PDB-5ao0: Crystal structure of human SAMHD1 (amino acid residues 41-583) bo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ao0

タイトル

Crystal structure of human SAMHD1 (amino acid residues 41-583) bound to ddGTP

要素

DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE SAMHD1

キーワード

HYDROLASE / DEOXYNUCLEOSIDE / DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE / HIV RESTRICTION FACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / tetraspanin-enriched microdomain / dGTPase activity / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.731 Å

データ登録者

Schwefel, D. / Taylor, I.A.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: Phospho-Dependent Regulation of Samhd1 Oligomerisation Couples Catalysis and Restriction.
著者: Arnold, L.H. / Groom, H.C. / Kunzelmann, S. / Schwefel, D. / Caswell, S.J. / Ordonez, P. / Mann, M.C. / Rueschenbaum, S. / Goldstone, D.C. / Pennell, S. / Howell, S.A. / Stoye, J.P. / Webb, M. ...

履歴

登録	2015年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ao0.cif.gz	364 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ao0.ent.gz	296.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ao0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ao0_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ao0_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5ao0_validation.xml.gz	33.9 KB	表示
CIF形式データ	5ao0_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/5ao0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/5ao0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ao1C 5ao2C 5ao3C 5ao4C 3u1nS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ao4-d 5i8q-d 6bo6-1 6qx3-d 4a2l-2 4q7h-d 5fkc-d 2akh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE SAMHD1

B: DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE SAMHD1

ヘテロ分子

133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE SAMHD1

B: DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE SAMHD1

ヘテロ分子

A: DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE SAMHD1

B: DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE SAMHD1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
266 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.173, 163.173, 260.716
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE SAMHD1 / DNTPASE / DENDRITIC CELL-DERIVED IFNG-INDUCED PROTEIN / DCIP / MONOCYTE PROTEIN 5 / MOP-5 / SAM ...DNTPASE / DENDRITIC CELL-DERIVED IFNG-INDUCED PROTEIN / DCIP / MONOCYTE PROTEIN 5 / MOP-5 / SAM DOMAIN AND HD DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / SAMHD1 分子量: 65383.801 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 41-583 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q9Y3Z3
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-DG3 / 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 491.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.71 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 160 MM SUCCINIC ACID, 11% PEG 3350, PH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.73→50 Å / Num. obs: 14005 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.67 % / B_iso Wilson estimate: 96.38 Å² / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 12.23
反射シェル	解像度: 3.73→3.96 Å / 冗長度: 8.26 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 4.37 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U1N

3u1n

解像度: 3.731→49.423 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 27.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2677	703	5 %
R_work	0.2188	-	-
obs	0.2212	13996	98.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.731→49.423 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6779	0	124	3	6906

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7082
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.056	9656
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.038	2516
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1049
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1240

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.7311-4.0191	0.3327	155	0.2494	2465	X-RAY DIFFRACTION	94
4.0191-4.4233	0.2388	138	0.2066	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4233-5.0629	0.2478	130	0.1924	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0629-6.3765	0.2639	139	0.2256	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3765-49.4276	0.2687	141	0.226	2787	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0295	0.0089	-0.0155	0.0137	0.0106	0.0261	-0.1546	-0.0014	0.1388	0.1122	0.0461	-0.0054	0.1768	0.0977	0.0003	0.4302	-0.0775	-0.0262	0.3529	0.1756	0.4687	26.4944	38.4451	27.9149
2	0.0092	0.0033	0.0041	0.0006	0.0031	0.0145	-0.0412	0.2682	0.2133	-0.0262	0.3952	-0.0185	0.1985	-0.0583	-0.0001	0.673	0.0168	-0.0577	0.6378	0.0603	0.4495	42.2813	28.8026	19.574
3	0.0599	0.0257	0.0499	0.0096	0.0051	0.0226	0.0102	0.0695	0.5048	0.0615	0.2185	0.077	-0.1919	-0.2562	0.0002	0.3951	0.0444	0.063	0.4912	0.0642	0.5182	34.0145	47.8512	31.4225
4	0.0465	-0.0501	0.0023	0.0524	0.0041	0.0091	0.0001	-0.0197	0.1494	-0.2108	0.0801	-0.4194	-0.162	0.1679	0.0035	0.521	-0.2032	0.0613	0.9417	0.0793	0.4444	51.3678	38.8259	12.1295
5	-0.0148	0.0035	-0.0032	-0.0002	-0.0048	0.0216	0.0884	0.227	0.2767	-0.1583	-0.1955	0.194	-0.1152	-0.1297	0	0.5233	-0.1295	-0.0142	0.6481	0.2717	0.8915	35.3775	52.5193	18.0855
6	-0.0022	-0.0142	0.0115	0.0145	0.0078	-0.0175	0.0494	0.2278	-0.185	0.031	0.1844	-0.0187	0.0305	0.2722	0.0002	0.5775	-0.0907	0.0265	0.6332	0.0454	0.4816	44.4991	43.7708	31.5191
7	-0.0102	-0.0154	0.0721	-0.0153	0.0345	0.0093	-0.2464	-0.1301	0.2321	0.1609	0.2171	0.1141	0.2393	0.0372	-0	0.4993	-0.0949	-0.0237	0.513	-0.0612	0.7219	47.7105	43.5319	41.0244
8	0.1258	0.0626	0.0152	0.1215	0.0713	0.0425	-0.1969	0.4506	0.3012	-0.241	0.4392	0.0458	0.0285	-0.1202	0.0126	0.598	-0.1505	0.0451	0.8798	-0.0903	0.4035	48.2602	30.8101	6.6429
9	0.0193	-0.0291	0.0247	0.0171	-0.0407	0.025	0.1165	0.1669	0.3388	0.0866	-0.1588	-0.3454	-0.266	0.005	0.0003	0.7196	-0.0868	0.0892	1.0561	-0.2713	0.8147	60.9549	24.8805	11.9098
10	0.0063	0.0104	0.0076	0.005	0.0109	0.0051	-0.1658	0.025	0.1509	0.0529	-0.1442	0.0164	-0.0974	0.0006	-0.0019	0.7693	-0.2241	0.6384	0.7769	-0.1715	0.9001	74.6696	30.9332	8.6097
11	0.2735	0.045	0.0596	0.0001	0.0162	0.0212	-0.0853	-0.1141	-0.0974	0.3499	0.0348	-0.2149	-0.3526	-0.2657	-0.0072	-0.2124	-0.2994	0.1186	0.6343	-0.1783	0.9503	59.5066	39.1178	27.4701
12	0.021	-0.0087	-0.0017	0.0075	-0.0115	-0.0016	0.1482	0.017	0.1865	0.0365	0.0916	-0.0524	-0.06	0.0902	0.0009	1.0069	-0.434	0.2485	2.1692	-0.6933	2.19	77.2485	28.966	16.3601
13	0.1685	0.142	0.0619	0.0467	0.0144	0.1304	0.2925	0.0049	-0.6088	-0.0987	0.58	-0.2287	-0.3579	0.4515	0.6217	0.0711	0.0349	-0.3599	0.4458	-0.3497	0.4721	46.0553	8.2474	27.2324
14	-0.0014	0.0344	-0.0618	0.3976	-0.0473	0.189	0.367	0.5677	-0.4172	-0.3214	-0.2288	-0.3486	0.5876	0.1433	0.5054	0.4227	-0.118	-0.6531	0.3375	-0.7869	-0.2332	38.2824	-1.1319	19.4093
15	0.5562	-0.0703	0.494	0.1963	-0.351	0.6533	0.1288	0.235	-0.321	-0.0568	0.1381	0.0454	0.1197	0.0648	0.8024	0.4078	-0.0437	-0.0989	0.4321	-0.0111	0.4087	29.8398	13.7872	21.8245
16	0.0386	-0.0149	0.0325	-0.0155	-0.0336	0.0439	0.0748	0.0835	-0.1152	0.1512	0.2983	-0.0073	-0.2838	-0.03	0.0069	0.7106	-0.4192	-0.4242	0.406	0.2772	0.8047	5.7651	15.0688	10.8905
17	0.1309	0.0643	-0.1684	-0.0119	-0.1768	0.004	0.2485	-0.0577	0.2287	0.1662	-0.0349	0.2682	0.0965	-0.1302	0.001	0.7614	-0.0899	-0.1984	0.7656	0.1715	0.9793	13.0548	13.2241	23.9453

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 110 THROUGH 138 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 139 THROUGH 163 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 164 THROUGH 205 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 206 THROUGH 232 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 233 THROUGH 291 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 292 THROUGH 323 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 324 THROUGH 372 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 373 THROUGH 435 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 436 THROUGH 469 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'A' AND (RESID 470 THROUGH 494 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'A' AND (RESID 495 THROUGH 558 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'A' AND (RESID 559 THROUGH 582 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 113 THROUGH 205 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 206 THROUGH 309 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 310 THROUGH 469 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 470 THROUGH 494 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'B' AND (RESID 495 THROUGH 583 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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