PDB-5tnf: Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory fact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tnf

タイトル

Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory factor Cif containing the adducted 19,20-EpDPE hydrolysis intermediate

要素

CFTR inhibitory factor

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / epoxide hydrolase / hydroxyalkyl-enzyme intermediate / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Hvorecny, K.L. / Madden, D.R.

資金援助

米国, 9件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI091699	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM113132	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM106394	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK097154	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM008704	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES002710	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES004699	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES024806	米国
Cystic Fibrosis Foundation	STANTO19R0	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Active-Site Flexibility and Substrate Specificity in a Bacterial Virulence Factor: Crystallographic Snapshots of an Epoxide Hydrolase.
著者: Hvorecny, K.L. / Bahl, C.D. / Kitamura, S. / Lee, K.S.S. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.

履歴

登録	2016年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.2	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tnf.cif.gz	497.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tnf.ent.gz	409.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tnf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tnf_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tnf_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5tnf_validation.xml.gz	54.6 KB	表示
CIF形式データ	5tnf_validation.cif.gz	79.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tndC 5tneC 5tngC 5tnhC 5tniC 5tnjC 5tnkC 5tnlC 5tnmC 5tnnC 5tnpC 5tnqC 5tnrC 5tnsC 3kd2S 4dmc S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dmk-2 5hkb-1 4dm7-1 4dmc-1 5hk9-1 5tni-2 5tns-2 5tnp-1 5tnd-2 5hka-1 3kda-2 3aio-4 5tnm-1 5hka-2 5tne-1 5tnh-2 4dnf-1 4dmh-1 5hk9-2 4dm7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.551, 83.922, 89.678
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.35, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CFTR inhibitory factor 分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-7HW / (4Z,7Z,10Z,13Z,16Z,19R,20R)-19,20-dihydroxydocosa-4,7,10,13,16-pentaenoic acid 分子量: 362.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1065 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.77 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: sodium acetate, pH5 calcium chloride PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→46.158 Å / Num. obs: 120855 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.75 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 20.76
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 5.79 % / R_merge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 5.24 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS	Dec 6, 2010	データ削減
XDS	Dec 6, 2010	データスケーリング
PHENIX	1.10_2155: ???	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2

解像度: 1.75→46.158 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1747	6053	5.01 %
R_work	0.1463	-	-
obs	0.1477	120849	97.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.158 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9492	0	100	1065	10657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10032
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.816	13634
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.028	5958
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1395
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1790

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.7699 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.206	297	-
R_work	0.1668	3637	-
obs	-	-	96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8616	0.0452	0.1643	0.8283	0.0164	0.7585	0.0128	0.0995	-0.0919	-0.0765	-0.0143	-0.0515	0.1007	0.0402	0.006	0.0824	-0.0025	0.0049	0.0869	-0.0086	0.0627	21.7867	11.991	-27.339
2	1.0975	0.398	0.0147	1.2267	0.1012	0.66	-0.0222	-0.0215	0.1472	0.0407	0.0127	-0.0562	-0.1107	0.0253	0.0052	0.089	-0.0181	-0.0213	0.077	-0.0009	0.1019	31.0493	51.7358	-15.7387
3	0.8369	-0.0075	-0.051	1.0941	-0.0218	0.8324	0.0161	0.0489	0.1511	-0.0618	-0.0267	0.1001	-0.1103	-0.0495	0.0103	0.0807	-0.004	0.0014	0.0782	0.0023	0.1096	-5.5768	44.9447	-27.2865
4	1.0852	0.2939	-0.0981	1.0014	-0.1411	0.5982	0.018	-0.0701	-0.0822	0.0145	-0.0208	0.084	0.0686	-0.0037	0.0047	0.0894	-0.0268	0.0118	0.0961	0.0015	0.0637	-14.8947	5.2015	-15.7423

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 25:321 )	A	25 - 321
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 25:321 )	B	25 - 321
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 25:321 )	C	25 - 321
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 25:321 )	D	25 - 321

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)