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- PDB-6an8: STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WIT... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6an8 | ||||||
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Title | STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 8.0 | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE/DNA / RT / DNA / CROSSLINK / N SITE COMPLEX / PYROPHOSPHOROLYSIS / P51 / P66 / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | ![]() HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / Hydrolases; Acting on ester bonds / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Martinez, S.E. / Das, K. / Arnold, E. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of HIV-1 reverse transcriptase/d4TTP complex: Novel DNA cross-linking site and pH-dependent conformational changes. Authors: Martinez, S.E. / Bauman, J.D. / Das, K. / Arnold, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 932.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 765.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6amoSC ![]() 6an2C ![]() 6anqC ![]() 6aswC ![]() 6avmC ![]() 6avtC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 64038.367 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C280S, I63C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: isolate BH10 / Gene: gag-pol / Plasmid: pCDF-2 Ek/LIC / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase #2: Protein | Mass: 51928.629 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C879S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: isolate BH10 / Gene: gag-pol / Plasmid: pCDF-2 Ek/LIC / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules TEPF
#3: DNA chain | Mass: 8376.399 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: DNA chain | Mass: 6400.123 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 4 types, 714 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/D4T.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/D4T.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.14 Å3/Da / Density % sol: 60.88 % / Description: PARALLELOGRAMS |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.5 Details: PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS, MgCl2, d4T triphosphate PH range: 9.5 - 10.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jul 10, 2010 Details: White beam collimating mirror, horizontally focusing monochromator using single bent triangular Si(111) crystal, vertically focusing Rh-coated Si mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9177 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.596→50 Å / Num. obs: 97706 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -1 / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 56.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.067 / Net I/σ(I): 21.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDBID 6AMO Resolution: 2.596→43.359 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 22.86
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 281.25 Å2 / Biso mean: 89.8485 Å2 / Biso min: 22.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.596→43.359 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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