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Yorodumi- PDB-6bhj: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase Bound to a 38-mer Hairpi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bhj | |||||||||
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Title | Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase Bound to a 38-mer Hairpin Template-Primer RNA-DNA Aptamer | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/DNA / Human immunodeficiency virus 1 / RNA-directed DNA polymerase / Protein/RNA/DNA / Aptamer / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / viral genome integration into host DNA ...HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / structural molecule activity / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Human immunodeficiency virus 1 synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.81 Å | |||||||||
Authors | Ruiz, F.X. / Miller, M.T. / Tuske, S. / Das, K. / Arnold, E. | |||||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Curr Res Struct Biol / Year: 2020 Title: Integrative Structural Biology Studies of HIV-1 Reverse Transcriptase Binding to a High-Affinity DNA Aptamer Authors: Tuske, S. / Zheng, J. / Olson, E.D. / Ruiz, F.X. / Pascal, B.D. / Bauman, J.D. / Das, K. / DeStefano, J.J. / Musier-Forsyth, K. / Griffin, P.R. / Arnold, E. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6bhj.cif.gz | 913.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6bhj.ent.gz | 750.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6bhj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/6bhj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/6bhj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5d3gS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 64135.402 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C280S, D498N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Gene: pol / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A076Q3N8, UniProt: P03366*PLUS #2: Protein | Mass: 51928.629 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C280S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Gene: pol / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A076Q3N8, UniProt: P03366*PLUS |
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-DNA/RNA hybrid / Sugars , 2 types, 4 molecules EF
#3: DNA/RNA hybrid | Mass: 11896.259 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: Polysaccharide | |
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-Non-polymers , 4 types, 120 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-SO4 / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 10% PEG 8000, 25 mM BisTris-Propane pH 6.8, 75 mM BisTris-Propane pH 7.4, 50 mM Ammonium Sulfate, 5% glycerol, 5% sucrose |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 27, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. obs: 65782 / % possible obs: 93 % / Redundancy: 4.1 % / CC1/2: 0.877 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 12.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.85 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.624 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 6113 / CC1/2: 0.461 / Rpim(I) all: 0.391 / Rrim(I) all: 0.742 / % possible all: 90 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5D3G Resolution: 2.81→47.692 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 26.65 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.81→47.692 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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