hxnC ![]() 6hxoC ![]() 6hxpC ![]() 6hxqC ![]() 6qclC ![]() 6qfbC C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 30008.025 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Before crystallization, the N-terminal sequence MGSSHHHHHHSSGLVPR was removed by thrombin digestion. Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ACLY / Plasmid: pET15b / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 1731 molecules 












| #2: Chemical | ChemComp-COA / #3: Chemical | ChemComp-FLC / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-CAO / | #7: Chemical | ChemComp-EDO / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.84 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 21% PEG8000 0.1 M HEPES pH 7.0 0.15 M ammonium sulphate Protein sample buffer 20 mM HBS, 150 mM NaCl, pH 7.4 supplemented with 50 mM citrate pH 7.4 and 10 mM CoASH |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.00003 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 25, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.35→50 Å / Num. obs: 458935 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/av σ(I): 8.96 / Net I/σ(I): 8.96 |
| Reflection shell | Resolution: 1.35→1.43 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.641 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 71629 / CC1/2: 0.421 / Rpim(I) all: 1.041 / Rrim(I) all: 1.645 / % possible all: 94.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: M. soehngenii ACL structure Resolution: 1.35→47.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.052 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.048 / SU Rfree Blow DPI: 0.049 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.048
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| Displacement parameters | Biso mean: 20.24 Å2
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| Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.35→47.85 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 1.35→1.39 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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