+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u6z | ||||||
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Title | Human SAMHD1 bound to deoxyribo(TG*TTCA)-oligonucleotide | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / SAMHD1 / HIV / restriction factor / innate immunity / dNTPase / deoxyribo-oligonucleotide / phosphorothioate | ||||||
Function / homology | Function and homology information Nucleotide catabolism / Hydrolases; Acting on ester bonds; Triphosphoric-monoester hydrolases / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / triphosphoric monoester hydrolase activity / dATP catabolic process / dGTPase activity / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing ...Nucleotide catabolism / Hydrolases; Acting on ester bonds; Triphosphoric-monoester hydrolases / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / triphosphoric monoester hydrolase activity / dATP catabolic process / dGTPase activity / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing / deoxyribonucleotide catabolic process / regulation of innate immune response / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / RNA nuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / Interferon alpha/beta signaling / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / protein homotetramerization / defense response to virus / nucleic acid binding / immune response / innate immune response / DNA damage response / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Taylor, A.B. / Yu, C.H. / Ivanov, D.N. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Nucleic acid binding by SAMHD1 contributes to the antiretroviral activity and is enhanced by the GpsN modification. Authors: Yu, C.H. / Bhattacharya, A. / Persaud, M. / Taylor, A.B. / Wang, Z. / Bulnes-Ramos, A. / Xu, J. / Selyutina, A. / Martinez-Lopez, A. / Cano, K. / Demeler, B. / Kim, B. / Hardies, S.C. / Diaz- ...Authors: Yu, C.H. / Bhattacharya, A. / Persaud, M. / Taylor, A.B. / Wang, Z. / Bulnes-Ramos, A. / Xu, J. / Selyutina, A. / Martinez-Lopez, A. / Cano, K. / Demeler, B. / Kim, B. / Hardies, S.C. / Diaz-Griffero, F. / Ivanov, D.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6u6z.cif.gz | 831.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6u6z.ent.gz | 606.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6u6z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/6u6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/6u6z | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6u6xSC 6u6yC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 61780.438 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SAMHD1, MOP5 / Plasmid: pET30a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q9Y3Z3, Hydrolases; Acting on ester bonds; Triphosphoric-monoester hydrolases #2: DNA chain | Mass: 1815.281 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.26 M sodium malonate, 20% polyethylene glycol 3350, 0.1 M bis-Tris propane pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Entry-ID: 6U6Z / CC1/2: 0.998
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Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6U6X Resolution: 2.1→68.27 Å / SU ML: 0.2438 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 24.1972
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 65.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→68.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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