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Yorodumi- PDB-6hxi: Structure of ATP citrate lyase from Methanothrix soehngenii in co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hxi | ||||||
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Title | Structure of ATP citrate lyase from Methanothrix soehngenii in complex with citrate and coenzyme A | ||||||
Components |
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Keywords | LYASE / ATP citrate lyase / central metabolism / acetyl-Coa / citrate shuttle / rTCA cycle / citryl-CoA / lipogenesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information acyltransferase activity, acyl groups converted into alkyl on transfer / acetate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / ATP citrate synthase / ATP citrate synthase activity / lipid metabolic process / lyase activity / nucleotide binding / ATP binding ...acyltransferase activity, acyl groups converted into alkyl on transfer / acetate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / ATP citrate synthase / ATP citrate synthase activity / lipid metabolic process / lyase activity / nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanosaeta concilii (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Verstraete, K. / Verschueren, K. | ||||||
Funding support | Belgium, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2019 Title: Structure of ATP citrate lyase and the origin of citrate synthase in the Krebs cycle. Authors: Verschueren, K.H.G. / Blanchet, C. / Felix, J. / Dansercoer, A. / De Vos, D. / Bloch, Y. / Van Beeumen, J. / Svergun, D. / Gutsche, I. / Savvides, S.N. / Verstraete, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6hxi.cif.gz | 833 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6hxi.ent.gz | 710.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6hxi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/6hxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/6hxi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6hxhC 6hxjC 6hxkC 6hxlC 6hxmC 6hxnC 6hxoC 6hxpC 6hxqC 6qclC 6qfbC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 47307.359 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: ACL-A subunit of the heteromeric ACL-A/B ATP citrate lyase Source: (gene. exp.) Methanosaeta concilii (archaea) / Plasmid: pET11a / Details (production host): Bicistronic construct / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0W8FB26, ATP citrate synthase #2: Protein | Mass: 69192.578 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: ACL-B subunit of the heteromeric ACL-A/B ATP citrate lyase Source: (gene. exp.) Methanosaeta concilii (archaea) / Plasmid: pET11a / Details (production host): Bicistronic construct / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A0A1V4VDZ9, succinate-CoA ligase (ADP-forming) |
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-Non-polymers , 8 types, 737 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PG4 / | #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-SIN / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 14% PEG3350 4% tacsimate pH 8.0 Protein sample buffer: 20 mM citrate pH 6.0, 150 mM NaCl 10 mM CoASH |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.00003 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 25, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→39.1 Å / Num. obs: 138565 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 38.49 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 13.07 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.23 Å / Redundancy: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 21584 / CC1/2: 0.387 / Rrim(I) all: 0.1415 / % possible all: 97.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: ACL structure from C. limicola Resolution: 2.1→30.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.182 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.183 / SU Rfree Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.152
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Displacement parameters | Biso mean: 63.6 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.1→30.75 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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