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- PDB-5u4r: Crystal structure of the broadly neutralizing Influenza A antibod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u4r
タイトルCrystal structure of the broadly neutralizing Influenza A antibody VRC 315 53-1A09 Fab.
要素
  • VRC 315 53-1A09 Fab Heavy chain
  • VRC 315 53-1A09 Fab Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / influenza / human vaccine trial
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.762 Å
データ登録者Joyce, M.G. / Andrews, S.F. / Mascola, J.R. / McDermott, A.B. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2017
タイトル: Preferential induction of cross-group influenza A hemagglutinin stem-specific memory B cells after H7N9 immunization in humans.
著者: Andrews, S.F. / Joyce, M.G. / Chambers, M.J. / Gillespie, R.A. / Kanekiyo, M. / Leung, K. / Yang, E.S. / Tsybovsky, Y. / Wheatley, A.K. / Crank, M.C. / Boyington, J.C. / Prabhakaran, M.S. / ...著者: Andrews, S.F. / Joyce, M.G. / Chambers, M.J. / Gillespie, R.A. / Kanekiyo, M. / Leung, K. / Yang, E.S. / Tsybovsky, Y. / Wheatley, A.K. / Crank, M.C. / Boyington, J.C. / Prabhakaran, M.S. / Narpala, S.R. / Chen, X. / Bailer, R.T. / Chen, G. / Coates, E. / Kwong, P.D. / Koup, R.A. / Mascola, J.R. / Graham, B.S. / Ledgerwood, J.E. / McDermott, A.B.
履歴
登録2016年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VRC 315 53-1A09 Fab Heavy chain
B: VRC 315 53-1A09 Fab Light chain
H: VRC 315 53-1A09 Fab Heavy chain
L: VRC 315 53-1A09 Fab Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0744
ポリマ－97,0744
非ポリマー00
水21,0781170
1
A: VRC 315 53-1A09 Fab Heavy chain
B: VRC 315 53-1A09 Fab Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5372
ポリマ－48,5372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20270 Å2
手法PISA
2
H: VRC 315 53-1A09 Fab Heavy chain
L: VRC 315 53-1A09 Fab Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5372
ポリマ－48,5372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.553, 84.131, 79.273
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and ((resid 1 and (name N or name...
21(chain L and ((resid 1 and (name N or name...
12(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...
22(chain H and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPASPASP(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB11
121ASPASPGLYGLY(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 2121 - 212
131ASPASPGLYGLY(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 2121 - 212
141ASPASPGLYGLY(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 2121 - 212
151ASPASPGLYGLY(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 2121 - 212
161ASPASPGLYGLY(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 2121 - 212
171ASPASPGLYGLY(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 2121 - 212
181ASPASPGLYGLY(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 2121 - 212
191ASPASPGLYGLY(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 2121 - 212
1101ASPASPGLYGLY(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 2121 - 212
1111ASPASPGLYGLY(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 2121 - 212
1121ASPASPGLYGLY(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 2121 - 212
1131ASPASPGLYGLY(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 2121 - 212
211ASPASPASPASP(chain L and ((resid 1 and (name N or name...LD11
221ASPASPCYSCYS(chain L and ((resid 1 and (name N or name...LD1 - 2141 - 214
231ASPASPCYSCYS(chain L and ((resid 1 and (name N or name...LD1 - 2141 - 214
241ASPASPCYSCYS(chain L and ((resid 1 and (name N or name...LD1 - 2141 - 214
251ASPASPCYSCYS(chain L and ((resid 1 and (name N or name...LD1 - 2141 - 214
261ASPASPCYSCYS(chain L and ((resid 1 and (name N or name...LD1 - 2141 - 214
271ASPASPCYSCYS(chain L and ((resid 1 and (name N or name...LD1 - 2141 - 214
281ASPASPCYSCYS(chain L and ((resid 1 and (name N or name...LD1 - 2141 - 214
291ASPASPCYSCYS(chain L and ((resid 1 and (name N or name...LD1 - 2141 - 214
2101ASPASPCYSCYS(chain L and ((resid 1 and (name N or name...LD1 - 2141 - 214
2111ASPASPCYSCYS(chain L and ((resid 1 and (name N or name...LD1 - 2141 - 214
2121ASPASPCYSCYS(chain L and ((resid 1 and (name N or name...LD1 - 2141 - 214
2131ASPASPCYSCYS(chain L and ((resid 1 and (name N or name...LD1 - 2141 - 214
112GLUGLUGLYGLY(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...AA1 - 101 - 10
122VALVALGLYGLY(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...AA12 - 10412 - 121
132GLYGLYVALVAL(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...AA106 - 109123 - 126
142THRTHRTHRTHR(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...AA110127
152GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...AA1 - 2151 - 232
162GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...AA1 - 2151 - 232
172GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...AA1 - 2151 - 232
182GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...AA1 - 2151 - 232
192GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...AA1 - 2151 - 232
1102GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...AA1 - 2151 - 232
1112GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...AA1 - 2151 - 232
1122GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...AA1 - 2151 - 232
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1142GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...AA1 - 2151 - 232
1152GLUGLUSERSER(chain A and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...AA1 - 2151 - 232
212GLUGLUGLYGLY(chain H and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...HC1 - 101 - 10
222VALVALGLYGLY(chain H and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...HC12 - 10412 - 121
232GLYGLYVALVAL(chain H and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...HC106 - 109123 - 126
242THRTHRTHRTHR(chain H and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...HC110127
252GLUGLUCYSCYS(chain H and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...HC1 - 2161 - 233
262GLUGLUCYSCYS(chain H and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...HC1 - 2161 - 233
272GLUGLUCYSCYS(chain H and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...HC1 - 2161 - 233
282GLUGLUCYSCYS(chain H and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...HC1 - 2161 - 233
292GLUGLUCYSCYS(chain H and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...HC1 - 2161 - 233
2102GLUGLUCYSCYS(chain H and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...HC1 - 2161 - 233
2112GLUGLUCYSCYS(chain H and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...HC1 - 2161 - 233
2122GLUGLUCYSCYS(chain H and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...HC1 - 2161 - 233
2132GLUGLUCYSCYS(chain H and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...HC1 - 2161 - 233
2142GLUGLUCYSCYS(chain H and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...HC1 - 2161 - 233
2152GLUGLUCYSCYS(chain H and (resseq 1:10 or resseq 12:104 or resseq...HC1 - 2161 - 233

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 VRC 315 53-1A09 Fab Heavy chain


分子量: 24927.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 VRC 315 53-1A09 Fab Light chain


分子量: 23609.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.24 M ammonium acetate 26% (w/v) PEG-4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→33.717 Å / Num. obs: 92183 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 14.39

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZPT

4zpt


解像度: 1.762→33.717 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2035 4612 5 %
Rwork0.1773 --
obs0.1786 92155 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.27 Å2 / Biso mean: 30.9047 Å2 / Biso min: 6.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.762→33.717 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6761 0 0 1170 7931
Biso mean---35.1 -
残基数----891
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036938
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6579443
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451064
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8664162
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B2212X-RAY DIFFRACTION6.456TORSIONAL
12L2212X-RAY DIFFRACTION6.456TORSIONAL
21A2574X-RAY DIFFRACTION6.456TORSIONAL
22H2574X-RAY DIFFRACTION6.456TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.762-1.78210.30371500.27912550270087
1.7821-1.8030.29681490.27992796294595
1.803-1.8250.30141350.262867300298
1.825-1.84810.25341500.24892902305298
1.8481-1.87240.27111460.23892943308999
1.8724-1.89810.25881420.22382903304598
1.8981-1.92520.26141410.21712895303699
1.9252-1.95390.26341750.21512929310499
1.9539-1.98450.21371360.20652910304699
1.9845-2.0170.20691670.20328803047100
2.017-2.05180.20681530.1912960311399
2.0518-2.08910.21321420.19542918306099
2.0891-2.12920.2221710.192929193090100
2.1292-2.17270.21751710.192888305999
2.1727-2.21990.20541540.18522952310699
2.2199-2.27160.2281560.17832927308399
2.2716-2.32840.23391570.17629213078100
2.3284-2.39130.21851370.181529573094100
2.3913-2.46160.2281570.171129303087100
2.4616-2.54110.22131710.177629363107100
2.5411-2.63190.21611530.175329513104100
2.6319-2.73720.22851560.181129413097100
2.7372-2.86170.24351570.178729493106100
2.8617-3.01250.21171510.170829583109100
3.0125-3.20110.17861590.165929663125100
3.2011-3.4480.17131450.163129743119100
3.448-3.79460.15281500.157529873137100
3.7946-4.34270.16481590.147329653124100
4.3427-5.46760.15751700.13682961313199
5.4676-33.72290.19641520.17173008316098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0697-0.34960.1721.0878-0.75560.5336-0.03410.2020.31940.1353-0.2356-0.6393-0.3170.3182-0.27260.1991-0.0714-0.07050.27470.14710.389313.871421.70033.4787
22.2995-0.61450.01691.24350.71550.4838-0.04830.17470.36110.2936-0.0956-0.2972-0.2250.0310.02790.1947-0.0324-0.07510.18570.08920.21334.944123.33794.1999
31.0859-0.4036-0.0641.5239-0.25252.6758-0.10280.16270.26740.1368-0.2045-0.4208-0.42260.09510.15850.178-0.0313-0.09310.22050.09790.23039.514318.49085.7109
40.06550.11350.06190.4983-0.01210.1916-0.0929-0.01760.0780.1912-0.0587-0.351-0.13660.1581-0.13510.2471-0.0283-0.30290.14220.03470.330924.49296.543532.3494
55.44293.01710.28973.48292.5183.7919-0.50590.392-0.179-0.42250.4761-0.06420.11670.1476-0.0040.34710.07060.15460.18790.02040.211461.3237-3.935531.8004
60.6035-0.3646-0.42770.24950.41651.3876-0.115-0.0979-0.23480.14210.0920.14510.17120.07030.21620.350.08430.20310.23690.04150.230358.3118-0.187340.4627
70.4537-0.2737-0.44440.46980.44380.9523-0.04160.0282-0.06890.14490.05430.285-0.0308-0.04041.0590.32240.0080.1520.2334-0.00690.227953.92733.991126.5921
81.26890.2126-0.12062.2518-0.9972.20770.02510.2109-0.1076-0.0472-0.0520.45520.1925-0.1883-0.03310.098-0.00850.00850.2739-0.09420.282751.4941-2.86294.3799
90.4685-0.017-0.26190.0294-0.12212.7809-0.0832-0.0204-0.11980.0640.02230.1977-0.1741-0.2380.02620.3240.03750.1660.19980.00690.263544.6619.287435.8209
100.77880.2341-0.00370.22290.0331.49840.02110.0520.06370.0254-0.01160.0462-0.2570.276-0.24140.3466-0.00180.18450.2126-0.00070.203853.14221.912734.6843
110.90040.097-0.60340.30470.07752.6829-0.01730.0329-0.02770.02770.05070.0496-0.12380.10740.00150.26180.04570.18930.21210.02310.235749.043616.585833.1959
122.7261.2162.28740.73391.2252.1601-0.0254-0.0875-0.0497-0.02330.01280.5654-0.4978-0.63110.09890.28810.12510.04880.3162-0.02720.388441.562219.914412.9504
132.35620.59520.33320.1921-0.16161.50190.11960.2938-0.5162-0.0843-0.11030.16460.2791-0.1670.02630.1781-0.0138-0.0240.4317-0.11050.538940.1993-7.63310.0337
141.42170.3090.33570.4318-0.28090.41980.0019-0.1412-0.01290.1274-0.08150.31810.0141-0.4565-0.06310.1732-0.00730.05360.4706-0.07280.503333.89592.05568.7273
152.35491.45971.9966.908-0.34872.2453-0.13060.1813-0.1293-0.09130.0325-0.3372-0.2881-0.01590.09540.19550.03760.07530.2751-0.05480.294647.238714.280710.927
160.8364-0.06570.08820.0356-0.16740.88080.02610.2162-0.0563-0.1431-0.03020.43610.0582-0.4573-0.18430.16840.0036-0.03980.5945-0.10870.586830.9607-1.76942.7156
176.2907-3.60740.24234.2583-0.34192.5188-0.1424-0.2291-0.0770.24060.16790.1879-0.179-0.0919-0.04860.0644-0.01930.01960.1324-0.02230.0762-0.2624-3.06957.4889
180.92060.0025-0.17681.8193-0.10060.57950.06210.2127-0.0147-0.1192-0.1743-0.11020.01080.02680.06070.0670.01590.01090.17610.01490.09462.04783.2384-2.1515
194.552-1.7879-0.84242.88550.75750.6626-0.00080.3035-0.2033-0.2128-0.08380.09650.07820.00210.10040.08670.0140.03050.203-0.01150.0855-0.7666-3.5885-3.8773
200.6561-0.04010.59162.8521-0.45621.43530.10670.1668-0.0008-0.0252-0.0954-0.32150.01710.12510.00140.0595-0.00820.01990.17220.0140.09217.5187-1.15214.0969
210.29840.2606-0.01390.28920.17860.58550.12150.27950.0854-0.4407-0.2587-0.1178-0.13020.03560.00230.28440.04110.01130.31580.06720.1199-0.068715.9849-10.801
220.4768-0.06920.10420.16580.13180.2265-0.0904-0.03120.05190.2747-0.0134-0.1955-0.12650.0578-0.03710.2215-0.0072-0.0660.11440.00310.106510.20450.055724.8308
231.06410.21780.3130.23340.02440.7161-0.1102-0.11390.14140.28850.0289-0.0223-0.1271-0.05420.01420.2030.0102-0.04930.1088-0.00170.104711.14471.114932.2307
243.70921.44241.41934.17494.15044.3319-0.0456-0.38710.09580.4316-0.07420.0056-0.0668-0.44630.24390.31090.0096-0.01630.14470.02530.12285.4718-2.000738.4779
252.48311.2046-0.40842.10071.18971.6796-0.0982-0.4177-0.19880.44910.0291-0.2771-0.012-0.0115-0.17840.4407-0.0026-0.05710.15820.04910.145410.3063-6.040842.0209
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 38 )L1 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 39 through 75 )L39 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 76 through 102 )L76 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 103 through 214 )L103 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1 through 17 )A1 - 17
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 18 through 95 )A18 - 95
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 96 through 134 )A96 - 134
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 135 through 215 )A135 - 215
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 38 )B1 - 38
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 39 through 75 )B39 - 75
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 76 through 102 )B76 - 102
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 103 through 113 )B103 - 113
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 114 through 128 )B114 - 128
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 129 through 163 )B129 - 163
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 164 through 174 )B164 - 174
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 175 through 211 )B175 - 211
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 1 through 17 )H1 - 17
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 18 through 63 )H18 - 63
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 64 through 82 )H64 - 82
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 83 through 95 )H83 - 95
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 96 through 100 )H96 - 100
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 101 through 134 )H101 - 134
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 135 through 188 )H135 - 188
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 189 through 203 )H189 - 203
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'H' and (resid 204 through 216 )H204 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る