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Yorodumi- PDB-4hw6: Crystal structure of an auxiliary nutrient binding protein (BACOV... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hw6 | ||||||
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Title | Crystal structure of an auxiliary nutrient binding protein (BACOVA_00264) from Bacteroides ovatus ATCC 8483 at 1.70 A resolution | ||||||
Components | hypothetical protein, IPT/TIG domain proteinHypothesis | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / putative carbohydrate bindning two domains protein / IPT/TIG domain (PF01833) / 6-beta-propeller / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
Function / homology | Function and homology information TolB, C-terminal domain / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / IPT domain / 6 Propeller / Neuraminidase / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...TolB, C-terminal domain / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / IPT domain / 6 Propeller / Neuraminidase / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Bacteroides ovatus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of a hypothetical protein (BACOVA_00264) from Bacteroides ovatus ATCC 8483 at 1.70 A resolution Authors: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hw6.cif.gz | 720.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hw6.ent.gz | 599.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hw6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/4hw6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/4hw6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Details | CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. |
-Components
#1: Protein | Mass: 49249.457 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides ovatus (bacteria) / Strain: ATCC 8483 / Gene: ZP_02063319.1 / Plasmid: SpeedET / Production host: Escherichia Coli (E. coli) / Strain (production host): PB1 / References: UniProt: A7LR39 #2: Chemical | ChemComp-IOD / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 Details: 2.0M magnesium chloride, 0.1M Sodium Iodide, 0.1M Bicine pH 9.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 0.918401, 0.979338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Sep 20, 2012 / Details: KOHZU: Double Crystal Si(111) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.7→29.894 Å / Num. all: 224161 / Num. obs: 224161 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.7 % / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 8.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: MAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.7→29.894 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 3.267 / SU ML: 0.056 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.084 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 6. IODIDE (IOD) IONS FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION ARE MODELED AND ARE SUPPORTED BY THE ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS. 7. 1,2-ETHANEDIOL (EDO) MOLECULES FROM THE CRYOPROTECTION SOLUTION ARE MODELED.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 149.9 Å2 / Biso mean: 28.5088 Å2 / Biso min: 10.79 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→29.894 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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