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- PDB-1wiq: STRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, TRIGONAL CRYSTAL FORM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wiq
タイトルSTRUCTURE OF T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4, TRIGONAL CRYSTAL FORM
要素T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4
キーワードGLYCOPROTEIN / IMMUNOGLOBULIN FOLD / TRANSMEMBRANE / T-CELL / MHC LIPOPROTEIN / POLYMORPHISM
機能・相同性
機能・相同性情報


helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / cellular response to ionomycin / response to methamphetamine hydrochloride / T cell selection / MHC class II protein binding / interleukin-15-mediated signaling pathway / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus ...helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / cellular response to ionomycin / response to methamphetamine hydrochloride / T cell selection / MHC class II protein binding / interleukin-15-mediated signaling pathway / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of monocyte differentiation / Alpha-defensins / Nef Mediated CD4 Down-regulation / regulation of T cell activation / response to vitamin D / Other interleukin signaling / extracellular matrix structural constituent / T cell receptor complex / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / macrophage differentiation / T cell differentiation / immunoglobulin binding / Co-inhibition by PD-1 / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of interleukin-2 production / coreceptor activity / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of calcium-mediated signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / protein tyrosine kinase binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / calcium-mediated signaling / Vpu mediated degradation of CD4 / MHC class II protein complex binding / response to estradiol / transmembrane signaling receptor activity / Downstream TCR signaling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / T cell receptor signaling pathway / Clathrin-mediated endocytosis / virus receptor activity / signaling receptor activity / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / response to ethanol / early endosome / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / immune response / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / symbiont entry into host cell / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / enzyme binding / signal transduction / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 ...CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLECULAR REPLACEMENT PLUS ANOMALOUS DIFFRACTION. / 解像度: 5 Å
データ登録者Wu, H. / Kwong, P.D. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Dimeric association and segmental variability in the structure of human CD4.
著者: Wu, H. / Kwong, P.D. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録1996年12月18日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4
B: T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9112
ポリマ－80,9112
非ポリマー00
水00
1
A: T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4551
ポリマ－40,4551
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4551
ポリマ－40,4551
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.000, 126.000, 205.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細THERE ARE TWO MOLECULES PER CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. EACH MOLECULE CONTAINS RESIDUES 1 - 363.

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要素

#1: タンパク質 T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD4 / CD4


分子量: 40455.477 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TRIGONAL CRYSTAL FORM / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01730
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.81 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Kwong, P.D., (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 87, 6423.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.23 %PEG4001drop
2183 mMammonium phosphate1drop
340 mMsodium phosphate1drop
410 mMTris-HCl1drop
53.1 mM1dropNH4Cl
64.0 mg/mlsCD41drop
739.0 %satammonium sulfate1reservoir
8100 mMTris-HCl1reservoir
974 mM1reservoirNH4OH

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 5 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 4289 / % possible obs: 67.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 49.9 % / Rmerge(I) obs: 0.295

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
CCP4データ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
CCP4データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: MOLECULAR REPLACEMENT PLUS ANOMALOUS DIFFRACTION.
解像度: 5→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 --
Rwork0.422 --
obs0.422 4289 67.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5624 0 0 0 5624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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