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Yorodumi- PDB-5fgc: Three dimensional structure of broadly neutralizing human anti - ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fgc | ||||||
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Title | Three dimensional structure of broadly neutralizing human anti - Hepatitis C virus (HCV) glycoprotein E2 Fab fragment HC33.8 | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / Fab fragment / neutralizing antibody / Hepatitis C virus E2 | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of hexokinase activity / modulation by virus of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / TBC/RABGAPs / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet ...positive regulation of hexokinase activity / modulation by virus of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / TBC/RABGAPs / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / positive regulation of cytokinesis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / negative regulation of protein secretion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / SH3 domain binding / kinase binding / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral nucleocapsid / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / ribonucleoprotein complex / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / structural molecule activity / host cell plasma membrane / virion membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Hepatitis C virus genotype 1a | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Girard-Blanc, C. / Rey, F.A. / Krey, T. | ||||||
Funding support | France, 1items
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Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2016 Title: Antibody Response to Hypervariable Region 1 Interferes with Broadly Neutralizing Antibodies to Hepatitis C Virus. Authors: Keck, Z.Y. / Girard-Blanc, C. / Wang, W. / Lau, P. / Zuiani, A. / Rey, F.A. / Krey, T. / Diamond, M.S. / Foung, S.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5fgc.cif.gz | 190.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5fgc.ent.gz | 159.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5fgc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/5fgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/5fgc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 2295.511 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Hepatitis C virus genotype 1a (isolate H) References: UniProt: P27958, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases, hepacivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, RNA-directed RNA polymerase |
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#2: Antibody | Mass: 23507.953 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pMT/BiP modified / Cell line (production host): Schneider 2 / Production host: Drosophila (fruit flies) |
#3: Antibody | Mass: 28641.520 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pMT/BiP modified / Cell line (production host): Schneider 2 / Production host: Drosophila (fruit flies) |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 32% PEG 4000 100 mM Tris-HCl pH 8.5 800 mM lithium chloride Crystals obtained using heterologous microseeding. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1.00002 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 6, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00002 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 33283 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 39.81 Å2 / Net I/σ(I): 16.39 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2.02 Å / Redundancy: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique all: 33780 / % possible all: 97.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB Resolution: 1.9→49.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9441 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9283 / SU R Cruickshank DPI: 0.156 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.153 / SU Rfree Blow DPI: 0.142 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.145
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Displacement parameters | Biso mean: 61.65 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.407 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.9→49.57 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→2.01 Å / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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