PDB-5tnh: Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory fact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tnh

タイトル

Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory factor Cif containing the adducted 17,18-EpETE hydrolysis intermediate

要素

CFTR inhibitory factor

キーワード

HYDROLASE / epoxide hydrolase / hydroxyalkyl-enzyme intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hvorecny, K.L. / Madden, D.R.

資金援助

米国, 9件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI091699	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM113132	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM106394	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK097154	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM008704	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES002710	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES004699	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES024806	米国
Cystic Fibrosis Foundation	STANTO19R0	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Active-Site Flexibility and Substrate Specificity in a Bacterial Virulence Factor: Crystallographic Snapshots of an Epoxide Hydrolase.
著者: Hvorecny, K.L. / Bahl, C.D. / Kitamura, S. / Lee, K.S.S. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.

履歴

登録	2016年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.2	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tnh.cif.gz	478.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tnh.ent.gz	394 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tnh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tnh_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tnh_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5tnh_validation.xml.gz	49.2 KB	表示
CIF形式データ	5tnh_validation.cif.gz	69.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tndC 5tneC 5tnfC 5tngC 5tniC 5tnjC 5tnkC 5tnlC 5tnmC 5tnnC 5tnpC 5tnqC 5tnrC 5tnsC 3kd2S 4dmc S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dno-2 4eus-1 5tnm-2 5tnl-1 5tnr-1 5tnq-2 5hk9-2 4dnf-1 4dm7-2 7a43-d 5tnk-1 5tnn-1 5k3c-d 3r40-d 5tnp-1 6qkt-d 4dmc-1 5hkb-1 6kxh-2 5tnm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	168.132, 84.083, 89.564
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.28, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CFTR inhibitory factor 分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-7MS / (5Z,8Z,11Z,14Z,17R,18R)-17,18-dihydroxyicosa-5,8,11,14-tetraenoic acid 分子量: 336.466 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.03 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: sodium acetate, pH5 calcium chloride PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→19.84 Å / Num. obs: 71625 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.65 % / R_merge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 12.21
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 7.69 % / R_merge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 3.76 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS	November 1, 2011	データ削減
XDS	November 1, 2011	データスケーリング
PHENIX	(1.10_2155: ???)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2

解像度: 2.1→19.84 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2339	3576	4.99 %
R_work	0.1851	-	-
obs	0.1875	71620	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9360	0	92	600	10052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9778
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.821	13266
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.764	5766
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1362
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1734

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1276	0.2988	179	0.221	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1276-2.1567	0.2716	176	0.2126	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1567-2.1875	10000000	0	0.2014	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1875-2.2201	0.2494	179	0.1937	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2201-2.2547	0.2583	179	0.1955	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2547-2.2917	0.2554	178	0.2003	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2917-2.3311	10000000	0	0.1974	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3311-2.3734	0.2422	179	0.1939	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3734-2.419	0.2835	179	0.2003	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.419-2.4683	0.2691	179	0.2032	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4683-2.5219	10000000	0	0.1986	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5219-2.5804	0.262	179	0.1969	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5804-2.6448	0.2376	179	0.1888	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6448-2.7161	0.2464	179	0.2004	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7161-2.7958	0.2522	23	0.189	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7958-2.8858	0.2504	156	0.1916	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8858-2.9886	0.2331	179	0.197	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9886-3.1079	0.2625	179	0.1903	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1079-3.2487	0.2063	179	0.1799	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2487-3.4192	10000000	0	0.1788	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4192-3.6322	0.2316	179	0.1718	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6322-3.9107	0.2157	179	0.1761	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9107-4.3006	0.1961	179	0.1657	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3006-4.9146	10000000	0	0.1525	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9146-6.161	0.2	179	0.1819	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
6.161-19.8411	0.2105	179	0.1869	2676	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0926	-0.1455	-0.0874	1.0829	-0.1766	0.8551	0.002	0.0429	0.1517	-0.0468	-0.0227	0.0264	-0.1181	-0.0354	0.024	0.1047	-0.0074	-0.0028	0.1183	-0.003	0.1546	-5.9935	29.7947	-27.0027
2	1.1106	0.4319	-0.1454	1.3005	-0.0929	0.4958	-0.0098	-0.0431	-0.0861	0.0489	0.0154	0.097	0.0902	-0.0124	-0.0066	0.122	-0.0258	0.0049	0.1413	0.0136	0.1142	-14.7316	-9.4892	-15.726
3	1.1543	-0.0132	0.1883	1.0551	0.0252	0.8432	0.0044	0.0799	-0.104	-0.0602	-0.0062	-0.0304	0.0999	0.0238	0.004	0.0955	-0.0095	0.0024	0.1173	-0.0054	0.1419	22.0116	-2.7354	-27.1755
4	1.3075	0.5832	0.0821	1.4665	0.2553	0.7739	-0.0132	-0.0121	0.1224	0.0603	0.0214	-0.0724	-0.0824	0.0003	-0.0058	0.1084	-0.0243	-0.0164	0.131	-0.0112	0.1551	30.7894	36.575	-15.6674

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN C AND RESID 25:317 )	C	25 - 317
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN D AND RESID 25:317 )	D	25 - 317
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 25:318 )	A	25 - 318
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 25:318 )	B	25 - 318

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