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- PDB-5myx: Structure of Pyroglutamate-Abeta-specific Fab c#24 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5myx
タイトルStructure of Pyroglutamate-Abeta-specific Fab c#24 in complex with human Abeta-pE3-18
要素
  • Fab c#24 heavy chain
  • Fab c#24 light chain
  • Pyroglutamate-Abeta pE3-18
キーワードIMMUNE SYSTEM / Alzheimer's disease / pyroglutamate Abeta / monoclonal antibody / fibrillation
機能・相同性
機能・相同性情報


amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / collateral sprouting in absence of injury / growth cone filopodium / microglia development / hippocampal neuron apoptotic process / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / axo-dendritic transport ...amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / collateral sprouting in absence of injury / growth cone filopodium / microglia development / hippocampal neuron apoptotic process / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / axo-dendritic transport / axon midline choice point recognition / regulation of synapse structure or activity / astrocyte activation involved in immune response / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / growth factor receptor binding / peptidase activator activity / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of amyloid fibril formation / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / astrocyte projection / Lysosome Vesicle Biogenesis / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / neuron remodeling / nuclear envelope lumen / dendrite development / regulation of multicellular organism growth / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of protein metabolic process / signaling receptor activator activity / negative regulation of long-term synaptic potentiation / transition metal ion binding / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / The NLRP3 inflammasome / modulation of excitatory postsynaptic potential / main axon / intracellular copper ion homeostasis / ECM proteoglycans / response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of T cell migration / regulation of presynapse assembly / Notch signaling pathway / neuronal dense core vesicle / swimming behavior / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of mitotic cell cycle / adult locomotory behavior / cellular response to manganese ion / positive regulation of chemokine production / extracellular matrix organization / positive regulation of calcium-mediated signaling / axonogenesis / neuron projection maintenance / clathrin-coated pit / Mitochondrial protein degradation / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / astrocyte activation / platelet alpha granule lumen / response to interleukin-1 / regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of glycolytic process / cellular response to cAMP / cellular response to copper ion / endosome lumen / trans-Golgi network membrane / positive regulation of interleukin-1 beta production / learning / protein serine/threonine kinase binding / dendritic shaft / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / locomotory behavior / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / visual learning / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / synapse organization / positive regulation of JNK cascade / recycling endosome / response to lead ion / positive regulation of interleukin-6 production / Golgi lumen / cognition / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / endocytosis / calcium ion transport / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / Platelet degranulation / heparin binding / regulation of translation / regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.492 Å
データ登録者Parthier, C. / Piechotta, A. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional analyses of pyroglutamate-amyloid-beta-specific antibodies as a basis for Alzheimer immunotherapy.
著者: Piechotta, A. / Parthier, C. / Kleinschmidt, M. / Gnoth, K. / Pillot, T. / Lues, I. / Demuth, H.U. / Schilling, S. / Rahfeld, J.U. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2017年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年3月11日Group: Atomic model / Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: atom_site / entity_poly / pdbx_nonpoly_scheme
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab c#24 light chain
B: Fab c#24 heavy chain
C: Fab c#24 light chain
D: Fab c#24 heavy chain
E: Pyroglutamate-Abeta pE3-18
F: Pyroglutamate-Abeta pE3-18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,3306
ポリマ－105,3306
非ポリマー00
水26,3381462
1
A: Fab c#24 light chain
B: Fab c#24 heavy chain
E: Pyroglutamate-Abeta pE3-18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6653
ポリマ－52,6653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
2
C: Fab c#24 light chain
D: Fab c#24 heavy chain
F: Pyroglutamate-Abeta pE3-18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6653
ポリマ－52,6653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.611, 95.935, 90.371
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.170, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-525-

HOH

21B-554-

HOH

31C-470-

HOH

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要素

#1: 抗体 Fab c#24 light chain


分子量: 24134.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab c#24 heavy chain


分子量: 26562.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Pyroglutamate residue 1 (PCA) results from post-translational modification of original residue glutamine 1.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Pyroglutamate-Abeta pE3-18


分子量: 1968.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05067*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.13 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% w/v PEG 3000 100 mM sodium citrate pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→47.967 Å / Num. obs: 154382 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.191 % / Biso Wilson estimate: 14.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 18.95
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.49-1.584.0550.6442.17228040.7180.74390
1.58-1.694.170.3973.61237580.870.45699.9
1.69-1.834.1940.2226.39221860.9540.25499.9
1.83-24.2170.11412.08203740.9880.13199.8
2-2.244.2410.06620.25184410.9960.07599.9
2.24-2.584.2520.04627.96163310.9980.05399.9
2.58-3.164.2430.0341137650.9990.03599.8
3.16-4.464.2290.0258.17107200.9990.02399.8
4.46-47.9674.1810.01664.03600310.01999.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å47.97 Å
Translation2.5 Å47.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZEA

1zea


解像度: 1.492→47.967 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2129 7719 5 %
Rwork0.1805 --
obs0.1821 154378 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.56 Å2 / Biso mean: 21.3039 Å2 / Biso min: 5.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.492→47.967 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6845 0 0 1462 8307
Biso mean---31.5 -
残基数----890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057227
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8329887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811106
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2262632
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4915-1.50850.27391370.26832588272552
1.5085-1.52620.30962610.260249625223100
1.5262-1.54480.27342600.246649355195100
1.5448-1.56440.25142610.238449695230100
1.5644-1.5850.25842600.227149405200100
1.585-1.60670.26282610.229749625223100
1.6067-1.62960.24812600.224449385198100
1.6296-1.6540.26692610.217849625223100
1.654-1.67980.26162600.215149435203100
1.6798-1.70740.25482610.209849535214100
1.7074-1.73680.24352610.201749625223100
1.7368-1.76840.21812610.203149515212100
1.7684-1.80240.2432610.193749595220100
1.8024-1.83920.21292620.190649895251100
1.8392-1.87920.24122620.19149735235100
1.8792-1.92290.23722600.188349395199100
1.9229-1.9710.24332620.188849715233100
1.971-2.02430.21192600.181949405200100
2.0243-2.08380.21442610.183349575218100
2.0838-2.15110.21912610.181649745235100
2.1511-2.2280.24072610.17849495210100
2.228-2.31720.21282630.182449965259100
2.3172-2.42260.21862610.176249565217100
2.4226-2.55040.21922600.176249475207100
2.5504-2.71010.20862620.180949815243100
2.7101-2.91940.20482630.177649855248100
2.9194-3.21310.20442630.174150025265100
3.2131-3.67790.19032620.163549765238100
3.6779-4.63310.1652640.144850225286100
4.6331-47.99230.18412670.16350785345100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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