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- PDB-3eyf: Crystal structure of anti-human cytomegalovirus antibody 8f9 plus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eyf
タイトルCrystal structure of anti-human cytomegalovirus antibody 8f9 plus gB peptide
要素
  • 8f9 Fab
  • AD-2
  • Synthetic peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / cytomegalovirus / antibody / Immunoglobulin domain / Cleavage on pair of basic residues / Envelope protein / Glycoprotein / Host-virus interaction / Membrane / Transmembrane / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus Glycoprotein B, antigenic domain, N-terminal / Glycoprotein B N-terminal antigenic domain of HCMV / : / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain ...Herpesvirus Glycoprotein B, antigenic domain, N-terminal / Glycoprotein B N-terminal antigenic domain of HCMV / : / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein B / Ig-like domain-containing protein / IGK@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Thomson, C.A. / Bryson, S. / McLean, G.R. / Creagh, A.L. / Pai, E.F. / Schrader, J.W.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Germline V-genes sculpt the binding site of a family of antibodies neutralizing human cytomegalovirus.
著者: Thomson, C.A. / Bryson, S. / McLean, G.R. / Creagh, A.L. / Pai, E.F. / Schrader, J.W.
履歴
登録2008年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref / struct_ref_seq
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 8f9 Fab
B: AD-2
C: 8f9 Fab
D: AD-2
E: Synthetic peptide
F: Synthetic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,9668
ポリマ－101,7826
非ポリマー1842
水7,242402
1
A: 8f9 Fab
B: AD-2
E: Synthetic peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8913
ポリマ－50,8913
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-32.6 kcal/mol
Surface area19640 Å2
手法PISA
2
C: 8f9 Fab
D: AD-2
F: Synthetic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0755
ポリマ－50,8913
非ポリマー1842
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.300, 103.500, 152.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 8f9 Fab


分子量: 23714.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET32b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6PJF2*PLUS
#2: 抗体 AD-2


分子量: 25932.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q68CN4*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド Synthetic peptide


分子量: 1244.394 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide following the sequence of residues 69-78 of Glycoprotein B from Human cytomegalovirus, UniProt entry P13201 (VGLB_HCMVT)
参照: UniProt: P13201
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.6
詳細: 1.9M Ammonium sulfate, 0.1M CAPS buffer, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月12日
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 42862 / Num. obs: 42862 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1HEZ

1hez


解像度: 2.3→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.23 2137 Random
Rwork0.21 --
all0.21 42862 -
obs0.21 42862 -
原子変位パラメータBiso mean: 36.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6699 0 12 402 7113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0206
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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