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- PDB-6hxh: Structure of the human ATP citrate lyase holoenzyme in complex wi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hxh | ||||||
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Title | Structure of the human ATP citrate lyase holoenzyme in complex with citrate, coenzyme A and Mg.ADP | ||||||
![]() | ATP-citrate synthase,Human ATP citrate lyase | ||||||
![]() | LYASE / ATP citrate lyase / central metabolism / acetyl-Coa / citrate shuttle / rTCA cycle / citryl-CoA / lipogenesis | ||||||
Function / homology | ![]() ATP citrate synthase activity / ATP citrate synthase / Fatty acyl-CoA biosynthesis / citrate metabolic process / ChREBP activates metabolic gene expression / acetyl-CoA biosynthetic process / oxaloacetate metabolic process / coenzyme A metabolic process / lipid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process ...ATP citrate synthase activity / ATP citrate synthase / Fatty acyl-CoA biosynthesis / citrate metabolic process / ChREBP activates metabolic gene expression / acetyl-CoA biosynthetic process / oxaloacetate metabolic process / coenzyme A metabolic process / lipid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / tricarboxylic acid cycle / fatty acid biosynthetic process / azurophil granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Verstraete, K. / Verschueren, K. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of ATP citrate lyase and the origin of citrate synthase in the Krebs cycle. Authors: Verschueren, K.H.G. / Blanchet, C. / Felix, J. / Dansercoer, A. / De Vos, D. / Bloch, Y. / Van Beeumen, J. / Svergun, D. / Gutsche, I. / Savvides, S.N. / Verstraete, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 2.7 MB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 9.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 265.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 363.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6hxiSC ![]() 6hxjC ![]() 6hxkC ![]() 6hxlC ![]() 6hxmC ![]() 6hxnC ![]() 6hxoC ![]() 6hxpC ![]() 6hxqC ![]() 6qclC ![]() 6qfbC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 115880.508 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: To enable crystallographic studies, a variant of human ACL was produced that lacked a flexible linker region (residues 426 - 487).,To enable crystallographic studies, a variant of human ACL ...Details: To enable crystallographic studies, a variant of human ACL was produced that lacked a flexible linker region (residues 426 - 487).,To enable crystallographic studies, a variant of human ACL was produced that lacked a flexible linker region (residues 426 - 487). Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 64 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-FLC / #5: Chemical | ChemComp-COA / #6: Chemical | ChemComp-ADP / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.41 Å3/Da / Density % sol: 63.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.15 Details: 13.5% PEG3350 0.2 M Na2HPO4 pH 8.15 Protein sample buffer: 20 mM citrate pH 6.0 10 mM CoASH 50 mM Mg.ADP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 10, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999977 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.3→48.46 Å / Num. all: 1319341 / Num. obs: 176777 / % possible obs: 95.4 % / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 105.25 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.201 / Net I/σ(I): 8.38 |
Reflection shell | Resolution: 3.3→3.38 Å / Redundancy: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 98495 / CC1/2: 0.283 / Rrim(I) all: 2.8 / % possible all: 95.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6hxi Resolution: 3.3→48.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Rfactor Rfree error: 0 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.36
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Displacement parameters | Biso mean: 127.4 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 3.3→48.46 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.3→3.39 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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