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万見
- PDB-6glx: Structure of galectin-10 in complex with the Fab fragment of a Ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6glx
タイトルStructure of galectin-10 in complex with the Fab fragment of a Charcot-Leyden crystal solubilizing antibody, 4E8
要素
  • Fab 4E8 - Heavy chain
  • Fab 4E8 - Light chain
  • Galectin-10
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Fab / galectin-10 / autocrystallizing / crystal solubilisation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell cytokine production / T cell apoptotic process / regulation of T cell anergy / : / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins ...Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.396 Å
データ登録者Verstraete, K. / Verschueren, K. / Savvides, S.N.
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Protein crystallization promotes type 2 immunity and is reversible by antibody treatment.
著者: Emma K Persson / Kenneth Verstraete / Ines Heyndrickx / Elien Gevaert / Helena Aegerter / Jean-Michel Percier / Kim Deswarte / Koen H G Verschueren / Ann Dansercoer / Delphine Gras / Pascal ...著者: Emma K Persson / Kenneth Verstraete / Ines Heyndrickx / Elien Gevaert / Helena Aegerter / Jean-Michel Percier / Kim Deswarte / Koen H G Verschueren / Ann Dansercoer / Delphine Gras / Pascal Chanez / Claus Bachert / Amanda Gonçalves / Hanne Van Gorp / Hans De Haard / Christophe Blanchetot / Michael Saunders / Hamida Hammad / Savvas N Savvides / Bart N Lambrecht /
要旨: Although spontaneous protein crystallization is a rare event in vivo, Charcot-Leyden crystals (CLCs) consisting of galectin-10 (Gal10) protein are frequently observed in eosinophilic diseases, such ...Although spontaneous protein crystallization is a rare event in vivo, Charcot-Leyden crystals (CLCs) consisting of galectin-10 (Gal10) protein are frequently observed in eosinophilic diseases, such as asthma. We found that CLCs derived from patients showed crystal packing and Gal10 structure identical to those of Gal10 crystals grown in vitro. When administered to the airways, crystalline Gal10 stimulated innate and adaptive immunity and acted as a type 2 adjuvant. By contrast, a soluble Gal10 mutein was inert. Antibodies directed against key epitopes of the CLC crystallization interface dissolved preexisting CLCs in patient-derived mucus within hours and reversed crystal-driven inflammation, goblet-cell metaplasia, immunoglobulin E (IgE) synthesis, and bronchial hyperreactivity (BHR) in a humanized mouse model of asthma. Thus, protein crystals may promote hallmark features of asthma and are targetable by crystal-dissolving antibodies.
履歴
登録2018年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-10
B: Galectin-10
C: Fab 4E8 - Heavy chain
D: Fab 4E8 - Light chain
H: Fab 4E8 - Heavy chain
L: Fab 4E8 - Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,0236
ポリマ－136,0236
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALLS shows that galectin-10 is a homodimer in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11790 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area50550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.326, 150.449, 94.504
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Galectin-10


分子量: 20628.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Recombinant human galectin-10 was produced with an N-terminal cleavable His-tag (MASTTHHHHHHDTDIPTTGGGSRPDDDDKENLYFQ). Before crystallization experiments, the tag was removed by TEV protease.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05315
#2: 抗体 Fab 4E8 - Heavy chain


分子量: 24747.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab 4E8 - Light chain


分子量: 22635.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium nitrate 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980058 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980058 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.39→50 Å / Num. obs: 15646 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 81.873 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rrim(I) all: 0.219 / Net I/σ(I): 5.09
反射 シェル解像度: 3.39→3.6 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 2489 / CC1/2: 0.365 / Rrim(I) all: 1.07 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LCL

1lcl


解像度: 3.396→46.965 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 42.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 1050 6.72 %
Rwork0.303 --
obs0.3071 15616 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.396→46.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8685 0 0 0 8685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6612161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.3955295
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3958-3.55030.39211260.35541796X-RAY DIFFRACTION98
3.5503-3.73740.43351120.34761868X-RAY DIFFRACTION100
3.7374-3.97140.41821300.34851817X-RAY DIFFRACTION99
3.9714-4.27790.39891380.31361833X-RAY DIFFRACTION99
4.2779-4.7080.38311310.29091819X-RAY DIFFRACTION99
4.708-5.38840.34041460.29011787X-RAY DIFFRACTION98
5.3884-6.78560.33571160.30781828X-RAY DIFFRACTION97
6.7856-46.96990.31671510.26821818X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -50.7527 Å / Origin y: -8.7701 Å / Origin z: 71.7569 Å
111213212223313233
T0.1346 Å2-0.0243 Å20.2126 Å2-0.4982 Å2-0.0427 Å2--0.1543 Å2
L0.6773 °20.2686 °20.1692 °2-0.9112 °2-0.4847 °2--0.9286 °2
S-0.1029 Å °-0.0443 Å °-0.0006 Å °0.0383 Å °0.2074 Å °-0.1813 Å °-0.0768 Å °-0.0722 Å °-0.0711 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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