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万見
- PDB-2z6h: Crystal Structure of Beta-Catenin Armadillo Repeat Region and Its... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z6h
タイトルCrystal Structure of Beta-Catenin Armadillo Repeat Region and Its C-Terminal domain
要素Catenin beta-1
キーワードCELL ADHESION / Beta-Catenin / C-terminal Domain / Activator / Alternative splicing / Cytoplasm / Cytoskeleton / Disease mutation / Nucleus / Phosphorylation / Polymorphism / Structural protein / Transcription / Transcription regulation / Ubl conjugation / Wnt signaling pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / CDH11 homotypic and heterotypic interactions ...positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / neural plate development / metanephros morphogenesis / glial cell fate determination / Regulation of CDH19 Expression and Function / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / regulation of timing of anagen / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / central nervous system vasculogenesis / regulation of centriole-centriole cohesion / RUNX3 regulates WNT signaling / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Regulation of CDH11 function / embryonic axis specification / Specification of the neural plate border / lens morphogenesis in camera-type eye / Scrib-APC-beta-catenin complex / regulation of fibroblast proliferation / beta-catenin-TCF complex / acinar cell differentiation / dorsal root ganglion development / endodermal cell fate commitment / synaptic vesicle clustering / neuron fate determination / proximal/distal pattern formation / Formation of the nephric duct / endothelial tube morphogenesis / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / sympathetic ganglion development / dorsal/ventral axis specification / layer formation in cerebral cortex / presynaptic active zone cytoplasmic component / positive regulation of endothelial cell differentiation / fungiform papilla formation / mesenchymal to epithelial transition / hindbrain development / positive regulation of skeletal muscle tissue development / lung epithelial cell differentiation / positive regulation of determination of dorsal identity / fascia adherens / regulation of protein localization to cell surface / hair cell differentiation / ectoderm development / embryonic foregut morphogenesis / detection of muscle stretch / cellular response to indole-3-methanol / smooth muscle cell differentiation / positive regulation of odontoblast differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / positive regulation of myoblast proliferation / alpha-catenin binding / histone methyltransferase binding / regulation of calcium ion import / regulation of epithelial to mesenchymal transition / Germ layer formation at gastrulation / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / establishment of blood-retinal barrier / flotillin complex / apicolateral plasma membrane / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cranial skeletal system development / cell-cell adhesion mediated by cadherin / male genitalia development / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / Formation of definitive endoderm / regulation of smooth muscle cell proliferation / catenin complex / embryonic brain development / beta-catenin destruction complex / lung-associated mesenchyme development / oocyte development / midbrain dopaminergic neuron differentiation / establishment of blood-brain barrier / Formation of axial mesoderm / negative regulation of protein sumoylation / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated
類似検索 - 分子機能
Beta-catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xing, Y. / Takemaru, K. / Liu, J. / Zheng, J. / Moon, R. / Xu, W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of a Full-Length beta-Catenin
著者: Xing, Y. / Takemaru, K. / Liu, J. / Berndt, J.D. / Zheng, J.J. / Moon, R.T. / Xu, W.
履歴
登録2007年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catenin beta-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4181
ポリマ－70,4181
非ポリマー00
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Catenin beta-1

A: Catenin beta-1

A: Catenin beta-1

A: Catenin beta-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,6714
ポリマ－281,6714
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation3_645-y+1,x-1,z1
crystal symmetry operation4_665y+1,-x+1,z1
Buried area10300 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area83230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.229, 104.229, 259.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Catenin beta-1 / Beta-catenin


分子量: 70417.734 Da / 分子数: 1
断片: Armadillo Repeat Region and C-terminal Domain (UNP residues 138-781)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR / 参照: UniProt: P35222
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M Na Citrate, 0.4M NaCl, 7% JEFFAMINE ED-2001, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 170 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.00723, 1.07156
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.007231
21.071561
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 35615 / Num. obs: 29790 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 33.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2934 / Rsym value: 0.611 / % possible all: 81.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→48.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 369935.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2376 8 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 29783 80.9 %-
all-35615 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.16 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.79 Å20 Å20 Å2
2--2.79 Å20 Å2
3----5.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.28 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4030 0 0 28 4058
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.422.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 243 7.9 %
Rwork0.27 2829 -
obs-2829 51 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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