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万見
- PDB-5w4f: Importin binding to pol Mu NLS peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w4f
タイトルImportin binding to pol Mu NLS peptide
要素
  • DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
  • Importin subunit alpha-1
キーワードPROTEIN BINDING / importin / NLS / Tdt / Nuclear Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / B cell differentiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining ...Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / B cell differentiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / host cell / DNA recombination / DNA-binding transcription factor binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / postsynaptic density / glutamatergic synapse / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. ...DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1 / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.984 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / London, R.E.
引用ジャーナル: Traffic / 年: 2018
タイトル: Variations in nuclear localization strategies among pol X family enzymes.
著者: Kirby, T.W. / Pedersen, L.C. / Gabel, S.A. / Gassman, N.R. / London, R.E.
履歴
登録2017年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Importin subunit alpha-1
A: DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
D: DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5445
ポリマ－61,3593
非ポリマー1842
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Two molecules of NLS polymerase mu peptides are binding one molecule of Importin
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area17610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.005, 89.819, 99.541
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 55330.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Pol Mu / Terminal transferase


分子量: 3014.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: NLS peptide of DNA polymerase mu / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NP87, DNA-directed DNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES 0.8 M Sodium Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 48426 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E6Q

5e6q


解像度: 1.984→40.936 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1988 2422 5.01 %
Rwork0.1695 --
obs0.1709 48351 97.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.984→40.936 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3255 0 12 317 3584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0814669
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1382074
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07565
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9837-2.02420.32271010.252008X-RAY DIFFRACTION73
2.0242-2.06820.25411300.21962362X-RAY DIFFRACTION87
2.0682-2.11640.29271400.20492617X-RAY DIFFRACTION95
2.1164-2.16930.24571410.18952690X-RAY DIFFRACTION99
2.1693-2.22790.21511450.18172749X-RAY DIFFRACTION100
2.2279-2.29350.19841390.17552733X-RAY DIFFRACTION100
2.2935-2.36750.22171500.17772767X-RAY DIFFRACTION100
2.3675-2.45210.23271450.17742741X-RAY DIFFRACTION100
2.4521-2.55030.23841490.18042778X-RAY DIFFRACTION100
2.5503-2.66630.21981470.18442749X-RAY DIFFRACTION100
2.6663-2.80690.22321430.17572774X-RAY DIFFRACTION100
2.8069-2.98270.20881460.18252773X-RAY DIFFRACTION100
2.9827-3.21290.21481480.18032772X-RAY DIFFRACTION100
3.2129-3.5360.2181450.17692807X-RAY DIFFRACTION100
3.536-4.04730.15931480.1462800X-RAY DIFFRACTION100
4.0473-5.09770.15431480.13962842X-RAY DIFFRACTION100
5.0977-40.94480.17471570.16592967X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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