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- PDB-5txp: STRUCTURE OF Q151M complex (A62V, V75I, F77L, F116Y, Q151M) mutan... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5txp | |||||||||
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Title | STRUCTURE OF Q151M complex (A62V, V75I, F77L, F116Y, Q151M) mutant HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING DDATP | |||||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE/DNA / RT / DNA / crosslink / N site complex / pyrophosphorolysis / P51 / P66 / TRANSFERASE / DRUG RESISTANCE / MUTATION / TRANSFERASE-DNA complex. DNA polymerase / TRANSFERASE-DNA complex | |||||||||
Function / homology | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / Hydrolases; Acting on ester bonds / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Das, K. / Martinez, S.M. / Arnold, E. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Insights into HIV Reverse Transcriptase Mutations Q151M and Q151M Complex That Confer Multinucleoside Drug Resistance. Authors: Das, K. / Martinez, S.E. / Arnold, E. #1: ![]() Title: Structural Basis For The Role Of The K65R Mutation In Hiv-1 Reverse Transcriptase Polymerization, Excision Antagonism, And Tenofovir Resistance. Authors: Das, K. / Bandwar, R.P. / White, K.L. / Feng, J.Y. / Sarafianos, S.G. / Tuske, S. / Tu, X. / Clark, A.D. / Boyer, P.L. / Hou, X. / Gaffney, B.L. / Jones, R.A. / Miller, M.D. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #2: ![]() Title: Structural Basis Of Hiv-1 Resistance To Azt By Excision. Authors: Tu, X. / Das, K. / Han, Q. / Bauman, J.D. / Clark, A.D. / Hou, X. / Frenkel, Y.V. / Gaffney, B.L. / Jones, R.A. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Sarafianos, S.G. / Arnold, E. #3: ![]() Title: High-Resolution Structures Of Hiv-1 Reverse Transcriptase/Tmc278 Complexes: Strategic Flexibility Explains Potency Against Resistance Mutations. Authors: Das, K. / Bauman, J.D. / Clark, A.D. / Frenkel, Y.V. / Lewi, P.J. / Shatkin, A.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #4: ![]() Title: Roles Of Conformational And Positional Adaptability In Structure-Based Design Of Tmc125-R165335 (Etravirine) And Related Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors That Are Highly Potent ...Title: Roles Of Conformational And Positional Adaptability In Structure-Based Design Of Tmc125-R165335 (Etravirine) And Related Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors That Are Highly Potent And Effective Against Wild-Type And Drug-Resistant Hiv-1 Variants. Authors: Das, K. / Clark, A.D. / Lewi, P.J. / Heeres, J. / De Jonge, M.R. / Koymans, L.M. / Vinkers, H.M. / Daeyaert, F. / Ludovici, D.W. / Kukla, M.J. / De Corte, B. / Kavash, R.W. / Ho, C.Y. / Ye, ...Authors: Das, K. / Clark, A.D. / Lewi, P.J. / Heeres, J. / De Jonge, M.R. / Koymans, L.M. / Vinkers, H.M. / Daeyaert, F. / Ludovici, D.W. / Kukla, M.J. / De Corte, B. / Kavash, R.W. / Ho, C.Y. / Ye, H. / Lichtenstein, M.A. / Andries, K. / Pauwels, R. / De Bethune, M.P. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Hughes, S.H. / Janssen, P.A. / Arnold, E. | |||||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5txlC ![]() 5txmC ![]() 5txnC ![]() 5txoC ![]() 3v4iS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 64049.539 Da / Num. of mol.: 2 Mutation: A62V, V75I, F77L, F116Y, Q151M, Q258C, C280S, D498N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: isolate BH10 / Gene: gag-pol / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase #2: Protein | Mass: 50039.488 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C280S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: isolate BH10 / Gene: gag-pol / Production host: ![]() ![]() |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules TEPF
#3: DNA chain | Mass: 8383.385 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() #4: DNA chain | Mass: 6490.267 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
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-Sugars , 1 types, 2 molecules
#5: Polysaccharide |
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-Non-polymers , 5 types, 112 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/DDS.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DDS.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-SO4 / | #9: Chemical | ChemComp-EDO / #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.2 Å3/Da / Density % sol: 61.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2, GLYCEROL, SUCROSE PH range: 6.8 - 7.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 104 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Feb 9, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9179 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→40 Å / Num. obs: 89232 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -1 / Redundancy: 3.9 % / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 97.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3V4I Resolution: 2.7→37.618 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 26.84
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→37.618 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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