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- PDB-4u6u: Crystal Structure of the Cog5-Cog7 complex from Kluyveromyces lactis -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4u6u | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Cog5-Cog7 complex from Kluyveromyces lactis | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / multisubunit tethering complex / conserved oligomeric golgi complex / coiled coil / vesicle fusion | ||||||
Function / homology | ![]() Golgi transport complex / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / intra-Golgi vesicle-mediated transport / identical protein binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ha, J.Y. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Cog5-Cog7 crystal structure reveals interactions essential for the function of a multisubunit tethering complex. Authors: Ha, J.Y. / Pokrovskaya, I.D. / Climer, L.K. / Shimamura, G.R. / Kudlyk, T. / Jeffrey, P.D. / Lupashin, V.V. / Hughson, F.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 294.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 245.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 461.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 480 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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Details | The biological unit is a heterodimer. There are two biological units in the asymmetric unit (chains A+B, C+D). |
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Components
#1: Protein | Mass: 8742.904 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 5-80 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 32606.244 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 99-387 / Mutation: E157A, E158A, E177A, E178A, E294A, E295A, E297A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.77 Å3/Da / Density % sol: 74.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: PEG 4000, Tris |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 20, 2012 | ||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 33059 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 28.9 % / Biso Wilson estimate: 92.04 Å2 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 26.5 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 3→3.16 Å / Redundancy: 29.6 % / Rmerge(I) obs: 2.285 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 270.12 Å2 / Biso mean: 111.6023 Å2 / Biso min: 43.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3→48.474 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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