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- PDB-6hxj: Structure of ATP citrate lyase from Chlorobium limicola in comple... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hxj | ||||||
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Title | Structure of ATP citrate lyase from Chlorobium limicola in complex with citrate and coenzyme A. | ||||||
![]() | (ATP-citrate lyase ...) x 2 | ||||||
![]() | LYASE / ATP citrate lyase / central metabolism / acetyl-Coa / citrate shuttle / rTCA cycle / citryl-CoA / lipogenesis | ||||||
Function / homology | ![]() citrate synthase (unknown stereospecificity) / ATP citrate synthase activity / ATP citrate synthase / acetyl-CoA biosynthetic process / ligase activity / tricarboxylic acid cycle / fatty acid biosynthetic process / lyase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Verstraete, K. / Verschueren, K. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of ATP citrate lyase and the origin of citrate synthase in the Krebs cycle. Authors: Verschueren, K.H.G. / Blanchet, C. / Felix, J. / Dansercoer, A. / De Vos, D. / Bloch, Y. / Van Beeumen, J. / Svergun, D. / Gutsche, I. / Savvides, S.N. / Verstraete, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 4.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 4.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 127.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 172.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6hxhC ![]() 6hxiC ![]() 6hxkC ![]() 6hxlC ![]() 6hxmC ![]() 6hxnC ![]() 6hxoC ![]() 6hxpC ![]() 6hxqC ![]() 6qclC ![]() 6qfbC ![]() 3pffS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-ATP-citrate lyase ... , 2 types, 8 molecules ACEGBDFH
#1: Protein | Mass: 43727.883 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: ACL-A from C. limicola / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 66675.492 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: ACL-B from C. limicola with C-terminal His-tag / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 279 molecules ![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-FLC / #4: Chemical | ChemComp-COA / #5: Chemical | ChemComp-PGE / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 8 Details: 24% PEG Smear High 0.1 M Tris pH 8.0 Protein sample buffer: 20 mM Citrate pH 6.0 150 mM NaCl 10 mM CoASH |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 21, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.58→47.55 Å / Num. obs: 144945 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 76.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 9.15 |
Reflection shell | Resolution: 2.58→2.74 Å / Redundancy: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 22149 / CC1/2: 0.361 / Rrim(I) all: 1.765 / % possible all: 93.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3PFF: Truncated human ATP citrate lyase Resolution: 2.58→47.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU R Cruickshank DPI: 0.463 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.414 / SU Rfree Blow DPI: 0.24 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.249
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Displacement parameters | Biso mean: 93.34 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.58→47.55 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.58→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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