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Yorodumi- PDB-6d9w: Crystal structure of Deinococcus radiodurans MntH, an Nramp-famil... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6d9w | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of Deinococcus radiodurans MntH, an Nramp-family transition metal transporter, in the inward-open apo state | ||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Transition metal / proton / secondary transporter / LeuT-fold | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information manganese ion transmembrane transporter activity / cadmium ion transmembrane transporter activity / symporter activity / cellular response to iron ion / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Deinococcus radiodurans (radioresistant) Mus musculus (house mouse) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3.941 Å | ||||||||||||
Authors | Gaudet, R. / Bane, L.B. / Weihofen, W.A. / Singharoy, A. / Zimanyi, C.M. / Bozzi, A.T. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2019 Title: Structures in multiple conformations reveal distinct transition metal and proton pathways in an Nramp transporter. Authors: Bozzi, A.T. / Zimanyi, C.M. / Nicoludis, J.M. / Lee, B.K. / Zhang, C.H. / Gaudet, R. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6d9w.cif.gz | 306.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6d9w.ent.gz | 258.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6d9w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/6d9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/6d9w | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45260.449 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: Q169H, K170H, E251Y, E252Y, K253Y, R398H, R399H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Deinococcus radiodurans (radioresistant) Strain: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 Gene: mntH, DR_1709 / Plasmid: pET21 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41 / References: UniProt: Q9RTP8 |
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#2: Antibody | Mass: 22568.271 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Mus musculus (house mouse) |
#3: Antibody | Mass: 23506.703 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Mus musculus (house mouse) |
#4: Chemical |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.52 Å3/Da / Density % sol: 72.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.5 Details: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 0.05 M magnesium acetate, 24% PEG400 and 0.4-1% beta-octylglucoside |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 3.94→46.47 Å / Num. obs: 11791 / % possible obs: 95 % / Redundancy: 16.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 6 | ||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 3.94→4.08 Å / Redundancy: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.61 / Num. unique obs: 462 / CC1/2: 0.189 / % possible all: 96 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.941→46.47 Å / SU ML: 0.56 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 32.08
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.941→46.47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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