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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u6x | ||||||
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Title | Human SAMHD1 bound to deoxyribo(C*G*C*C*T)-oligonucleotide | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / SAMHD1 / HIV / restriction factor / innate immunity / dNTPase / deoxyribo-oligonucleotide / phosphorothioate | ||||||
Function / homology | ![]() Nucleotide catabolism / Hydrolases; Acting on ester bonds; Triphosphoric-monoester hydrolases / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / triphosphoric monoester hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / tetraspanin-enriched microdomain / DNA strand resection involved in replication fork processing / deoxyribonucleotide catabolic process ...Nucleotide catabolism / Hydrolases; Acting on ester bonds; Triphosphoric-monoester hydrolases / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / triphosphoric monoester hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / tetraspanin-enriched microdomain / DNA strand resection involved in replication fork processing / deoxyribonucleotide catabolic process / dGTP catabolic process / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / RNA nuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / Interferon alpha/beta signaling / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / protein homotetramerization / defense response to virus / nucleic acid binding / immune response / innate immune response / DNA damage response / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Taylor, A.B. / Bhattacharya, A. / Wang, Z. / Ivanov, D.N. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Nucleic acid binding by SAMHD1 contributes to the antiretroviral activity and is enhanced by the GpsN modification. Authors: Yu, C.H. / Bhattacharya, A. / Persaud, M. / Taylor, A.B. / Wang, Z. / Bulnes-Ramos, A. / Xu, J. / Selyutina, A. / Martinez-Lopez, A. / Cano, K. / Demeler, B. / Kim, B. / Hardies, S.C. / Diaz- ...Authors: Yu, C.H. / Bhattacharya, A. / Persaud, M. / Taylor, A.B. / Wang, Z. / Bulnes-Ramos, A. / Xu, J. / Selyutina, A. / Martinez-Lopez, A. / Cano, K. / Demeler, B. / Kim, B. / Hardies, S.C. / Diaz-Griffero, F. / Ivanov, D.N. | ||||||
History |
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Others | ![]() |
-Validation report
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6u6yC ![]() 6u6zC ![]() 3u1nS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 61740.523 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: D311A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9Y3Z3, Hydrolases; Acting on ester bonds; Triphosphoric-monoester hydrolases #2: DNA chain | Mass: 1520.251 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M sodium tartrate dibasic, 20% polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 24, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97923 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.58→61.66 Å / Num. obs: 65305 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 67.28 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 12.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.58→2.65 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.971 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4856 / CC1/2: 0.619 / Rpim(I) all: 0.684 / % possible all: 97.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3U1N Resolution: 2.58→61.66 Å / SU ML: 0.3274 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.95 / Phase error: 28.9907 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 99.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.58→61.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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