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- PDB-2zr1: Agglutinin from Abrus Precatorius -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zr1
タイトルAgglutinin from Abrus Precatorius
要素
  • Agglutinin-1 chain A
  • Agglutinin-1 chain B
キーワードPLANT PROTEIN / RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN / IMMUNOTOXIN / AGGLUTININ ABRIN / Glycoprotein / Hydrolase / Lectin / Plant defense / Protein synthesis inhibitor / Pyrrolidone carboxylic acid / Toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


: / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Abrus precatorius (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cheng, J. / Lu, T.H. / Liu, C.L. / Lin, J.Y.
引用
ジャーナル: J.Biomed.Sci. / 年: 2010
タイトル: A biophysical elucidation for less toxicity of Agglutinin than Abrin-a from the Seeds of Abrus Precatorius in consequence of crystal structure
著者: Cheng, J. / Lu, T.H. / Liu, C.L. / Lin, J.Y.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure-function analysis and insights into the reduced toxicity of Abrus precatorius agglutinin I in relation to abrin
著者: Bagaria, A. / Surendranath, K. / Ramagopal, U.A. / Ramakumar, S. / Karande, A.A.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Primary structure and function analysis of the Abrus precatorius agglutinin A chain by site-directed mutagenesis. Pro(199) Of amphiphilic alpha-helix H impairs protein synthesis inhibitory activity
著者: Liu, C.-L. / Tsai, C.-C. / Lin, S.-C. / Wang, L.-I. / Hsu, C.-I. / Hwang, M.-J. / Lin, J.-Y.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization of agglutinin from the seeds of Abrus precatorius
著者: Panneerselvam, K. / Lin, S.-C. / Liu, C.-L. / Liaw, Y.-C. / Lin, J.-Y. / Lu, T.-H.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of abrin-a at 2.14 A
著者: Tahirov, T.H. / Lu, T.-H. / Liaw, Y.-C. / Chen, Y.-L. / Lin, J.-Y.
履歴
登録2008年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年10月16日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agglutinin-1 chain A
B: Agglutinin-1 chain B
C: Agglutinin-1 chain A
D: Agglutinin-1 chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,0067
ポリマ－117,3424
非ポリマー6643
水3,045169
1
A: Agglutinin-1 chain A
B: Agglutinin-1 chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1144
ポリマ－58,6712
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area20660 Å2
手法PISA
2
C: Agglutinin-1 chain A
D: Agglutinin-1 chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8923
ポリマ－58,6712
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.050, 137.050, 214.424
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Agglutinin-1 chain A / Agglutinin I / AAG-A


分子量: 28664.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Abrus precatorius (マメ科) / 参照: UniProt: Q9M6E9, rRNA N-glycosylase
#2: タンパク質 Agglutinin-1 chain B / Agglutinin I / AAG-B


分子量: 30006.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Abrus precatorius (マメ科) / 参照: UniProt: Q9M6E9
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 6.5% PEG 8000, 1% SODIUM AZIDE, 0.1M TRIS BUFFER, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月19日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→30 Å / Num. obs: 73976 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 50.9 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.47→2.56 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS2.02精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS2.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ABR

1abr


解像度: 2.6→19.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 574723.92 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 6301 10 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 63111 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 221.453 Å2 / ksol: 0.34085 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.81 Å20 Å20 Å2
2--1.81 Å20 Å2
3----3.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å-0.03 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8060 0 42 169 8271
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.871.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.872
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.92.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 1018 9.8 %
Rwork0.211 9375 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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