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- PDB-6an8: STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6an8
タイトルSTRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 8.0
要素
  • (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE ...) x 2
  • DNA PRIMER (5'- D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP)-3')
  • DNA TEMPLATE (5'- D(*AP*TP*GP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*G)-3')
キーワードTRANSFERASE/DNA / RT / DNA / CROSSLINK / N SITE COMPLEX / PYROPHOSPHOROLYSIS / P51 / P66 / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...RNA-directed DNA polymerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D4T / DNA / DNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.596 Å
データ登録者Martinez, S.E. / Das, K. / Arnold, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37 A1027690 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Structure of HIV-1 reverse transcriptase/d4TTP complex: Novel DNA cross-linking site and pH-dependent conformational changes.
著者: Martinez, S.E. / Bauman, J.D. / Das, K. / Arnold, E.
履歴
登録2017年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT
B: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 SUBUNIT
T: DNA TEMPLATE (5'- D(*AP*TP*GP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*G)-3')
P: DNA PRIMER (5'- D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP)-3')
C: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT
D: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 SUBUNIT
E: DNA TEMPLATE (5'- D(*AP*TP*GP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*G)-3')
F: DNA PRIMER (5'- D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,71027
ポリマ－261,4878
非ポリマー2,22319
水12,520695
1
A: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT
B: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 SUBUNIT
T: DNA TEMPLATE (5'- D(*AP*TP*GP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*G)-3')
P: DNA PRIMER (5'- D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,90114
ポリマ－130,7444
非ポリマー1,15710
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15660 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area47420 Å2
手法PISA
2
C: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT
D: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 SUBUNIT
E: DNA TEMPLATE (5'- D(*AP*TP*GP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*G)-3')
F: DNA PRIMER (5'- D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,80913
ポリマ－130,7444
非ポリマー1,0659
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15150 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area48170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.959, 132.824, 138.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.830, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT


分子量: 64038.367 Da / 分子数: 2 / 変異: C280S, I63C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pCDF-2 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): BL21 CodonPlus RIL
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 SUBUNIT


分子量: 51928.629 Da / 分子数: 2 / 変異: C879S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pCDF-2 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): BL21 CodonPlus RIL
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 TEPF

#3: DNA鎖 DNA TEMPLATE (5'- D(*AP*TP*GP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*TP*G)-3')


分子量: 8376.399 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA PRIMER (5'- D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP)-3')


分子量: 6400.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 714分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-D4T / 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / D4T-TP


分子量: 464.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O13P3
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.88 % / 解説: PARALLELOGRAMS
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS, MgCl2, d4T triphosphate
PH範囲: 9.5 - 10.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9177 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日
詳細: White beam collimating mirror, horizontally focusing monochromator using single bent triangular Si(111) crystal, vertically focusing Rh-coated Si mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9177 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.596→50 Å / Num. obs: 97706 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 56.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.067 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsΧ2% possible all
2.6-2.695.20.6622.195160.94596.1
2.69-2.85.40.5412.795960.98896.2
2.8-2.935.70.4173.796021.02396.5
2.93-3.085.90.3055.496431.07596.9
3.08-3.286.30.2038.897101.1497.7
3.28-3.536.70.12815.198171.18898.5
3.53-3.8870.08623.499051.1599.3
3.88-4.457.30.06130.799850.98999.7
4.45-5.67.40.0535.599980.92399.8
5.6-507.30.03949.899341.20497.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation8.74 Å43.36 Å
Translation8.74 Å43.36 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.11.1 2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Coot0.8.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 6AMO

6amo


解像度: 2.596→43.359 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2166 1728 1.77 %
Rwork0.1777 --
obs0.1783 97681 97.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 281.25 Å2 / Biso mean: 89.8485 Å2 / Biso min: 22.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.596→43.359 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15778 1716 138 695 18327
Biso mean--92.38 66.48 -
残基数----2008
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00618275
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.41925134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0392722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032859
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.13910629
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5957-2.67210.31441380.28747762790095
2.6721-2.75830.29731390.26477825796496
2.7583-2.85690.29651470.24077815796296
2.8569-2.97130.27991400.23097889802997
2.9713-3.10640.28771340.22627945807997
3.1064-3.27020.26341460.20827945809198
3.2702-3.4750.25251440.19188036818098
3.475-3.74310.2021470.17368113826099
3.7431-4.11960.20481480.156481298277100
4.1196-4.71510.15381470.142381848331100
4.7151-5.93810.20551500.154681968346100
5.9381-43.36470.18981480.15778114826298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.11940.18520.05360.6516-0.44370.7240.04880.17630.4166-0.63540.20560.4548-0.4541-0.4042-0.23911.5593-0.2454-0.12470.98940.17470.902331.757521.434222.745
21.1882-0.0545-0.34281.0884-0.43882.10550.14960.4050.7271-0.56760.1335-0.0395-0.78930.2979-0.11171.2965-0.35590.06690.76240.10110.868242.481223.184537.1715
31.06160.7558-0.74241.5821-0.07662.14010.04740.210.8616-0.29420.25140.4139-0.9289-0.147-0.02080.6583-0.034-0.03920.3715-0.03280.776423.762618.655761.2279
43.23570.9778-1.08931.1944-0.25491.568-0.06940.01420.0822-0.0190.10840.1874-0.1455-0.1982-0.00770.30810.0625-0.0610.3755-0.0850.47116.5563-3.993273.1302
52.3595-0.1224-0.64193.1326-0.75952.8031-0.08240.4413-0.0503-0.74460.1504-0.2035-0.13280.4714-0.1050.6952-0.23540.08030.6831-0.17820.577441.8803-5.753240.9593
61.39170.8896-0.28323.9840.12162.0236-0.23920.2158-0.4678-0.58340.4175-0.72380.19460.6814-0.1180.551-0.06820.10710.7378-0.28920.688441.9855-20.957941.8588
71.3646-0.7197-1.96861.35551.06272.8404-0.5898-0.2107-0.48420.14510.09680.10210.73530.21850.52640.57160.05770.05550.4761-0.01310.727114.3243-29.472266.7599
82.04170.74631.03292.29931.48482.1837-0.1274-0.1249-0.1854-0.1328-0.10720.06050.1572-0.13370.09360.2968-0.0422-0.02460.3681-0.13580.474125.772-16.617758.9921
90.73220.17030.06321.5631-0.73440.37320.1792-0.00470.1915-0.5215-0.08150.44730.0981-0.2524-0.11461.68040.1354-0.04121.0409-0.0690.72722.5233-62.8444-14.2379
100.37320.3354-0.26280.6381-0.45680.3288-0.41960.4575-0.2862-1.20530.49290.8716-0.0429-1.44680.01692.190.0251-0.34311.7622-0.0071.012214.2524-55.5712-21.4067
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223.0785-0.56070.10385.25960.20753.18180.116-0.1698-0.1762-0.3238-0.39310.31260.21180.38060.20540.49350.03840.04140.6188-0.05970.430432.9776-63.950332.7261
233.13923.0616-0.79283.24210.01117.91640.32741.09571.10.22490.01811.756-1.0717-0.4989-0.12251.6627-0.0926-0.13141.2480.38571.37625.946519.629434.2837
240.87441.58150.333.89551.9966.3054-0.77451.05170.6053-0.91750.34750.94440.5492-0.68530.48671.0323-0.2262-0.18030.90260.0780.908414.33128.8847.7642
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263.91870.25553.49420.52-0.4083.9341-0.2271-0.1086-0.1561-0.5068-0.43150.1367-0.4085-1.14470.40951.8333-0.8751-0.12362.2243-0.26612.3046-11.8318-15.658951.6236
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292.80230.7176-1.60175.48490.73393.2527-0.31921.0313-0.37930.2740.27891.13250.0337-1.152-0.13821.760.0127-0.12821.37940.01860.900113.8951-55.4545-1.4844
301.22530.4157-0.64043.4217-1.43270.7833-0.45350.6167-0.5133-1.77960.38750.71241.54530.02010.0281.3952-0.1677-0.0780.867-0.07380.949511.407-61.908917.7872
317.3383-2.1531-5.28312.7714.6318.23851.34260.052-1.88640.5867-0.5148-1.18151.25770.1817-0.76331.3412-0.1659-0.03891.26010.31821.846613.7074-81.741637.0094
321.92230.47810.8330.7718-0.11611.601-0.28870.4798-1.1387-0.10680.152-0.96430.78620.8852-0.07731.9869-0.25130.39731.3397-0.30881.902813.2518-87.57232.6908
330.4966-0.87870.33653.5264-2.75032.5580.15830.6629-0.1825-2.0127-0.16490.42841.298-0.3495-0.09511.3874-0.113-0.12080.9816-0.01360.700511.6568-60.810117.2537
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 96 )A-1 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 97 through 253 )A97 - 253
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 254 through 382 )A254 - 382
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 383 through 553 )A383 - 553
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 4 through 71 )B4 - 71
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 72 through 210 )B72 - 210
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 211 through 325 )B211 - 325
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 326 through 428 )B326 - 428
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid -1 through 27 )C-1 - 27
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 28 through 64 )C28 - 64
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 65 through 131 )C65 - 131
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 132 through 174 )C132 - 174
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 175 through 212 )C175 - 212
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 213 through 319 )C213 - 319
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 320 through 421 )C320 - 421
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 422 through 473 )C422 - 473
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 474 through 553 )C474 - 553
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 4 through 71 )D4 - 71
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 72 through 210 )D72 - 210
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 211 through 269 )D211 - 269
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 270 through 382 )D270 - 382
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 383 through 428 )D383 - 428
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'T' and (resid 704 through 708 )T704 - 708
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'T' and (resid 709 through 718 )T709 - 718
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'T' and (resid 719 through 723 )T719 - 723
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'T' and (resid 724 through 725 )T724 - 725
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'P' and (resid 803 through 807 )P803 - 807
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'P' and (resid 808 through 821 )P808 - 821
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 704 through 708 )E704 - 708
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 709 through 718 )E709 - 718
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 719 through 725 )E719 - 725
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 803 through 807 )F803 - 807
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 808 through 821 )F808 - 821

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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