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- PDB-5myo: Structure of Pyroglutamate-Abeta-specific Fab c#6 in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5myo
タイトルStructure of Pyroglutamate-Abeta-specific Fab c#6 in complex with human Abeta-pE3-12-PEGb
要素
  • Amyloid beta A4 protein
  • Fab c#6 heavy chain
  • Fab c#6 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Alzheimer's disease / pyroglutamate Abeta / monoclonal antibody / fibrillation
機能・相同性
機能・相同性情報


amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / collateral sprouting in absence of injury / growth cone filopodium / microglia development / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / axo-dendritic transport / axon midline choice point recognition ...amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / collateral sprouting in absence of injury / growth cone filopodium / microglia development / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / axo-dendritic transport / axon midline choice point recognition / regulation of synapse structure or activity / hippocampal neuron apoptotic process / astrocyte activation involved in immune response / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / growth factor receptor binding / peptidase activator activity / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of amyloid fibril formation / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / astrocyte projection / Lysosome Vesicle Biogenesis / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / neuron remodeling / nuclear envelope lumen / TRAF6 mediated NF-kB activation / dendrite development / positive regulation of protein metabolic process / signaling receptor activator activity / negative regulation of long-term synaptic potentiation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / transition metal ion binding / The NLRP3 inflammasome / modulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of multicellular organism growth / main axon / intracellular copper ion homeostasis / ECM proteoglycans / response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of T cell migration / regulation of presynapse assembly / neuronal dense core vesicle / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / cellular response to manganese ion / positive regulation of chemokine production / Notch signaling pathway / swimming behavior / neuron projection maintenance / extracellular matrix organization / clathrin-coated pit / positive regulation of mitotic cell cycle / axonogenesis / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of calcium-mediated signaling / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / astrocyte activation / response to interleukin-1 / cellular response to cAMP / regulation of neuron apoptotic process / cellular response to copper ion / positive regulation of glycolytic process / endosome lumen / trans-Golgi network membrane / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein serine/threonine kinase binding / dendritic shaft / positive regulation of long-term synaptic potentiation / learning / central nervous system development / Post-translational protein phosphorylation / adult locomotory behavior / serine-type endopeptidase inhibitor activity / locomotory behavior / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / synapse organization / visual learning / recycling endosome / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of JNK cascade / Golgi lumen / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / response to lead ion / cognition / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cellular response to amyloid-beta / endocytosis / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of inflammatory response / calcium ion transport / Platelet degranulation / regulation of translation / heparin binding / regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Parthier, C. / Piechotta, A. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional analyses of pyroglutamate-amyloid-beta-specific antibodies as a basis for Alzheimer immunotherapy.
著者: Piechotta, A. / Parthier, C. / Kleinschmidt, M. / Gnoth, K. / Pillot, T. / Lues, I. / Demuth, H.U. / Schilling, S. / Rahfeld, J.U. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2017年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年3月11日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab c#6 light chain
B: Fab c#6 heavy chain
C: Fab c#6 light chain
D: Fab c#6 heavy chain
E: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,3049
ポリマ－98,9325
非ポリマー3724
水20,8431157
1
A: Fab c#6 light chain
B: Fab c#6 heavy chain
E: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3576
ポリマ－50,0773
非ポリマー2803
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area20390 Å2
手法PISA
2
C: Fab c#6 light chain
D: Fab c#6 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9473
ポリマ－48,8552
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.774, 65.958, 67.760
Angle α, β, γ (deg.)62.870, 82.930, 84.110
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 E

#3: タンパク質・ペプチド Amyloid beta A4 protein / ABPP / APPI / APP / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Beta-amyloid ...ABPP / APPI / APP / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Beta-amyloid precursor protein / Cerebral vascular amyloid peptide / CVAP / PreA4 / Protease nexin-II / PN-II


分子量: 1222.264 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 674-683 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05067

-
抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 Fab c#6 light chain


分子量: 24169.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab c#6 heavy chain


分子量: 24684.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 1161分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25.5% w/v PEG 4000 15% glycerol 170 mM ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→27.189 Å / Num. obs: 99426 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.807 % / Biso Wilson estimate: 14.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 0.984 / Net I/σ(I): 17.77
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.59-1.691.3610.3332.03101100.45854.3
1.69-1.791.9980.2393.42129940.31588.2
1.79-1.892.0880.1535.4108660.20192.6
1.89-1.992.1660.0998.2790910.12996
1.99-2.492.6230.05915.26275760.07499.3
2.49-2.993.8370.03828.54122110.04499.7
2.99-3.494.7350.02842.4261690.03299.7
3.49-3.994.70.02449.5234660.02799.6
3.99-4.494.7230.02253.6920900.02599.1
4.49-104.6360.02351.9644460.02699.1
10-204.4680.022553700.02595.9
20-304.2430.02254.89370.02686
27.189-30

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 56.15 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å27.19 Å
Translation2.5 Å27.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZEA

1zea


解像度: 1.59→27.189 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.76
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2153 4972 5 %random
Rwork0.1776 ---
obs0.1796 99419 89.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 63.54 Å2 / Biso mean: 20.2986 Å2 / Biso min: 6.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.59→27.189 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6831 0 23 1157 8011
Biso mean--33.71 29.83 -
残基数----888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.869901
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051264
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.0275842
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.59-1.60560.4324290.321754516
1.6056-1.62450.3432750.2653141740
1.6245-1.64430.29371080.2449206259
1.6443-1.66510.3161390.2345263175
1.6651-1.6870.26871550.2362295983
1.687-1.71020.26791580.226300087
1.7102-1.73460.25791660.2216316088
1.7346-1.76050.27771620.2151306089
1.7605-1.7880.30491690.2056322890
1.788-1.81730.25651660.2077314592
1.8173-1.84860.25541740.1996331293
1.8486-1.88220.23351740.1962329894
1.8822-1.91840.24721730.1989328995
1.9184-1.95760.24721770.1983336496
1.9576-2.00010.22261830.1876346897
2.0001-2.04660.21661790.1767341398
2.0466-2.09780.23961830.1776348199
2.0978-2.15450.21691860.17793522100
2.1545-2.21790.21561830.17583486100
2.2179-2.28940.21821860.17823530100
2.2894-2.37120.24351830.17993480100
2.3712-2.46610.21491860.1793539100
2.4661-2.57820.21821860.18453520100
2.5782-2.7140.22451850.18583515100
2.714-2.88390.21121850.17873519100
2.8839-3.10630.20111840.17613500100
3.1063-3.41830.20431840.16393503100
3.4183-3.91170.1751850.1513505100
3.9117-4.92360.15971850.13923515100
4.9236-27.1890.20311840.173348199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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