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- PDB-3ufx: Thermus aquaticus succinyl-CoA synthetase in complex with GDP-Mn2+ -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ufx | ||||||
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Title | Thermus aquaticus succinyl-CoA synthetase in complex with GDP-Mn2+ | ||||||
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![]() | LIGASE / ATP-grasp fold | ||||||
Function / homology | ![]() succinate-CoA ligase (GDP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / GTP binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fraser, M.E. | ||||||
![]() | ![]() Title: Biochemical and structural characterization of the GTP-preferring succinyl-CoA synthetase from Thermus aquaticus. Authors: Joyce, M.A. / Hayakawa, K. / Wolodko, W.T. / Fraser, M.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 509 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 415.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 95 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 134.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 30755.527 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P09143*PLUS, Ligases; Forming carbon-sulfur bonds; Acid-thiol ligases #2: Protein | Mass: 42917.609 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P25126*PLUS, Ligases; Forming carbon-sulfur bonds; Acid-thiol ligases #3: Chemical | ChemComp-GDP / #4: Chemical | ChemComp-MN / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.4 Details: 10% PEG3350, 100 mM MES, 200 mM potassium chloride, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Oct 19, 2005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Kohzu double flat crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1159 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→200 Å / Num. all: 120106 / Num. obs: 120106 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Χ2: 1.514 / Net I/σ(I): 8.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 0.521 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.157 / Cor.coef. Io to Ic: 0.155
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRIES 1JKJ AND 1OI7 Resolution: 2.35→50.994 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.77 / FOM work R set: 0.8085 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.29 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.3 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 139.1 Å2 / Biso mean: 42.4683 Å2 / Biso min: 11.05 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→50.994 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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