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Yorodumi- PDB-6asw: STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WIT... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6asw | ||||||
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Title | STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 9.0 | ||||||
Components |
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Keywords | transferase/dna / TERNARY N SITE COMPLEX / D4T (STAVUDINE) / DNA TEMPLATE/PRIMER / CROSSLINK / VIRAL PROTEIN / viral protein-dna complex / transferase-dna complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / viral genome integration into host DNA ...HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / structural molecule activity / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B Human immunodeficiency virus type 1 BH10 Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.605 Å | ||||||
Authors | Martinez, S.E. / Das, K. / Arnold, E. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2019 Title: Structure of HIV-1 reverse transcriptase/d4TTP complex: Novel DNA cross-linking site and pH-dependent conformational changes. Authors: Martinez, S.E. / Bauman, J.D. / Das, K. / Arnold, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6asw.cif.gz | 933 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6asw.ent.gz | 766.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6asw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/6asw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/6asw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6amoSC 6an2C 6an8C 6anqC 6avmC 6avtC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 64038.367 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C280S, I63C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) Strain: isolate BH10 / Gene: gag-pol / Plasmid: pCDF-2 Ek/LIC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): BL21 CodonPlus RIL References: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase #2: Protein | Mass: 51928.629 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C879S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) Strain: isolate BH10 / Gene: gag-pol / Plasmid: pCDF-2 Ek/LIC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): BL21 CodonPlus RIL References: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules TEPF
#3: DNA chain | Mass: 8376.399 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Details: COMMERCIAL DNA OLIGO SYNTHESIS: INTEGRATED DNA TECHNOLOGIES Source: (synth.) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 #4: DNA chain | Mass: 6400.123 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Details: COMMERCIAL DNA OLIGO SYNTHESIS: MIDLAND CERTIFIED REAGENT COMPANY Source: (synth.) Homo sapiens (human) |
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-Non-polymers , 4 types, 661 molecules
#5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.19 Å3/Da / Density % sol: 61.49 % / Description: PARALLELOGRAMS |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.5 Details: PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS, MgCl2, d4T triphosphate PH range: 9.5 - 10.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: F1 / Wavelength: 0.918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Mar 12, 2011 Details: White beam collimating mirror, horizontally focusing monochromator using single bent triangular Si(111) crystal, vertically focusing Rh-coated Si mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 98778 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -1 / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 58.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.247 / Net I/σ(I): 20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDBID 6AMO Resolution: 2.605→33.616 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 23.58
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 293.21 Å2 / Biso mean: 94.1117 Å2 / Biso min: 26.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.605→33.616 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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