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- PDB-6c73: Tryptophan synthase Q114A mutant (internal aldimine state) in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c73
タイトルTryptophan synthase Q114A mutant (internal aldimine state) in complex with N-(4'-trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F9F) with cesium ion bound in the metal coordination site
要素(Tryptophan synthase ...) x 2
キーワードLYASE / F9F ligand / cesium ion / mutant beta-Q114A
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-F9F / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. / Fan, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Tryptophan synthase Q114A mutant (internal aldimine state) in complex with N-(4'-trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F9F) with cesium ion bound in the metal coordination site.
著者: Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. / Fan, L.
履歴
登録2018年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32021年9月29日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,47535
ポリマ－71,3162
非ポリマー3,15933
水15,547863
1
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子

A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,95070
ポリマ－142,6334
非ポリマー6,31766
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area8570 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area44630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.609, 58.980, 67.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: trpA, STM1727 / プラスミド: PEBA-10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase
#2: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain


分子量: 42617.480 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q114A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpB, STM1726 / プラスミド: PEBA-10 / 詳細 (発現宿主): mutant Q114A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase

-
非ポリマー , 8種, 896分子

#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-F9F / 2-({[4-(TRIFLUOROMETHOXY)PHENYL]SULFONYL}AMINO)ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / N-(4'-TRIFLUOROMETHOXYBENZENESULFONYL)-2-AMINO-1-ETHYLPHOSPHATE, F9


分子量: 365.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11F3NO7PS
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#8: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 863 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 % / 解説: large plate-like crystal
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 100 mM Bicine-CsOH, pH 7.8, 5-10% PEG8000, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 2 mM F9F
PH範囲: 7.6-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen flow
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年11月7日 / 詳細: VariMax
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. obs: 85206 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 11.917 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.062 / Rsym value: 0.041 / Net I/av σ(I): 12.9 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.65-1.743.40.183.9123230.9610.1350.2530.1899.6
1.74-1.843.40.1265.6117360.0940.1770.12699.9
1.84-1.973.40.097.7110270.0670.1260.09100
1.97-2.133.50.06510.7102850.0490.0930.065100
2.13-2.333.60.04913.894770.0380.0720.049100
2.33-2.613.60.04116.285640.0320.0620.041100
2.61-3.013.70.03916.475800.030.0580.039100
3.01-3.693.70.03617.564610.0260.0510.036100
3.69-5.223.70.02449970.020.0380.024100
5.22-19.813.60.02227560.0230.0440.02298.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.382
最高解像度最低解像度
Rotation19.82 Å1.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP11.6.02位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLM7.2.1データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4HT3

4ht3


解像度: 1.65→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.314 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.1211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1829 4306 5.1 %RANDOM
Rwork0.1383 ---
obs0.1406 80889 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.32 Å2 / Biso mean: 18.708 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5005 0 150 917 6072
Biso mean--27.89 32.15 -
残基数----663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5351.9897552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.755734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5824.163233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.47515921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4091536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214257
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.37335567
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.9375227
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.06456153
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 320 -
Rwork0.225 5862 -
all-6182 -
obs--99.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.12910.04270.0770.33870.03490.17360.01870.01170.0091-0.008-0.01490.0156-0.00510.0018-0.00370.0408-0.00520.0160.02410.0070.044337.860410.02268.8869
20.5457-0.19960.0380.60010.35070.30090.0228-0.1119-0.08290.03640.04640.01660.07670.001-0.06910.0595-0.0025-0.04930.02330.01310.070547.1109-1.597921.7771
30.1731-0.01840.24260.71170.43750.66150.0436-0.02560.01750.0404-0.003-0.08470.0757-0.025-0.04060.04-0.0144-0.01140.04-0.00770.04351.3526.699322.9123
41.892-1.41170.26296.9934-0.69150.07830.0633-0.12810.04960.1986-0.0814-0.1069-0.0139-0.00490.01810.06610.00490.0030.0236-0.01250.037437.417924.479523.1137
53.0183-2.49770.70372.9359-0.13560.4022-0.0906-0.04450.20330.06530.0601-0.1786-0.04650.01050.03050.069-0.02490.00040.0115-0.00650.05749.284624.400321.1961
60.3923-0.0194-0.42770.00150.02020.5001-0.0239-0.0409-0.0397-0.00330.00110.00290.03780.08240.02280.03860.0046-0.01550.06190.00120.040827.836-13.150619.3565
70.0309-0.0416-0.01410.2036-0.13590.1847-0.0241-0.0069-0.00190.00470.0222-0.00930.042-0.04160.00190.0388-0.0055-0.00420.06270.00980.02481.354-17.638127.8067
80.01260.04310.01650.16550.06540.02720.01160.0051-0.00070.0251-0.0069-0.01160.0119-0.0112-0.00460.04540.0055-0.00860.06120.01190.022610.558-8.700630.2135
90.12090.22330.20260.46220.21190.87720.01650.02250.00190.06690.05680.0276-0.13510.0139-0.07320.05640.00870.03820.02790.02050.045914.30877.163232.2552
100.07280.0431-0.02520.11540.1130.196-0.0098-0.0128-0.0177-0.0068-0.0006-0.00770.01430.02040.01040.0429-0.0009-0.00890.04930.00740.032712.8717-11.430421.1607
110.05070.02550.07850.6693-0.19260.2194-0.01130.03250.0128-0.0232-0.01290.01170.00070.04550.02420.04570.00120.00150.04620.00490.03455.9126-4.21097.5083
120.75420.0603-0.17930.8729-0.52790.35250.0523-0.01060.1418-0.0287-0.02260.030.01840.0231-0.02980.0382-0.00450.01010.03270.01820.073820.82483.04098.9535
130.5483-0.3421-0.15360.26250.2020.27850.015-0.01910.0504-0.00650.0283-0.04630.00890.024-0.04330.036-0.00860.00210.05690.00340.027611.2068-4.276711.6063
140.27260.0571-0.00390.0426-0.08650.2465-0.0080.0080.0140.00490.01430.003-0.0329-0.0309-0.00630.04720.002-0.00080.04880.00440.0279-6.387-2.977613.8906
150.13420.19280.13660.29490.18620.53640.014-0.00920.02550.02970.01140.0501-0.0533-0.0567-0.02550.04730.01480.01390.06160.00770.0269-6.9634-0.38418.472
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 159
2X-RAY DIFFRACTION2A160 - 202
3X-RAY DIFFRACTION3A203 - 234
4X-RAY DIFFRACTION4A235 - 247
5X-RAY DIFFRACTION5A248 - 268
6X-RAY DIFFRACTION6B2 - 37
7X-RAY DIFFRACTION7B38 - 70
8X-RAY DIFFRACTION8B71 - 126
9X-RAY DIFFRACTION9B127 - 165
10X-RAY DIFFRACTION10B166 - 244
11X-RAY DIFFRACTION11B245 - 273
12X-RAY DIFFRACTION12B274 - 295
13X-RAY DIFFRACTION13B296 - 322
14X-RAY DIFFRACTION14B323 - 365
15X-RAY DIFFRACTION15B366 - 396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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