+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u6y | ||||||
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Title | Human SAMHD1 bound to ribo(CGCCU)-oligonucleotide | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / SAMHD1 / HIV / restriction factor / innate immunity / dNTPase / ribo-oligonucleotide | ||||||
Function / homology | Function and homology information Nucleotide catabolism / Hydrolases; Acting on ester bonds; Triphosphoric-monoester hydrolases / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing ...Nucleotide catabolism / Hydrolases; Acting on ester bonds; Triphosphoric-monoester hydrolases / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / RNA nuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / Interferon alpha/beta signaling / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / defense response to virus / protein homotetramerization / nucleic acid binding / immune response / innate immune response / DNA damage response / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.47 Å | ||||||
Authors | Taylor, A.B. / Bhattacharya, A. / Wang, Z. / Ivanov, D.N. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Nucleic acid binding by SAMHD1 contributes to the antiretroviral activity and is enhanced by the GpsN modification. Authors: Yu, C.H. / Bhattacharya, A. / Persaud, M. / Taylor, A.B. / Wang, Z. / Bulnes-Ramos, A. / Xu, J. / Selyutina, A. / Martinez-Lopez, A. / Cano, K. / Demeler, B. / Kim, B. / Hardies, S.C. / Diaz- ...Authors: Yu, C.H. / Bhattacharya, A. / Persaud, M. / Taylor, A.B. / Wang, Z. / Bulnes-Ramos, A. / Xu, J. / Selyutina, A. / Martinez-Lopez, A. / Cano, K. / Demeler, B. / Kim, B. / Hardies, S.C. / Diaz-Griffero, F. / Ivanov, D.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6u6y.cif.gz | 806.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6u6y.ent.gz | 587.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6u6y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6u6y_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6u6y_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | 6u6y_validation.xml.gz | 63.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6u6y_validation.cif.gz | 88.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/6u6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/6u6y | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6u6xSC 6u6zC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 61740.523 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: D311A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SAMHD1, MOP5 / Plasmid: pET30a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q9Y3Z3, Hydrolases; Acting on ester bonds; Triphosphoric-monoester hydrolases #2: RNA chain | Mass: 1521.960 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-DTP / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% PEG 4000, 0.6 M NaCl, 0.1 M MES:NaOH pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97919 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 26, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97919 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.47→75.96 Å / Num. obs: 79766 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 42.97 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.47→2.53 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.637 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5855 / CC1/2: 0.499 / Rpim(I) all: 0.995 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6U6X Resolution: 2.47→75.96 Å / SU ML: 0.3527 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.8231
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.47→75.96 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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