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- PDB-6h0e: FAB dmCBTAU-22.1 IN COMPLEX WITH TAU PEPTIDE V1088-23 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h0e
タイトルFAB dmCBTAU-22.1 IN COMPLEX WITH TAU PEPTIDE V1088-23
要素
  • (HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1) x 2
  • Microtubule-associated protein tau
キーワードIMMUNE SYSTEM / FAB / Tau peptide / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / negative regulation of intracellular transport / mitochondrion transport along microtubule / PKR-mediated signaling / regulation of microtubule-based movement / axon extension / axo-dendritic transport / adult walking behavior / tubulin complex / negative regulation of tubulin deacetylation ...Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / negative regulation of intracellular transport / mitochondrion transport along microtubule / PKR-mediated signaling / regulation of microtubule-based movement / axon extension / axo-dendritic transport / adult walking behavior / tubulin complex / negative regulation of tubulin deacetylation / axoneme / glial cell projection / intracellular transport / positive regulation of axon extension / regulation of cellular response to heat / positive regulation of microtubule polymerization / axonogenesis / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / microtubule cytoskeleton / cell body / growth cone / microtubule binding / microtubule / regulation of autophagy / postsynaptic density / membrane raft / axon / dendrite / DNA damage response / protein kinase binding / enzyme binding / DNA binding / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / : / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Juraszek, J. / Steinbacher, S.
引用ジャーナル: Acta Neuropathol Commun / 年: 2018
タイトル: Enhancement of therapeutic potential of a naturally occurring human antibody targeting a phosphorylated Ser422containing epitope on pathological tau.
著者: van Ameijde, J. / Crespo, R. / Janson, R. / Juraszek, J. / Siregar, B. / Verveen, H. / Sprengers, I. / Nahar, T. / Hoozemans, J.J. / Steinbacher, S. / Willems, R. / Delbroek, L. / Borgers, M. ...著者: van Ameijde, J. / Crespo, R. / Janson, R. / Juraszek, J. / Siregar, B. / Verveen, H. / Sprengers, I. / Nahar, T. / Hoozemans, J.J. / Steinbacher, S. / Willems, R. / Delbroek, L. / Borgers, M. / Dockx, K. / Van Kolen, K. / Mercken, M. / Pascual, G. / Koudstaal, W. / Apetri, A.
履歴
登録2018年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年3月11日Group: Database references / Polymer sequence / カテゴリ: citation / entity_poly
Item: _citation.country / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年10月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1
L: HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1
A: HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1
B: HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1
C: HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1
D: HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1
E: HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1
F: HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1
I: Microtubule-associated protein tau
G: Microtubule-associated protein tau
J: Microtubule-associated protein tau
K: Microtubule-associated protein tau
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,20617
ポリマ－201,74512
非ポリマー4605
水15,583865
1
H: HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1
L: HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1
I: Microtubule-associated protein tau
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5284
ポリマ－50,4363
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
2
A: HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1
B: HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1
K: Microtubule-associated protein tau
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6205
ポリマ－50,4363
非ポリマー1842
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
3
C: HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1
D: HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1
G: Microtubule-associated protein tau
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5284
ポリマ－50,4363
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
4
E: HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1
F: HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1
J: Microtubule-associated protein tau
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5284
ポリマ－50,4363
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.551, 95.502, 108.317
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体
HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1


分子量: 23787.764 Da / 分子数: 4 / 断片: FAB ANTIBODY FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
HUMAN FAB ANTIBODY FRAGMENT OF dmCBTAU-22.1


分子量: 23986.779 Da / 分子数: 4 / 断片: FAB ANTIBODY FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド
Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 2661.729 Da / 分子数: 4 / 断片: FAB ANTIBODY FRAGMENT / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P10637
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 865 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10 % (w/v) PEG8K, 0.10 M Tris/HCl pH=7.0, 0.20 M Mg2Cl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→99.97 Å / Num. obs: 137233 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→99.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 5.675 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.186 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2848 1866 1.4 %RANDOM
Rwork0.22188 ---
obs0.22271 135351 93.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.922 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å2-0 Å20.71 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→99.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13545 0 30 865 14440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01913883
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8011.95618912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.729329381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.17251770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.36923.665543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.822152152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3531574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.22112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02115741
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.023129
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.2444.6627107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.2434.6617106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.1237.8078865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.1237.8088866
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.8715.1356776
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.8715.1356776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.5758.37310047
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.36520.84814659
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.39320.81114453
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 157 -
Rwork0.326 10509 -
obs--98.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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