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Yorodumi- PDB-5wcc: Crystal structure of the broadly neutralizing Influenza A antibod... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wcc | ||||||
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Title | Crystal structure of the broadly neutralizing Influenza A antibody VRC 315 02-1F07 Fab. | ||||||
Components | (VRC 315 02-1F07 Fab ...) x 2 | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / influenza / human vaccine trial | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.461 Å | ||||||
Authors | Joyce, M.G. / Andrews, S.F. / Mascola, J.R. / McDermott, A.B. / Kwong, P.D. | ||||||
Citation | Journal: Sci Immunol / Year: 2017 Title: Preferential induction of cross-group influenza A hemagglutinin stem-specific memory B cells after H7N9 immunization in humans. Authors: Andrews, S.F. / Joyce, M.G. / Chambers, M.J. / Gillespie, R.A. / Kanekiyo, M. / Leung, K. / Yang, E.S. / Tsybovsky, Y. / Wheatley, A.K. / Crank, M.C. / Boyington, J.C. / Prabhakaran, M.S. / ...Authors: Andrews, S.F. / Joyce, M.G. / Chambers, M.J. / Gillespie, R.A. / Kanekiyo, M. / Leung, K. / Yang, E.S. / Tsybovsky, Y. / Wheatley, A.K. / Crank, M.C. / Boyington, J.C. / Prabhakaran, M.S. / Narpala, S.R. / Chen, X. / Bailer, R.T. / Chen, G. / Coates, E. / Kwong, P.D. / Koup, R.A. / Mascola, J.R. / Graham, B.S. / Ledgerwood, J.E. / McDermott, A.B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5wcc.cif.gz | 354.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5wcc.ent.gz | 286.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5wcc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5wcc_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5wcc_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 5wcc_validation.xml.gz | 36.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5wcc_validation.cif.gz | 50.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wcc | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ty6SC 5u4rC 5wcaC 5wcdC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Antibody , 2 types, 4 molecules HALB
#1: Antibody | Mass: 24275.232 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23190.498 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Non-polymers , 4 types, 306 molecules
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.93 Å3/Da / Density % sol: 58.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 40% (w/v) PEG-400, 11% (w/v) PEG-8000, 0.1 M Tris, pH 8.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 9, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→46.624 Å / Num. obs: 39756 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 11.56 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.861 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5TY6 Resolution: 2.461→46.624 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.461→46.624 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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