[日本語] English
万見
- PDB-6bhj: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase Bound to a 38-mer Hairpi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bhj
タイトルStructure of HIV-1 Reverse Transcriptase Bound to a 38-mer Hairpin Template-Primer RNA-DNA Aptamer
要素
  • (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE ...) x 2
  • 38-MER RNA-DNA Aptamer
キーワードTRANSFERASE/DNA / Human immunodeficiency virus 1 / RNA-directed DNA polymerase / Protein/RNA/DNA / Aptamer / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / Gag-Pol polyprotein / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Ruiz, F.X. / Miller, M.T. / Tuske, S. / Das, K. / Arnold, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIGMS P50 GM103368 米国
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Integrative Structural Biology Studies of HIV-1 Reverse Transcriptase Binding to a High-Affinity DNA Aptamer
著者: Tuske, S. / Zheng, J. / Olson, E.D. / Ruiz, F.X. / Pascal, B.D. / Bauman, J.D. / Das, K. / DeStefano, J.J. / Musier-Forsyth, K. / Griffin, P.R. / Arnold, E.
履歴
登録2017年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 subunit
B: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 subunit
C: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 subunit
D: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 subunit
E: 38-MER RNA-DNA Aptamer
F: 38-MER RNA-DNA Aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,30217
ポリマ－255,9216
非ポリマー1,38211
水2,000111
1
A: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 subunit
B: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 subunit
E: 38-MER RNA-DNA Aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,6959
ポリマ－127,9603
非ポリマー7356
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11950 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area47590 Å2
手法PISA
2
C: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 subunit
D: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 subunit
F: 38-MER RNA-DNA Aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,6078
ポリマ－127,9603
非ポリマー6475
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11250 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area48080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.055, 127.463, 132.125
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 subunit


分子量: 64135.402 Da / 分子数: 2 / 変異: C280S, D498N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076Q3N8, UniProt: P03366*PLUS
#2: タンパク質 HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 subunit


分子量: 51928.629 Da / 分子数: 2 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076Q3N8, UniProt: P03366*PLUS

-
DNA/RNAハイブリッド / 糖 , 2種, 4分子 EF

#3: DNA/RNAハイブリッド 38-MER RNA-DNA Aptamer


分子量: 11896.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 120分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.21 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 10% PEG 8000, 25 mM BisTris-Propane pH 6.8, 75 mM BisTris-Propane pH 7.4, 50 mM Ammonium Sulfate, 5% glycerol, 5% sucrose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 65782 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.877 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.624 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 6113 / CC1/2: 0.461 / Rpim(I) all: 0.391 / Rrim(I) all: 0.742 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D3G

5d3g


解像度: 2.81→47.692 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 2679 4.07 %
Rwork0.2031 --
obs0.2048 65760 92.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→47.692 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15846 1452 89 111 17498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.03818065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08624735
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6556939
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0782720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042851
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.81-2.86110.35851240.33092921X-RAY DIFFRACTION83
2.8611-2.91620.33451380.32743256X-RAY DIFFRACTION91
2.9162-2.97570.39691300.29863079X-RAY DIFFRACTION86
2.9757-3.04040.30851410.29723288X-RAY DIFFRACTION92
3.0404-3.11110.30871460.28753447X-RAY DIFFRACTION96
3.1111-3.18890.33971450.27673444X-RAY DIFFRACTION96
3.1889-3.27510.31741440.25263389X-RAY DIFFRACTION95
3.2751-3.37140.25371430.22893399X-RAY DIFFRACTION95
3.3714-3.48020.23951450.21073408X-RAY DIFFRACTION94
3.4802-3.60450.24651410.20493286X-RAY DIFFRACTION91
3.6045-3.74880.22961350.20023161X-RAY DIFFRACTION88
3.7488-3.91940.22871470.18433448X-RAY DIFFRACTION96
3.9194-4.12590.21951450.17483427X-RAY DIFFRACTION96
4.1259-4.38420.20531460.1693401X-RAY DIFFRACTION95
4.3842-4.72240.231390.16263318X-RAY DIFFRACTION92
4.7224-5.19720.21741380.17013263X-RAY DIFFRACTION91
5.1972-5.9480.241470.19633474X-RAY DIFFRACTION96
5.948-7.48920.24261390.20753261X-RAY DIFFRACTION90
7.4892-47.69880.21881460.18393411X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8821-1.0829-0.54676.04640.92360.3084-0.32610.23190.99020.99980.1396-1.5467-0.82750.22120.21371.40940.0316-0.3641.42070.13851.0305-22.368585.3723-14.841
29.9802-2.55173.02165.60241.77335.1665-0.6893-1.13491.52940.0728-0.4549-0.8468-0.2412-0.82351.09671.84410.1276-0.2961.202-0.0760.8715-22.908484.8699-8.3913
34.429-2.9359-3.76166.87890.73517.30930.1386-0.27850.50770.79670.0127-0.2634-0.8574-0.1143-0.0870.73570.01640.05130.5744-0.06530.6274-35.173880.6188-35.1637
44.3537-0.9861-0.78184.3995-2.46688.86240.5143-0.07290.86810.2807-0.28650.0856-1.3179-1.0258-0.19140.98870.24370.0710.6409-0.0210.6797-41.304184.7827-35.9562
54.33332.711-0.80035.026-2.74965.78140.4923-0.23581.8125-0.3433-0.4029-0.7687-0.49070.9378-0.0321.1653-0.14150.19221.2256-0.15051.5211-10.449588.2057-52.3895
65.2957-2.461-2.86765.12681.38895.22310.33260.30750.4509-0.4796-0.3159-0.5942-0.6336-0.058-0.00260.39540.04090.03070.39150.1640.5062-22.90169.6008-62.2422
75.997-0.9243-0.22035.55690.79835.5825-0.18240.1691-0.08250.29020.2741-0.09310.00920.3559-0.08920.2568-0.06960.09720.57880.02350.55357.538653.8433-67.7718
83.70360.2175-0.59534.56891.42994.5005-0.0461-0.7304-0.16920.54090.1410.1643-0.0101-0.5925-0.10860.41530.03820.09380.59410.11320.4515-34.50855.475-35.0015
95.05313.5879-3.40933.0678-2.1394.251-0.1797-0.8073-0.0280.27690.48570.1114-0.1343-0.4944-0.1820.65980.20790.13360.5339-0.01920.5243-35.513660.9439-30.758
102.9057-3.0313-2.7729.08466.10864.46-0.5624-0.1643-0.4371.49410.15820.27181.35040.25090.38380.9889-0.00660.36880.62150.20970.9937-33.460835.6523-35.283
114.73671.8260.04694.97741.18487.9948-0.36160.0962-0.60650.29790.07831.38830.4435-1.16850.3730.6397-0.07680.26770.78190.11751.1472-40.666433.163-40.7108
128.26522.0742-5.24516.4713-3.43368.2501-0.57690.0375-0.9789-0.39960.2834-0.05511.3048-0.0640.34840.5091-0.01520.1360.6287-0.02590.84270.376530.0569-66.5183
131.7292-1.05681.63785.1981-3.55024.9809-0.02260.0765-0.1149-0.0884-0.3029-0.18180.43220.48210.26440.29730.0230.06080.46890.06080.5418-19.744543.8044-51.9008
143.7482-1.27991.56034.83682.35852.65370.3519-0.9412-0.25931.32870.1834-1.41640.11030.32-0.53452.0644-0.3089-0.25391.2580.07331.118-13.9349-1.588520.1325
153.9386-4.539-1.42689.5558-2.99455.4983-0.5138-1.82360.1705-1.4980.1989-1.31280.27910.00270.31331.7395-0.1126-0.06291.75480.21671.1045-15.4059-6.362424.8063
161.3323.1205-1.4837.7607-3.64761.75720.2936-0.9553-0.11410.94460.0270.0477-0.87580.5991-0.25761.4727-0.16510.09751.3213-0.10420.6233-23.302915.19465.3003
171.91620.54050.06592.7636-3.32244.27980.2575-0.91350.63071.26950.09580.0977-1.38820.0683-0.33142.1323-0.34620.26161.3915-0.18630.7873-25.086121.71748.8136
189.6104-6.5967-5.46244.40173.69594.96750.0701-2.27880.21380.36881.131-1.64820.00361.4297-1.03951.3982-0.0437-0.32231.8299-0.02511.45922.659915.0356-11.4898
194.56240.9296-2.31176.05731.44277.19750.1457-0.28340.10610.7077-0.1046-0.1555-0.45840.2902-0.04770.5767-0.0059-0.00760.39840.10290.3599-17.487417.8052-25.5819
204.1909-0.43490.37154.95540.23165.0229-0.03630.0264-0.04490.23970.0318-0.2920.06390.22490.02180.21430.02640.03620.55710.05140.4666-4.0025-5.4322-47.302
212.63290.04510.23455.6429-1.87435.16670.1237-0.47090.26780.62940.00870.10650.1165-0.5569-0.13581.037-0.12690.38041.0351-0.05060.6348-38.96381.0207-8.398
224.94492.5874-3.29394.8876-5.21916.48920.4702-0.02950.16412.1991-0.09790.8085-0.372-1.0946-0.34941.4512-0.19280.35041.0809-0.11450.5868-37.08971.8559-1.6329
231.8034-0.62341.70411.80992.88732.02640.5595-0.2686-0.32780.8660.1790.73041.4029-0.9924-0.12171.1216-0.53330.4762.1259-0.1221.071-50.9282-10.999-19.107
244.66410.68781.22563.3428-2.78765.00970.1582-0.25650.670.3345-0.06730.912-0.1139-1.3277-0.09030.8464-0.04270.41141.8228-0.23341.1869-57.1087-5.3198-23.2959
256.04553.0615-1.86057.4082-2.62177.49890.1719-0.0205-0.03710.25720.04930.39960.17030.0093-0.23370.24780.05050.05950.5098-0.01340.4752-24.3515-14.4863-57.6791
267.69562.5069-1.06858.57972.24498.1393-0.04840.1098-0.13330.2812-0.22650.19040.0842-0.91380.17870.3351-0.01240.07850.66770.06810.4229-33.5873-4.0814-32.1877
271.73010.96822.05952.5445-1.3176.27581.1825-0.9168-1.46631.07090.9832-1.8755-0.9022-0.7862-2.24213.18710.43730.07862.28870.21222.2014-9.3569-0.1487-5.719
284.4115.4094-3.07966.7089-4.55629.44521.62632.1047-3.1223-2.66570.2104-1.62842.2734-0.2251-1.84283.91350.474-0.14872.084-0.44162.7405-9.8717-14.5807-30.0889
293.69014.15694.0875.56925.19664.87880.50970.4877-0.56442.6018-0.4078-2.43833.0164-1.9856-0.0284.503-0.1788-0.13512.5613-0.281.6345-10.06742.7906-7.2779
305.05386.23843.92999.28456.26874.234-0.2771-4.11312.272-3.1066-1.5901-1.3384-3.2499-2.64971.92671.82180.4468-0.19331.7648-0.44191.4497-18.664981.2138-27.4724
316.6481-5.471-5.3035.59155.22485.23390.66915.1975-0.23480.2727-0.9578-0.85721.2682-1.70940.31581.11910.240.16871.8629-0.09031.3055-15.102875.9288-44.7
322.8672-2.16624.17543.5146-1.05718.3992-1.17770.76190.5318-0.70711.5294-0.42653.62930.3477-0.2752.5848-0.0786-0.28651.79630.04111.7514-1.611164.88-39.9106
334.4376-4.3463-0.30924.4188-0.22114.3733-0.64971.85021.40322.5490.0764-1.47250.8026-0.55130.53271.80030.53850.16622.20340.09361.7514-0.832958.0385-46.575
344.5335-1.8883-4.29724.53761.45414.1547-0.93550.3931-1.53852.51381.2189-2.50781.3670.6046-0.33781.57190.2365-0.02721.3286-0.68912.231-17.543782.8538-38.5261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 85 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 121 through 149 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 86 through 120 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 150 through 242 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 243 through 315 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 316 through 426 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 427 through 554 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 4 through 85 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 121 through 149 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 86 through 120 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 150 through 242 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 243 through 315 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 316 through 428 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1 through 85 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 121 through 149 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 86 through 120 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 150 through 242 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 243 through 315 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 316 through 426 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 427 through 553 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 6 through 85 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 121 through 149 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 86 through 120 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 150 through 242 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 243 through 315 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 316 through 427 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid -1 through 12)
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 13 through 21)
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 22 through 33)
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid -1 through 3)
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 4 through 8)
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 9 through 13)
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 14 through 26)
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 27 through 33)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る