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万見
- PDB-5tih: Structural basis for inhibition of erythrocyte invasion by antibo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tih
タイトルStructural basis for inhibition of erythrocyte invasion by antibodies to Plasmodium falciparum protein CyRPA
要素
  • CyRPA antibody Fab Heavy Chain
  • CyRPA antibody Fab Light Chain
  • Cysteine-rich protective antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / Plasmodium falciparum CyRPA Inhibitory antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


microneme lumen / microneme / symbiont entry into host / apical part of cell / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cysteine-rich protective antigen 6 bladed domain / Cysteine-Rich Protective Antigen 6 bladed domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Cysteine-rich protective antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Chen, L. / Xu, Y. / Wang, W. / Thompson, J.K. / Goddard-Borger, E. / Lawrence, M.C. / Cowman, A.F.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structural basis for inhibition of erythrocyte invasion by antibodies toPlasmodium falciparumprotein CyRPA.
著者: Chen, L. / Xu, Y. / Wong, W. / Thompson, J.K. / Healer, J. / Goddard-Borger, E.D. / Lawrence, M.C. / Cowman, A.F.
履歴
登録2016年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine-rich protective antigen
H: CyRPA antibody Fab Heavy Chain
L: CyRPA antibody Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5396
ポリマ－86,3613
非ポリマー1773
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.950, 87.380, 145.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cysteine-rich protective antigen


分子量: 39485.402 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-362 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0423800
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8IFM8
#2: 抗体 CyRPA antibody Fab Heavy Chain


分子量: 23343.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 CyRPA antibody Fab Light Chain


分子量: 23532.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5 / 詳細: 11% PEG5000 monomethyl ether 0.2M NaAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→38.339 Å / Num. obs: 38349 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.964 % / Biso Wilson estimate: 54.63 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 14.54 / Num. measured all: 228722 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.44-2.585.6190.9912.1732264586957420.7271.08897.8
2.58-2.766.2050.6293.5536547589358900.8660.68799.9
2.76-2.986.1960.3276.1733512541154090.9570.357100
2.98-3.266.1690.15911.0930618496849630.990.17399.9
3.26-3.656.0980.08518.4228270463946360.9960.09399.9
3.65-4.215.9950.05725.6523991401740020.9970.06299.6
4.21-5.145.810.04331.7219864343834190.9980.04899.4
5.14-7.235.5890.04431.3515186272627170.9980.04899.7
7.23-38.3395.3910.03534.58470162915710.9990.03896.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5l9d

5l9d


解像度: 2.44→38.339 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2115 1891 4.93 %
Rwork0.1887 36454 -
obs0.1898 38345 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 159.44 Å2 / Biso mean: 68.0314 Å2 / Biso min: 30.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.44→38.339 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5990 0 12 43 6045
Biso mean--68.68 51.99 -
残基数----750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036149
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5768343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045914
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031064
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0493675
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4401-2.50110.2961200.28372495261596
2.5011-2.56870.32341310.294125742705100
2.5687-2.64430.38991340.285325812715100
2.6443-2.72960.27171450.255125452690100
2.7296-2.82720.25691290.254626042733100
2.8272-2.94030.27071310.24425812712100
2.9403-3.07410.2461390.234625942733100
3.0741-3.23610.30031220.236526222744100
3.2361-3.43870.2351260.2125972723100
3.4387-3.7040.2531500.200226052755100
3.704-4.07640.18661390.178426202759100
4.0764-4.66540.15581270.14272633276099
4.6654-5.87440.16111370.14626682805100
5.8744-38.34360.17261610.15352735289698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0894-0.37920.05624.01322.67565.2269-0.22020.0644-0.01160.2018-0.03390.23810.2526-0.170.21810.4077-0.0616-0.03180.27560.06620.361972.282470.897193.0159
22.90620.10790.72513.9345-1.70855.5853-0.08220.2948-0.1685-0.28950.1897-0.43140.19940.4643-0.09530.3812-0.08880.02210.3203-0.05820.400789.322567.000893.4131
34.4771-2.2155-0.08232.21141.43292.5658-0.1628-0.55730.05180.43510.11780.23410.1518-0.0920.02480.49420.00170.03780.339-0.01160.416679.806471.6032111.4923
42.92651.27191.36295.33692.03276.93540.263-0.1607-0.64660.5834-0.0467-0.30770.69530.1931-0.24330.46930.0226-0.08250.30790.00290.52770.539347.798270.6755
50.356-0.3751-0.56151.46661.03197.5764-0.05460.3129-0.1398-0.02380.1096-0.02440.81470.7449-0.05050.44080.1071-0.070.5889-0.12340.590773.421947.427548.9513
65.09711.3139-4.11935.443-2.17576.80320.1174-0.4066-0.0895-0.1432-0.083-0.58530.63121.95130.02970.53780.1509-0.02171.1704-0.23360.500680.923145.283335.0116
75.8209-0.1465-1.97263.8240.4097.2081-0.04070.63340.1904-0.56040.11930.0613-1.2055-0.055-0.0860.5681-0.1195-0.07260.378-0.00340.374467.449971.044561.078
84.27982.7820.57936.2274-0.6735.6162-0.09340.35530.235-0.33040.1914-0.3789-0.6940.8476-0.11140.4392-0.11330.00760.4518-0.02860.35373.750368.904463.7737
92.07282.15791.20018.46484.68598.22150.16520.14190.0373-0.2385-0.05130.041-0.39220.7599-0.17420.4678-0.00240.07610.7302-0.1090.430471.103457.203231.8898
102.68621.95211.11952.9133.61957.6803-0.01680.3567-0.1191-1.3982-0.06790.4767-0.57320.01830.05990.70130.071-0.05330.8387-0.11340.542466.56953.23322.1192
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 109 )A2 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 110 through 180 )A110 - 180
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 181 through 333 )A181 - 333
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 1 through 83 )H1 - 83
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 84 through 144 )H84 - 144
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 145 through 215 )H145 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 1 through 38 )L1 - 38
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 39 through 102 )L39 - 102
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 103 through 174 )L103 - 174
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 175 through 212 )L175 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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