PDB-5tnm: Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory fact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tnm

タイトル

Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory factor Cif containing the adducted (R)-1,2-Epoxyoctane hydrolysis intermediate

要素

CFTR inhibitory factor

キーワード

HYDROLASE / epoxide hydrolase / hydroxyalkyl-enzyme intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Hvorecny, K.L. / Madden, D.R.

資金援助

米国, 9件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI091699	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM113132	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM106394	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK097154	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM008704	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES002710	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES004699	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES024806	米国
Cystic Fibrosis Foundation	STANTO19R0	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Active-Site Flexibility and Substrate Specificity in a Bacterial Virulence Factor: Crystallographic Snapshots of an Epoxide Hydrolase.
著者: Hvorecny, K.L. / Bahl, C.D. / Kitamura, S. / Lee, K.S.S. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.

履歴

登録	2016年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tnm.cif.gz	493.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tnm.ent.gz	406.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tnm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tnm_validation.pdf.gz	456.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tnm_full_validation.pdf.gz	462.4 KB	表示
XML形式データ	5tnm_validation.xml.gz	51.4 KB	表示
CIF形式データ	5tnm_validation.cif.gz	75.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tndC 5tneC 5tnfC 5tngC 5tnhC 5tniC 5tnjC 5tnkC 5tnlC 5tnnC 5tnpC 5tnqC 5tnrC 5tnsC 3kd2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dno-1 5hk9-2 5hk9-1 5hkb-1 5tnl-1 4dmc-1 5tnq-2 5tne-1 4eus-2 4dm7-2 3kd2-2 5tnf-1 4dnf-1 4dno-2 6wcx-2 4dmk-1 5jyc-1 5tni-2 5tns-2 5tni-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.297, 84.043, 89.253
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-720- HOH
2	1	A-726- HOH
3	1	C-715- HOH

#1: タンパク質	CFTR inhibitory factor 分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-7F2 / (2R)-octane-1,2-diol / (R)-1,2-オクタンジオ-ル分子量: 146.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 972 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: sodium acetate, pH5 calcium chloride PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.078 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→19.814 Å / Num. obs: 134244 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.23 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 19.89
反射シェル	解像度: 1.7→1.85 Å / 冗長度: 6.25 % / R_merge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 5.75 / CC_1/2: 0.96 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS	Nov 3, 2014	データ削減
XDS	Nov 3, 2014	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2

解像度: 1.7→19.814 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.1

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1706	6720	5.01 %
R_work	0.146	-	-
obs	0.1472	134236	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.814 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9427	0	36	972	10435

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.808	13623
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.86	5938
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1407
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1794

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.2369	336	0.1851	4117	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7193-1.7395	10000000	0	0.1737	4454	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7395-1.7607	0.2018	336	0.1671	4090	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7607-1.783	0.2049	336	0.1618	4122	X-RAY DIFFRACTION	100
1.783-1.8064	10000000	0	0.1577	4487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8064-1.8312	0.2001	336	0.1569	4101	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8312-1.8573	0.1854	336	0.1517	4135	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8573-1.885	10000000	0	0.16	4473	X-RAY DIFFRACTION	100
1.885-1.9145	0.194	336	0.1529	4130	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9145-1.9458	0.1639	336	0.1382	4112	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9458-1.9793	10000000	0	0.1429	4432	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9793-2.0153	0.179	336	0.1457	4117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0153-2.054	0.1786	336	0.1462	4144	X-RAY DIFFRACTION	100
2.054-2.0959	10000000	0	0.1429	4462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0959-2.1414	0.1674	336	0.1406	4139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1414-2.1912	0.1838	336	0.1506	4119	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1912-2.2459	10000000	0	0.1495	4467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2459-2.3065	0.1808	336	0.1499	4110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3065-2.3743	0.1721	336	0.1456	4150	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3743-2.4508	10000000	0	0.1508	4458	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4508-2.5382	0.173	336	0.1597	4160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5382-2.6396	0.1851	336	0.1557	4133	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6396-2.7595	10000000	0	0.1508	4488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7595-2.9045	0.1839	336	0.1546	4145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9045-3.0859	0.1741	336	0.1582	4135	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0859-3.3231	10000000	0	0.1458	4495	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3231-3.6556	0.1307	336	0.1339	4179	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6556-4.1803	0.1321	336	0.1297	4157	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1803-5.2505	10000000	0	0.1216	4549	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2505-19.8157	0.1934	336	0.1528	4256	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8766	0.1087	0.1491	0.8145	-0.0147	0.8017	0.0154	-0.0991	-0.0825	0.0666	-0.0253	0.0284	0.09	-0.0251	0.0113	0.0904	0.0062	0.0037	0.1002	0.0101	0.0838	-21.9683	12.1771	27.3541
2	1.1795	-0.4225	0.0311	1.3755	-0.1055	0.5877	-0.0231	0.0131	0.1442	-0.0481	0.0142	0.0693	-0.0812	-0.0359	0.0055	0.0925	0.0142	-0.0223	0.0885	0.0025	0.1296	-31.0045	51.3258	15.5025
3	0.7415	0.073	0.0092	1.0135	0.0985	0.7922	0.0175	-0.042	0.119	0.0451	-0.0326	-0.0806	-0.0943	0.0191	0.0143	0.0985	0.0081	0.0049	0.0996	-0.0022	0.1355	5.797	44.0469	27.0051
4	1.0569	-0.316	-0.0552	1.1879	0.1487	0.541	0.0233	0.0576	-0.049	-0.0252	-0.0117	-0.1236	0.0462	0.0234	-0.0064	0.0921	0.0239	0.0074	0.0972	-0.0022	0.0789	14.7196	4.8997	15.764

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 25:320 )	A	25 - 320
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 25:320 )	B	25 - 320
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 25:317 )	C	25 - 317
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 25:320 )	D	25 - 320

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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