PDB-6u6y: Human SAMHD1 bound to ribo(CGCCU)-oligonucleotide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u6y

タイトル

Human SAMHD1 bound to ribo(CGCCU)-oligonucleotide

要素

Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
RNA CGCCU

キーワード

HYDROLASE / SAMHD1 / HIV / restriction factor / innate immunity / dNTPase / ribo-oligonucleotide

機能・相同性

機能・相同性情報

Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / tetraspanin-enriched microdomain / dGTPase activity / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Taylor, A.B. / Bhattacharya, A. / Wang, Z. / Ivanov, D.N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Nucleic acid binding by SAMHD1 contributes to the antiretroviral activity and is enhanced by the GpsN modification.
著者: Yu, C.H. / Bhattacharya, A. / Persaud, M. / Taylor, A.B. / Wang, Z. / Bulnes-Ramos, A. / Xu, J. / Selyutina, A. / Martinez-Lopez, A. / Cano, K. / Demeler, B. / Kim, B. / Hardies, S.C. / Diaz- ...

履歴

登録	2019年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u6y.cif.gz	806.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u6y.ent.gz	587.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/6u6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/6u6y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6u6xSC 6u6zC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rxo-2 6g85-d 6u6z-2 6dwy-d 4rxo-1 4q7h-1 6u6z-1 6u6x-1 3u1n-1 6hpd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

E: RNA CGCCU

G: RNA CGCCU

F: RNA CGCCU

H: RNA CGCCU

ヘテロ分子

255 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

E: RNA CGCCU

H: RNA CGCCU

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
128 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

G: RNA CGCCU

F: RNA CGCCU

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
128 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.340, 183.620, 81.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.850, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 / dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM ...dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM domain and HD domain-containing protein 1 / hSAMHD1 分子量: 61740.523 Da / 分子数: 4 / 変異: D311A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMHD1, MOP5 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素
#2: RNA鎖	RNA CGCCU 分子量: 1521.960 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP 分子量: 491.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.6 M NaCl, 0.1 M MES:NaOH pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→75.96 Å / Num. obs: 79766 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 42.97 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.47→2.53 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 1.637 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5855 / CC_1/2: 0.499 / R_pim(I) all: 0.995 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6U6X

6u6x

解像度: 2.47→75.96 Å / SU ML: 0.3527 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.8231

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2349	3815	4.79 %
R_work	0.1803	-	-
obs	0.1828	79670	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.47→75.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14153	197	92	209	14651

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0087	14815
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9878	20034
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0881	2146
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2538
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.2387	5663

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.47-2.5	0.3786	149	0.3191	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.5-2.53	0.3326	167	0.2982	2758	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.53-2.57	0.3347	153	0.2751	2795	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.57-2.61	0.3015	118	0.2687	2809	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.61-2.64	0.3733	151	0.2583	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.64-2.69	0.3262	163	0.2557	2801	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.69-2.73	0.2834	121	0.2457	2849	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.73-2.78	0.289	136	0.2266	2767	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.78-2.83	0.3095	178	0.2275	2808	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.83-2.88	0.2594	138	0.2168	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.88-2.94	0.262	136	0.2147	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.94-3	0.2276	162	0.2038	2810	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3-3.07	0.2801	139	0.209	2837	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.07-3.15	0.2834	149	0.2277	2793	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.15-3.24	0.2898	146	0.2	2795	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.24-3.33	0.2743	153	0.1963	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.44	0.2414	144	0.1818	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.44-3.56	0.2326	147	0.1704	2842	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.56-3.7	0.2246	138	0.173	2828	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.7-3.87	0.2318	145	0.166	2806	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.87-4.08	0.2036	107	0.1455	2854	X-RAY DIFFRACTION	99.76
4.08-4.33	0.1676	161	0.1334	2762	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.33-4.67	0.1775	120	0.126	2830	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.67-5.14	0.1767	107	0.1332	2881	X-RAY DIFFRACTION	99.87
5.14-5.88	0.2186	140	0.1543	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.83
5.88-7.41	0.1718	117	0.178	2868	X-RAY DIFFRACTION	99.97
7.41-75.96	0.1997	130	0.1601	2853	X-RAY DIFFRACTION	99.04

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.25668190874	-0.137472108543	-0.317707492672	1.82154014878	-0.0480545427899	0.515866910006	-0.012663915349	-0.0656334807887	-0.221510865102	0.0281911656486	-0.00532281378467	0.672003726735	0.0248592670198	-0.182439068311	0.0200120724131	0.293962585959	-0.00164317330244	-0.000460764919997	0.343159473338	0.0181151482298	0.555713983419	-39.7332402126	44.3841751655	8.76423013331
2	5.39054428272	1.13511670025	-6.47522642604	1.68917989063	-1.12320630241	7.56862193315	-0.0734375102913	-0.833265273568	-0.658371452257	0.276787879188	-0.196740265843	0.468808304812	0.219951375185	0.461260224789	0.248241335909	0.373664423135	-0.0131955832911	0.0620212080044	0.444378005593	0.0728905010113	0.694162475547	-35.883215251	33.8877638549	12.5247238045
3	2.16214041228	-0.0886472182076	0.060844032123	2.40483205614	0.0181636886455	0.798323221314	-0.0599969893546	-0.162026589158	-0.292760276834	0.157621836304	0.0632347169734	0.0483005371419	0.0602486321626	-0.00920912332793	-0.00191936227107	0.282155119241	0.0147394654342	-0.0226370367273	0.328188321548	0.00829096080373	0.28390370871	-23.8327515491	45.8055395301	12.6490389913
4	0.177529353241	0.925148289669	0.287461519402	6.41618490351	-0.367932883137	6.79468324486	0.436914208148	-0.952344541225	0.467798737851	0.786751731541	0.00264916401903	-0.583336819472	-0.346466758645	0.8205038773	-0.372578870206	0.585792751214	-0.00725222564748	-0.116352278168	0.759892968114	-0.0977358944215	0.451276140989	-6.94614697055	54.524758884	30.4261068365
5	3.66663321632	0.626554351144	1.10070868357	4.73028553671	0.964867552801	1.65844771068	0.20445731684	-0.689644399655	-0.124018879298	0.837919404075	-0.167395993693	-0.125343555662	0.200998429734	0.128624661583	-0.0399840484416	0.504082802881	0.108716687412	-0.0731338340379	0.60354940577	0.0958460014581	0.351922640442	-14.315032151	40.627839176	24.381776901
6	5.95383466035	-0.785061772122	5.62687842468	2.78763727143	0.481184005892	5.86534381105	0.268025335997	-1.77491727809	-2.98061005692	1.23776952583	0.1336541328	-1.115261081	1.01042377236	1.79816222972	-0.320528130079	1.0989217765	0.034254227603	-0.0717422562462	1.22071290762	0.287978831427	1.16303365732	-5.72993707572	41.2609942637	6.4381896382
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29	5.3451777388	4.1719697675	5.27459650831	3.25926683852	4.11283643262	5.19815821132	0.141025566326	0.508569578585	-1.61878870229	0.210143955138	0.0413635538898	-0.248582333134	1.38908430501	-0.339216014511	-0.134489223809	1.54855410297	-0.120510773019	0.124712299523	0.923381019985	0.0169071766894	1.21534588797	-40.6675417058	43.3723069401	-11.9182535071

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 115 through 291 or resname ZN or resname DTP)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 292 through 323 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 324 through 469 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 470 through 494 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 495 through 582 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resid 801 through 804 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 115 through 163 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 164 through 205 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 206 through 291 or resname ZN or resname DTP)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 292 through 323 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 324 through 372 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 373 through 469 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 470 through 548 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 549 through 583 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'G' and (resid 801 through 803 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 114 through 260 or resname ZN or resname DTP)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 261 through 323 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 324 through 482 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 483 through 547 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 548 through 583 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 801 through 803 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 115 through 260 or resname ZN or resname DTP)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 261 through 323 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 324 through 372 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 373 through 449 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 450 through 482 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 483 through 558 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 559 through 582 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'H' and (resid 801 through 804 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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