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- PDB-6cw3: Crystal structure of a yeast SAGA transcriptional coactivator Ada... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cw3
タイトルCrystal structure of a yeast SAGA transcriptional coactivator Ada2/Gcn5 HAT subcomplex, crystal form 2
要素
  • Histone acetyltransferase GCN5
  • Transcriptional adapter 2
  • antibody heavy chain
  • antibody light chain
キーワードGENE REGULATION / Ada2/Gcn5 structure
機能・相同性
機能・相同性情報


ADA complex / SAGA-type complex / histone crotonyltransferase activity / SLIK (SAGA-like) complex / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / histone H3 acetyltransferase activity / rDNA heterochromatin formation / SAGA complex / protein-lysine-acetyltransferase activity / phosphatidylserine binding ...ADA complex / SAGA-type complex / histone crotonyltransferase activity / SLIK (SAGA-like) complex / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / histone H3 acetyltransferase activity / rDNA heterochromatin formation / SAGA complex / protein-lysine-acetyltransferase activity / phosphatidylserine binding / histone acetyltransferase activity / Estrogen-dependent gene expression / histone acetyltransferase complex / chromosome, centromeric region / Ub-specific processing proteases / subtelomeric heterochromatin formation / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / histone reader activity / : / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / chromatin organization / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcriptional adaptor 2 / ADA2-like, zinc finger, ZZ-type / : / Transcriptional adapter 2-alpha-like domain / Histone acetyltransferase GCN5 / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SANT domain profile. / Zinc finger ZZ-type signature. ...Transcriptional adaptor 2 / ADA2-like, zinc finger, ZZ-type / : / Transcriptional adapter 2-alpha-like domain / Histone acetyltransferase GCN5 / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SANT domain profile. / Zinc finger ZZ-type signature. / SANT domain / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Myb-like DNA-binding domain / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Homeobox-like domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional adapter 2 / Histone acetyltransferase GCN5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Sun, J. / Paduch, M. / Kim, S.A. / Kramer, R.M. / Barrios, A.F. / Lu, V. / Luke, J. / Usatyuk, S. / Kossiakoff, A.A. / Tan, S.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM088236 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111651 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U01GM094588 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM072688 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54HG006436 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for activation of SAGA histone acetyltransferase Gcn5 by partner subunit Ada2.
著者: Sun, J. / Paduch, M. / Kim, S.A. / Kramer, R.M. / Barrios, A.F. / Lu, V. / Luke, J. / Usatyuk, S. / Kossiakoff, A.A. / Tan, S.
履歴
登録2018年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年3月4日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: antibody heavy chain
B: antibody light chain
C: antibody heavy chain
D: antibody light chain
F: Histone acetyltransferase GCN5
E: Transcriptional adapter 2
H: Histone acetyltransferase GCN5
G: Transcriptional adapter 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,54912
ポリマ－183,2878
非ポリマー2624
水11,926662
1
A: antibody heavy chain
B: antibody light chain
H: Histone acetyltransferase GCN5
G: Transcriptional adapter 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7746
ポリマ－91,6444
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: antibody heavy chain
D: antibody light chain
F: Histone acetyltransferase GCN5
E: Transcriptional adapter 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7746
ポリマ－91,6444
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.657, 104.061, 166.335
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 FHEG

#3: タンパク質 Histone acetyltransferase GCN5


分子量: 29357.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GCN5, ADA4, SWI9, YGR252W / プラスミド: PST44 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q03330, histone acetyltransferase
#4: タンパク質 Transcriptional adapter 2


分子量: 13858.517 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ADA2, YDR448W, D9461.33 / プラスミド: PST44 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q02336

-
抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 antibody heavy chain


分子量: 25088.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 antibody light chain


分子量: 23338.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 2種, 666分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 662 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM succinic acid pH 7.0, 15% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月26日
放射モノクロメーター: 0.9792 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→104.06 Å / Num. obs: 123142 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 5.7 % / Num. unique obs: 6024 / Rsym value: 1.465 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→88.219 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 6046 4.91 %
Rwork0.2025 116999 -
obs0.2037 123045 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 206.18 Å2 / Biso mean: 62.9619 Å2 / Biso min: 26.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→88.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11171 0 4 662 11837
Biso mean--95.86 58.5 -
残基数----1470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811428
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15815510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481744
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061968
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5124026
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.98-2.00250.34452100.313938644074
2.0025-2.02610.32182160.313738304046
2.0261-2.05080.28021930.293738864079
2.0508-2.07670.30921550.279439104065
2.0767-2.10410.29771960.271638414037
2.1041-2.13290.28311920.250738834075
2.1329-2.16340.27862100.241838654075
2.1634-2.19570.26531860.238338214007
2.1957-2.230.24212060.23738714077
2.23-2.26650.25432080.234938934101
2.2665-2.30560.25732240.232938424066
2.3056-2.34750.25482440.233238104054
2.3475-2.39270.26882070.225538364043
2.3927-2.44150.2521900.225939054095
2.4415-2.49460.2691670.228938934060
2.4946-2.55270.26081810.230439354116
2.5527-2.61650.27231810.224738934074
2.6165-2.68730.24322390.222138684107
2.6873-2.76630.26131940.217738844078
2.7663-2.85560.23651750.220339364111
2.8556-2.95770.23821830.222938884071
2.9577-3.07610.25842330.218338874120
3.0761-3.21610.24012030.215439004103
3.2161-3.38570.2192160.208439204136
3.3857-3.59780.21152160.191438854101
3.5978-3.87560.18432030.188539344137
3.8756-4.26560.18862370.161739254162
4.2656-4.88280.15871790.146839954174
4.8828-6.15170.21341950.177640194214
6.1517-88.3070.25582070.216241804387
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0078-0.22830.07290.7998-0.35140.2292-0.13850.46290.5114-0.2348-0.4109-0.87240.08120.2603-0.05860.4611-0.02140.04530.7421-0.00210.4458124.901238.3888166.8978
21.5677-1.48820.07681.8431-0.02010.14270.03950.2060.1294-0.21620.0081-0.232-0.17490.17390.00040.3839-0.1034-0.00170.51970.05180.3094119.709345.4264169.3973
30.09960.57320.21960.8749-0.5720.67480.17370.2108-1.3329-0.1641-0.0977-0.66950.95430.0372-0.35050.6321-0.13680.04830.5258-0.23050.4839113.3461-0.113177.8572
42.5175-0.3729-0.44912.0414-1.41820.82870.0910.5574-0.3676-0.31040.0061-0.14710.11590.2147-00.38110.00650.04610.523-0.15680.3789118.05169.0989171.2725
53.87281.57170.25952.3158-0.45092.35620.16790.2775-0.0224-0.0865-0.14660.1516-0.19240.1815-0.00390.3427-0.0264-0.05710.4247-0.01610.265599.079340.3828171.1461
60.6446-0.56990.16111.8379-0.51890.6898-0.03930.0824-0.1911-0.09990.03230.07320.09410.0539-00.3112-0.01140.01570.3494-0.03910.3468108.246317.6204182.8912
70.92180.17760.13831.72650.79682.2142-0.13290.2152-0.21920.11490.02720.02840.15370.0974-0.00330.33220.00310.04140.2877-0.04220.4252108.43038.6252185.8996
81.0210.3025-0.28840.0722-0.22030.1281-0.20590.01530.52750.4366-0.0884-0.2216-0.3930.091700.5782-0.012-0.02390.3356-0.07310.4124115.319748.312208.1522
90.2784-0.3564-0.32112.7171-0.5951.6391-0.09690.10050.20240.36390.03310.0038-0.02820.302500.3795-0.0052-0.06510.3168-0.00590.3013122.842741.5578206.9251
100.628-0.4169-0.66640.31450.20020.32670.14450.26660.3374-0.1233-0.0701-0.61740.06290.1433-00.3758-0.0175-0.0830.34470.04750.4888130.573144.1128200.0107
111.20190.2945-0.89081.3505-0.63870.4490.02670.12520.42670.1112-0.0628-0.1159-0.13290.2752-00.4344-0.063-0.07740.3194-0.01440.4114122.528350.0068203.9478
120.72380.743-0.64141.2136-0.09561.2882-0.1641-0.2864-0.10130.40960.1924-0.14270.07880.0793-00.41610.0211-0.10360.2782-0.00360.269123.238235.038210.6035
131.2098-1.07670.20890.70520.16280.5617-0.007-0.09240.31110.1112-0.12430.2917-0.0666-0.122500.36640.00570.06050.28880.01040.373188.456445.9602198.251
141.5075-0.31221.22052.65730.26670.40980.1285-0.1149-0.01420.2851-0.1590.1175-0.1123-0.011200.3758-0.00850.0140.274-0.03260.259988.836740.3435202.9216
150.06570.49-0.01580.8857-0.86780.54950.0592-0.0981.27590.59330.14520.9747-0.1798-0.35520.03990.44450.00960.12070.4752-0.06110.560980.381145.9567205.4223
160.62760.3820.13150.47130.83370.8808-0.21430.3032-0.022-0.55860.27970.2866-0.01450.083-0.00010.4765-0.0422-0.03970.30950.11670.4435108.683525.2862196.862
172.3341.47491.80553.5629-0.31791.4794-0.14910.1667-0.13390.18250.053-0.1292-0.03750.2645-00.35010.0179-0.01740.28370.03140.2752119.654223.7632205.8574
180.18390.14930.12070.07090.18440.0785-0.08460.4046-0.40990.1526-0.0994-0.3560.1407-0.1578-00.35020.05260.01220.29180.020.4851121.915916.2987202.0887
190.44070.56550.84130.68330.71390.890.022-0.1058-0.28480.71870.0559-0.06680.12960.1719-00.43120.03960.0670.28280.03570.3735111.508421.7587206.3431
200.3075-0.3272-0.09740.39440.09960.2734-0.24-0.009-0.16310.00220.11550.02950.1480.1446-00.3694-0.00810.0220.2890.04260.3117109.999125.2385198.7329
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250.884-0.28-0.28790.5011-1.06360.6030.10850.29260.3170.19860.0183-0.4098-0.38670.23780.00070.72770.04120.11120.9010.21170.7402165.84983.7037240.6972
26-0.4057-0.64240.2165-0.1577-0.44930.12770.22380.0978-0.11410.19550.07220.63580.22430.29390.03120.69040.1131-0.16010.72850.17490.7219149.69438.7127226.5349
270.31860.06730.75321.2747-0.02561.54860.49260.0821-0.6736-0.0837-0.2634-0.31780.53490.24340.00190.53450.1563-0.14350.61940.07170.7185144.689713.0896215.8683
283.3384-2.86150.47552.4563-0.40720.2551-1.2672-0.4157-0.58960.11091.8480.0342-0.79171.15380.07871.0283-0.45140.03850.6762-0.14240.8322125.150272.2112172.0293
290.4926-0.4940.12620.29170.0051-0.017-0.2974-0.5014-0.0099-0.30210.12120.1135-0.54370.0703-0.02960.8557-0.24930.0430.7004-0.00160.5191116.908972.6775176.6416
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311.8779-0.08120.25960.70170.12760.03880.13310.06360.1687-0.2649-0.2412-0.3568-0.9981-0.8430.10130.95680.3031-0.02140.74560.0580.4263100.433769.41161.6953
321.05830.4814-0.58690.870.97571.3684-0.2032-0.13420.1539-0.03770.1977-0.11860.205-0.120700.62270.0222-0.22270.4344-0.00210.562574.037381.7563129.8931
332.16540.6377-0.58050.2324-0.21770.25680.1466-1.42371.54040.82060.3822-0.1475-0.3318-0.04840.43780.9323-0.007-0.32370.815-0.29010.697381.626988.6359143.493
340.05630.2450.18980.5894-0.11220.1204-0.3382-0.10150.7567-0.06970.0706-0.2043-0.09330.27600.56450.0177-0.15780.4482-0.11650.73879.231589.9786131.9392
354.07640.6508-0.4430.4976-0.70671.35-0.14990.37250.77281.62760.21670.30.31990.2280.33691.07320.0153-0.1940.3245-0.14010.364781.58376.6838138.2537
362.3473-0.4829-0.78421.93810.1541.12470.0087-0.0325-0.2744-0.1934-0.77060.5285-0.8037-1.5526-1.0771.0130.4303-0.14121.1672-0.08620.517191.954867.2679155.9231
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 20 )A4 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 132 )A21 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 133 through 147 )A133 - 147
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 148 through 227 )A148 - 227
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 91 )B2 - 91
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 92 through 164 )B92 - 164
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 165 through 214 )B165 - 214
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 4 through 20 )C4 - 20
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 21 through 55 )C21 - 55
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 56 through 70 )C56 - 70
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 71 through 94 )C71 - 94
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 95 through 122 )C95 - 122
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 123 through 158 )C123 - 158
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 159 through 201 )C159 - 201
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 202 through 229 )C202 - 229
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 2 through 19 )D2 - 19
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 20 through 62 )D20 - 62
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 63 through 76 )D63 - 76
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 77 through 91 )D77 - 91
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 92 through 114 )D92 - 114
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 115 through 164 )D115 - 164
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 165 through 214 )D165 - 214
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 98 through 191 )F98 - 191
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 192 through 315 )F192 - 315
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 1 through 49 )E1 - 49
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 50 through 80 )E50 - 80
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 81 through 120 )E81 - 120
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 99 through 127 )H99 - 127
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 128 through 188 )H128 - 188
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 189 through 236 )H189 - 236
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'H' and (resid 237 through 279 )H237 - 279
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 280 through 316 )H280 - 316
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 4 through 18 )G4 - 18
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 19 through 49 )G19 - 49
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 50 through 58 )G50 - 58
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 59 through 118 )G59 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る