[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4isv: Crystal structure of the Fab FRAGMENT OF 1C2, A MONOCLONAL ANTIBO... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4isv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the Fab FRAGMENT OF 1C2, A MONOCLONAL ANTIBODY SPECIFIC FOR POLY-GLUTAMINE | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / 1C2 / Fab / Vlx / Neurodegeneration / Polyglutamine Disease / Amyloid Disease / Immunoglobulin fold | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Klein, F.A.C. / Zeder-Lutz, G. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Katz, A. / Eberling, P. / Mandel, J.L. / Podjarny, A. / Trottier, Y. | ||||||
![]() | ![]() Title: Linear and extended: a common polyglutamine conformation recognized by the three antibodies MW1, 1C2 and 3B5H10. Authors: Klein, F.A. / Zeder-Lutz, G. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Katz, A. / Eberling, P. / Mandel, J.L. / Podjarny, A. / Trottier, Y. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 96.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 77.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 429.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 432.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4jj5C ![]() 4ivu C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Antibody | Mass: 23479.180 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Cell (production host): MOUSE ASCITES FLUIDS FROM HYBRIDOMA CELLS Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Antibody | Mass: 23943.885 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Cell (production host): MOUSE ASCITES FLUIDS FROM HYBRIDOMA CELLS Production host: ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.27 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 18% PEG3350, 100mM HEPES pH7.5; 1:1 volume with 1C2-Fab (10mg/ml) in 10mM TRIS, 10mM NaCl, pH7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 1, 2006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.90003 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.497→50 Å / Num. all: 64811 / Num. obs: 64811 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 14.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 67.45 Å2 / Biso mean: 20.7696 Å2 / Biso min: 7.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.497→21.712 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23
|