PDB-5v7u: Cyrstal structure of anti-Tau antibody CBTAU-22.1 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v7u

タイトル

Cyrstal structure of anti-Tau antibody CBTAU-22.1 Fab

要素

CBTAU-22.1 Fab heavy chain
CBTAU-22.1 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / tau protein / alzheimer's disease

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Zhu, X. / Zhang, H. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: Acta Neuropathol. / 年: 2017
タイトル: Immunological memory to hyperphosphorylated tau in asymptomatic individuals.
著者: Pascual, G. / Wadia, J.S. / Zhu, X. / Keogh, E. / Kukrer, B. / van Ameijde, J. / Inganas, H. / Siregar, B. / Perdok, G. / Diefenbach, O. / Nahar, T. / Sprengers, I. / Koldijk, M.H. / der ...

履歴

登録	2017年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v7u.cif.gz	193.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v7u.ent.gz	150.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v7u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v7u_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v7u_full_validation.pdf.gz	450.8 KB	表示
XML形式データ	5v7u_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	5v7u_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/5v7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/5v7u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v7rC 4jpkS 4lriS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wcy-d 4xbe-d 1gpo-2 4mhj-5 5cp7-3 5bk3-1 6rlm-4 4rir-2 4k23-d 1acy-d 4hxb-d 5tkj-3 5tkj-2 2vxu-2 1ub5-2 4pb9-d 6mqe-1 4isv-d 2f5a-d 1nbv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: CBTAU-22.1 Fab light chain

H: CBTAU-22.1 Fab heavy chain

ヘテロ分子

48.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.467, 67.229, 62.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	CBTAU-22.1 Fab light chain 分子量: 24089.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	CBTAU-22.1 Fab heavy chain 分子量: 23891.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1 M citrate buffer, pH 4.0, 2.4 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 53078 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.05 / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 23.7
反射シェル	解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.684 / R_pim(I) all: 0.41 / R_sym value: 0.66 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LRI, 4JPK

4lri

4jpk

解像度: 1.64→45.691 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.63

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2165	2696	5.08 %
R_work	0.1761	-	-
obs	0.1781	53050	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→45.691 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3315	0	10	462	3787

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3453
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.208	4702
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.45	1265
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	525
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	605

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6352-1.6649	0.3448	117	0.2859	2213	X-RAY DIFFRACTION	84
1.6649-1.697	0.3295	144	0.2672	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.697-1.7316	0.2782	127	0.2351	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7316-1.7693	0.2607	139	0.2181	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7693-1.8104	0.2784	153	0.2026	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8104-1.8557	0.2216	154	0.1941	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8557-1.9059	0.2695	140	0.189	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9059-1.9619	0.2606	137	0.1864	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9619-2.0253	0.2393	115	0.1838	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0253-2.0977	0.2115	142	0.1796	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.1816	0.224	154	0.1734	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1816-2.2809	0.1989	124	0.1742	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2809-2.4012	0.2076	144	0.1803	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4012-2.5516	0.2491	138	0.193	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5516-2.7486	0.2169	131	0.1848	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7486-3.0252	0.2148	163	0.1783	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0252-3.4628	0.2005	152	0.1607	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4628-4.3622	0.189	155	0.1434	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3622-45.7084	0.19	167	0.1613	2711	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1419	-0.3784	-1.2565	2.8482	1.0384	4.0199	0.0576	-0.0771	0.0437	0.047	0.0098	-0.1047	-0.0292	0.0454	-0.0723	0.0973	0.0012	-0.0092	0.1099	-0.0133	0.105	9.3983	11.474	22.2825
2	0.5234	0.2117	0.9698	0.0974	0.3564	1.1323	0.0337	-0.0224	-0.039	0.0083	-0.028	0.0129	0.0112	-0.0697	-0.0348	0.1544	0.0054	-0.0009	0.1499	-0.0203	0.1519	-4.6399	8.511	9.7638
3	4.2892	-0.0555	0.0222	1.7381	-0.418	1.5464	0.0015	0.2205	0.0696	-0.1371	0.1033	0.1361	-0.1365	-0.1248	-0.1043	0.1775	0.0142	-0.024	0.1271	-0.0402	0.1235	-18.1076	10.5933	-6.2687
4	7.0767	-2.8957	3.0976	4.7173	-1.8951	4.3698	0.2354	0.1985	-0.4519	-0.1306	-0.0355	0.3105	0.1306	0.0682	-0.1778	0.0827	-0.0267	0.0082	0.1299	-0.0101	0.1511	-15.5024	2.0441	30.1755
5	0.8727	0.3092	0.2745	0.7011	0.3998	2.1124	0.0122	-0.0218	-0.0233	0.0875	-0.0625	0.0691	-0.0331	-0.0609	0.045	0.0968	0.0174	0.0176	0.1216	0.0016	0.1333	-10.1072	6.0672	32.0161
6	1.4436	0.7837	-0.6621	0.6895	-0.4358	5.0456	0.1225	-0.0426	0.1242	-0.0794	-0.1241	-0.0875	-0.292	-0.26	-0.0051	0.1333	0.0263	0.01	0.1122	-0.0235	0.1755	-17.9252	-0.6849	4.6852
7	3.6841	-2.1081	-2.4583	6.9487	4.761	5.0346	-0.2705	0.1008	-0.2815	0.2452	-0.2877	0.1912	0.8579	-0.4878	0.4375	0.2267	-0.0486	0.0768	0.1103	-0.0229	0.2103	-21.8148	-9.6279	4.0701

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 1 through 75 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 76 through 128 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 129 through 214 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 1 through 17 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 18 through 136 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 137 through 197 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 198 through 228 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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