PDB-6gku: Structure of galectin-10 in complex with the Fab fragment of a Ch...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gku

タイトル

Structure of galectin-10 in complex with the Fab fragment of a Charcot-Leyden crystal solubilizing antibody, 6F5

要素

Fab 6F5 - Heavy Chain
Fab 6F5 - Light chain
Galectin-10

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Non-autocrystallizing / mutant / galectin-10

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell cytokine production / T cell apoptotic process / regulation of T cell anergy / carbohydrate binding / : / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Verstraete, K. / Verschueren, K. / Savvides, S.N.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Protein crystallization promotes type 2 immunity and is reversible by antibody treatment.
著者: Emma K Persson / Kenneth Verstraete / Ines Heyndrickx / Elien Gevaert / Helena Aegerter / Jean-Michel Percier / Kim Deswarte / Koen H G Verschueren / Ann Dansercoer / Delphine Gras / Pascal ...
要旨: Although spontaneous protein crystallization is a rare event in vivo, Charcot-Leyden crystals (CLCs) consisting of galectin-10 (Gal10) protein are frequently observed in eosinophilic diseases, such ...

履歴

登録	2018年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gku.cif.gz	260 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gku.ent.gz	206.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gku.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/6gku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/6gku	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	SASDF86C 6gkqC 6gksC 6gktC 6glwC 6glxC 6qrnC 1lclS 5x4gS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1h81-d 2zr1-d 3ibv-1 1h83-d 1d0a-d 1h86-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-10

H: Fab 6F5 - Heavy Chain

L: Fab 6F5 - Light chain

ヘテロ分子

68 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galectin-10

H: Fab 6F5 - Heavy Chain

L: Fab 6F5 - Light chain

ヘテロ分子

A: Galectin-10

H: Fab 6F5 - Heavy Chain

L: Fab 6F5 - Light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALLS data shows that galectin-10 is a homodimer in solution.
136 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.014, 146.186, 185.697
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-356- HOH
2	1	A-404- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Galectin-10 / Gal-10 / Charcot-Leyden crystal protein / CLC / Eosinophil lysophospholipase / Lysolecithin acylhydrolase 分子量: 20685.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Recombinant human galectin-10 was produced with an N-terminal cleavable His-tag (MASTTHHHHHHDTDIPTTGGGSRPDDDDKENLYFQG). Before crystallization, the His-tag was cleaved by TEV protease. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLC, LGALS10, LGALS10A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05315

#1: タンパク質

Galectin-10 / Gal-10 / Charcot-Leyden crystal protein / CLC / Eosinophil lysophospholipase / Lysolecithin acylhydrolase

分子量: 20685.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Recombinant human galectin-10 was produced with an N-terminal cleavable His-tag (MASTTHHHHHHDTDIPTTGGGSRPDDDDKENLYFQG). Before crystallization, the His-tag was cleaved by TEV protease.
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLC, LGALS10, LGALS10A / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05315

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体	Fab 6F5 - Heavy Chain 分子量: 24206.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Fab 6F5 - Light chain 分子量: 22872.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 825分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 823 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.04 M calcium chloride 0.04 M sodium formate 0.1 M PIPES pH 7.0 8% PEG Smear High

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 63019 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.1 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_rim(I) all: 0.24 / Net I/σ(I): 7.67
反射シェル	解像度: 1.91→2.02 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 9927 / CC_1/2: 0.4 / R_rim(I) all: 2.15 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LCL, 5X4G

1lcl

5x4g

解像度: 1.91→47.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.113 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.129 / SU R_free Blow DPI: 0.12 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.111

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.201	3144	5.02 %	RANDOM
R_work	0.166	-	-	-
obs	0.168	62679	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.4776 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.3098 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.8322 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.91→47.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4341	0	11	845	5197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	4585	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.09	6255	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1521	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		94	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		677	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4585	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.89
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.59
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		595	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		5573	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.91→1.96 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	224	4.9 %
R_work	0.218	4351	-
all	0.22	4575	-
obs	-	-	99.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6079	-0.2622	0.1499	1.135	-0.0023	2.7759	-0.0142	-0.0371	-0.0913	0.0963	0.0978	0.1223	0.26	-0.1585	-0.0836	-0.0117	-0.0667	0.054	-0.0652	-0.0058	0.0135	23.6715	2.9164	36.9129
2	2.7134	0.5916	-0.8504	1.0371	-0.5127	1.4903	-0.0303	0.1215	-0.088	0.1247	0.0184	-0.058	0.0415	0.0155	0.0119	0.0314	-0.0382	0.0454	-0.0383	-0.0185	-0.0027	31.8898	10.209	33.4747
3	1.4853	0.3452	-0.6634	0.4208	-0.9825	1.7005	0.0082	-0.0741	0.1387	0.1263	0.0261	0.1073	-0.1577	-0.1379	-0.0344	0.0338	-0.0249	0.083	-0.0369	-0.0144	0.007	24.4824	16.9557	37.4268
4	0.7756	0.1896	-0.315	0.6256	0.0859	2.2043	-0.0298	0.1172	0.0901	-0.08	0.1008	0.1896	-0.0213	-0.2273	-0.071	-0.0053	-0.0494	0.0472	-0.0476	0.0044	0.0296	22.7684	10.3592	28.8702
5	1.1579	0.2107	0.6514	1.88	2.9104	0.3627	-0.0127	0.0083	-0.1843	-0.0523	0.0069	0.2244	0.0168	-0.0709	0.0058	0.0032	-0.045	0.0331	-0.0582	-0.0044	-0.0037	21.5953	-0.2564	29.0879
6	1.6489	0.8921	-0.9157	1.941	-0.5693	0.8949	0.0731	-0.4308	-0.1206	0.017	-0.1571	-0.081	0.1683	0.3919	0.084	-0.0174	0.0032	0.0012	0.0504	0.0425	-0.0016	56.3231	22.8343	17.6827
7	1.7485	0.7069	-1.1021	0.531	-0.2347	1.3238	0.0218	-0.0615	-0.1351	-0.1023	-0.0534	-0.0103	0.1599	0.0839	0.0315	-0.0014	0.002	0.0239	-0.0453	0.0148	-0.0174	49.4319	22.2547	11.4453
8	0	-0.1457	1.597	0	0.8376	0	-0.0277	-0.0648	0.0268	0.0401	0.1158	-0.1294	0.0251	0.2134	-0.0881	-0.0469	-0.031	0.0335	-0.0293	-0.033	-0.0201	63.8434	35.9862	9.9431
9	3.5256	-0.1807	-0.5601	3.5084	1.1136	3.6983	-0.1427	-0.5442	0.2058	0.5442	0.2183	-0.3555	-0.042	-0.0178	-0.0755	-0.014	0.0399	-0.051	-0.017	-0.0715	-0.1277	63.7497	48.9212	25.4618
10	1.6638	0.5214	2.861	0.0002	-2.1834	4.0077	-0.035	-0.3015	-0.0263	0.0306	-0.011	-0.1317	0.099	0.0818	0.046	0.0847	0.1178	-0.1145	-0.0235	-0.0318	-0.129	70.5074	44.168	26.4883
11	1.8942	0.9385	0.7844	1.2976	-0.7509	2.4945	0.0461	0.1112	0.2556	-0.2402	0.1434	0.4069	0.0628	0.0286	-0.1895	-0.0277	-0.0272	-0.0499	-0.0355	0.015	0.0568	32.6944	40.2196	9.3849
12	2.3669	-0.9059	-0.2537	2.5215	-0.5912	1.6297	-0.0206	-0.0905	-0.0686	-0.038	0.068	0.3628	0.1672	-0.147	-0.0474	-0.0376	-0.0257	0.0121	-0.0548	0.0001	0.0003	35.7376	30.1014	13.3958
13	1.4036	-0.5533	-0.5322	4.2524	0.8117	1.6905	-0.0996	-0.1065	-0.0477	0.1209	0.1129	0.5093	0.104	-0.0225	-0.0132	-0.0982	-0.0166	-0.0037	-0.0699	0.0212	-0.0253	32.9549	34.0109	15.3414
14	6.4562	1.1123	0.0812	4.0804	1.0834	1.1849	0.0005	-0.132	0.0317	0.0464	0.1482	-0.517	-0.0552	0.1968	-0.1487	-0.0738	-0.0525	0.0065	-0.0973	-0.0589	-0.0598	57.9887	59.567	20.4968
15	4.9845	0.2629	-0.572	2.9364	1.136	1.4591	0.0072	0.1969	0.257	-0.2186	0.1457	-0.5401	-0.1816	0.1879	-0.1529	-0.0777	-0.0725	0.025	-0.0621	-0.0518	0.0058	59.3037	59.5904	16.0832
16	0.073	2.9104	0.0381	6.6297	1.3622	0.9957	0.0072	0.028	0.1479	-0.2739	0.1638	-0.2897	-0.206	0.0079	-0.171	0.0185	-0.0827	0.0305	-0.0426	-0.0221	0.0384	58.3369	68.5218	19.8887

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|2 - A\|34 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|35 - A\|57 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|58 - A\|87 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|88 - A\|129 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|130 - A\|141 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ H\|1 - H\|33 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ H\|34 - H\|111 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|112 - H\|127 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ H\|128 - H\|201 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ H\|202 - H\|222 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ L\|1 - L\|23 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|24 - L\|50 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ L\|51 - L\|110 }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ L\|111 - L\|154 }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ L\|155 - L\|191 }
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ L\|192 - L\|214 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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