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Yorodumi- PDB-6glw: Structure of galectin-10 in complex with the Fab fragment of a Ch... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6glw | ||||||
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Title | Structure of galectin-10 in complex with the Fab fragment of a Charcot-Leyden crystal solubilizing antibody, 1D11 | ||||||
Components |
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Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / Fab / galectin-10 / autocrystallizing / crystal solubilisation | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell cytokine production / T cell apoptotic process / regulation of T cell anergy / : / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Lama glama (llama) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Verstraete, K. / Verschueren, K. / Savvides, S.N. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2019 Title: Protein crystallization promotes type 2 immunity and is reversible by antibody treatment. Authors: Emma K Persson / Kenneth Verstraete / Ines Heyndrickx / Elien Gevaert / Helena Aegerter / Jean-Michel Percier / Kim Deswarte / Koen H G Verschueren / Ann Dansercoer / Delphine Gras / Pascal ...Authors: Emma K Persson / Kenneth Verstraete / Ines Heyndrickx / Elien Gevaert / Helena Aegerter / Jean-Michel Percier / Kim Deswarte / Koen H G Verschueren / Ann Dansercoer / Delphine Gras / Pascal Chanez / Claus Bachert / Amanda Gonçalves / Hanne Van Gorp / Hans De Haard / Christophe Blanchetot / Michael Saunders / Hamida Hammad / Savvas N Savvides / Bart N Lambrecht / Abstract: Although spontaneous protein crystallization is a rare event in vivo, Charcot-Leyden crystals (CLCs) consisting of galectin-10 (Gal10) protein are frequently observed in eosinophilic diseases, such ...Although spontaneous protein crystallization is a rare event in vivo, Charcot-Leyden crystals (CLCs) consisting of galectin-10 (Gal10) protein are frequently observed in eosinophilic diseases, such as asthma. We found that CLCs derived from patients showed crystal packing and Gal10 structure identical to those of Gal10 crystals grown in vitro. When administered to the airways, crystalline Gal10 stimulated innate and adaptive immunity and acted as a type 2 adjuvant. By contrast, a soluble Gal10 mutein was inert. Antibodies directed against key epitopes of the CLC crystallization interface dissolved preexisting CLCs in patient-derived mucus within hours and reversed crystal-driven inflammation, goblet-cell metaplasia, immunoglobulin E (IgE) synthesis, and bronchial hyperreactivity (BHR) in a humanized mouse model of asthma. Thus, protein crystals may promote hallmark features of asthma and are targetable by crystal-dissolving antibodies. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6glw.cif.gz | 492.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6glw.ent.gz | 401.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6glw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6glw_validation.pdf.gz | 490.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6glw_full_validation.pdf.gz | 495 KB | Display | |
Data in XML | 6glw_validation.xml.gz | 57.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6glw_validation.cif.gz | 88.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/6glw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/6glw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6gkqC 6gksC 6gktC 6gkuC 6glxC 6qrnC 1lclS 5x4gS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 3 types, 6 molecules ABCHDL
#1: Antibody | Mass: 20628.168 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Recombinant human galectin-10 was produced with an N-terminal cleavable purification tag (MASTTHHHHHHDTDIPTTGGGSRPDDDDKENLYFQ). Before crystallization experiments, the tag was removed by TEV protease. Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CLC, LGALS10, LGALS10A / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q05315 #2: Antibody | Mass: 24601.463 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Cell line (production host): HEK293E / Production host: Homo sapiens (human) #3: Antibody | Mass: 22817.094 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Cell line (production host): HEK293E / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Non-polymers , 3 types, 1537 molecules
#4: Chemical | ChemComp-PG4 / |
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#5: Chemical | ChemComp-ACT / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has protein modification | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M ammonium acetate 0.1 M sodium acetate pH 4.0 15% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.87313 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 27, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.87313 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 107497 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 20.092 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rrim(I) all: 0.234 / Net I/σ(I): 6.72 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2.02 Å / Redundancy: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 16333 / CC1/2: 0.444 / Rrim(I) all: 1.37 / % possible all: 94.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1LCL, 5X4G Resolution: 1.9→27.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.127 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.145 / SU Rfree Blow DPI: 0.134 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.126
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Displacement parameters | Biso mean: 29.83 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.9→27.82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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