PDB-6c3i: Crystal structure of the Deinococcus radiodurans Nramp/MntH dival...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c3i

タイトル

Crystal structure of the Deinococcus radiodurans Nramp/MntH divalent transition metal transporter G45R mutant in an inward occluded state

要素

Divalent metal cation transporter MntH

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / divalent transition metal transporter / LeuT-fold / manganese importer / proton-coupled secondary transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

manganese ion transport / cadmium ion transmembrane transporter activity / manganese ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / symporter activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95012617657 Å

データ登録者

Zimanyi, C.M. / Bozzi, A.T. / Gaudet, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structures in multiple conformations reveal distinct transition metal and proton pathways in an Nramp transporter.
著者: Bozzi, A.T. / Zimanyi, C.M. / Nicoludis, J.M. / Lee, B.K. / Zhang, C.H. / Gaudet, R.

履歴

登録	2018年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_assembly_gen Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c3i.cif.gz	349.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c3i.ent.gz	255.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6c3i_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c3i_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6c3i_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	6c3i_validation.cif.gz	39.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c3i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6d91C 6d9wC 5kteS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wiw-1 6vhx-1 1k4h-d 5a1n-d 2g5f-4 1pxg-d 6jl2-1 4pun-d 1p1m-d 3st6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Divalent metal cation transporter MntH

B: Divalent metal cation transporter MntH

ヘテロ分子

98.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Divalent metal cation transporter MntH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Divalent metal cation transporter MntH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.727, 97.850, 118.257
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	LEU	LEU	chain 'A'	A	A	45 - 167	54 - 176
1	2	PRO	PRO	GLY	GLY	chain 'A'	A	A	174 - 435	183 - 444
2	3	ARG	ARG	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 45 through 167 or resid 174 through 436))	B	B	45 - 167	54 - 176
2	4	PRO	PRO	GLY	GLY	(chain 'B' and (resid 45 through 167 or resid 174 through 436))	B	B	174 - 435	183 - 444

#1: タンパク質	Divalent metal cation transporter MntH 分子量: 48023.531 Da / 分子数: 2 / 変異: G45R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 遺伝子: mntH, DR_1709 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q9RTP8
#2: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.26 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7 詳細: 20% PEG550 MME, 150 mM sodium chloride, 100 mM HEPES, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月21日
放射	モノクロメーター: cryo-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 17206 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 56.6918989193 Å² / R_merge(I) obs: 0.233 / R_pim(I) all: 0.133 / R_rim(I) all: 0.27 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 1.388 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 842 / CC_1/2: 0.386 / R_pim(I) all: 0.795 / R_rim(I) all: 1.608 / % possible all: 98.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5KTE

5kte

解像度: 2.95012617657→29.6188398829 Å / SU ML: 0.376242546461 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98282988871 / 位相誤差: 30.6718981096
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273204444698	839	4.90758072064 %
R_work	0.242713033286	16257	-
obs	0.244270636381	17096	95.8188543885 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.6133465416 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95012617657→29.6188398829 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5812	0	138	29	5979

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00199936186397	6070
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.477522966645	8253
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0380327137722	1004
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00430573680106	1011
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.5834537751	2139

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9501-3.1348	0.397821879609	127	0.321617264876	2318	X-RAY DIFFRACTION	84.1073271414
3.1348-3.3765	0.332387094334	136	0.296576085228	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.1825613079
3.3765-3.7157	0.284811636137	124	0.258067895128	2759	X-RAY DIFFRACTION	98.5978112175
3.7157-4.252	0.250818384415	150	0.23508519648	2775	X-RAY DIFFRACTION	98.8509631632
4.252-5.3519	0.28462504393	143	0.222918728122	2806	X-RAY DIFFRACTION	98.5957873621
5.3519-29.6203	0.211571228226	159	0.20818883495	2823	X-RAY DIFFRACTION	95.424

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.49435830758	-4.95751962962	4.40364371078	8.95805791185	-5.59910673971	9.37538470829	-0.420110079254	-0.832873494928	0.259342575625	0.562428324578	0.563874974863	-0.140839935283	0.367537045341	-0.352594321065	-0.114761027088	0.427113972087	0.0211725393263	0.00895599273795	0.501223364079	-0.104129402861	0.489502917788	-41.3542474476	-22.3617709124	27.3424164386
2	0.031125956217	0.17778142416	-0.236102835024	1.13701728499	-1.02647129942	1.02909447555	0.47211763585	-0.695673736129	1.1397996192	1.19501548213	1.16197322795	-0.604426753747	-0.55285688128	0.293697182047	-1.04746224425	0.944155298966	0.282826581476	-0.0256309431949	1.06190800795	-0.607438613272	1.20382616694	-20.6525925711	-26.8409719734	21.4540821264
3	5.39155482341	-1.6823999449	-3.1408162229	0.556178216261	1.52262116293	3.08500948194	-0.52942497542	0.640216985868	-0.241133084807	-0.152311298081	0.406569930075	0.0141686170158	0.399808486382	0.0154821660982	0.0665709137125	0.659940266348	0.0288076401036	-0.066641871803	0.300425357628	-0.144131524629	0.627123272256	-33.4580180859	-37.2871114263	4.20805519717
4	1.48226525879	-1.02706152204	1.11016659633	0.721148569791	-0.772517624489	7.82599808443	0.211521898559	-0.103050765524	-0.0501058285238	0.0503516487323	-0.0436373008556	-1.75345880801	-1.01869155673	0.74136496854	-0.0526262404609	0.40796980714	-0.00451470196036	0.109551428967	0.409382674383	-0.203381810876	1.01245781832	-32.5762571024	-6.69728900753	13.087840725
5	2.44680581482	-0.712584593726	0.452263068616	2.1632603283	-4.80719043175	4.19944049401	0.627438750848	0.112861125427	0.362603193788	-0.893701852994	-0.805961437541	-0.130360756796	-0.0090117335564	0.506684708945	0.148017726715	0.454837461245	0.0905772297475	0.106980204921	0.350260315763	-0.0183517094168	0.557057202368	-24.5516650277	-19.489948268	8.44910657096
6	8.39685895666	-3.68200966176	-6.16734164192	4.19830480294	6.67190109655	2.00014951058	-0.266974018808	-1.22992378176	-2.0582404238	1.31964788027	-0.385907760827	0.570865103052	2.09373258975	0.0376808910847	0.68033696964	1.24096234665	0.246494020605	-0.414368378664	0.598316580534	-0.09270552321	1.24540526153	-33.4625014802	-46.2108818514	18.4126504871
7	0.147529255966	0.178943377027	0.593094732551	1.78185799257	1.38003304623	2.16083960277	0.161298432799	-0.129924126404	-0.219076290356	0.516253649183	-0.0594881271202	-0.09084458692	0.263043183803	0.241218522385	-0.161093057773	0.309369054595	0.0019087703135	0.0317104145218	0.496604808556	-0.0162645656912	0.483718087969	-38.8359658864	-23.2584893715	21.8269290407
8	3.83158557061	0.236890311217	-0.133789965644	4.1947530999	-1.53645104825	4.20038689488	-0.211128864004	0.823565813404	-0.14664021262	-1.22513909639	0.523732861317	0.0387965852218	0.532999024369	-0.427121379158	-0.185621231604	0.443776856603	0.160026740085	0.0630924681355	0.479783536152	-0.237980248619	0.393324562516	-42.2432266212	-17.6835465424	-0.491521243954
9	1.17242184968	2.58414482057	-1.13567534633	3.44029403695	-1.45830087917	1.44995144063	0.296232499866	2.98235157639E-5	-0.284499608471	0.122781904046	-0.481941486444	-0.464345667553	-0.109514459912	-0.152202384732	0.213262144761	0.280034637585	-0.00121787061461	-0.00970350962797	0.424315891206	0.0835842419402	0.47741659563	4.65322114441	-24.2412389136	49.3126739022
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 113 through 166 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 167 through 196 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 197 through 228 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 229 through 249 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 250 through 286 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 287 through 299 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 300 through 397 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 398 through 436 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 45 through 99 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 100 through 146 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 147 through 174 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 175 through 228 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 229 through 249 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 250 through 299 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 300 through 343 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 344 through 356 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 357 through 397 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 398 through 436 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 44 through 99 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 100 through 112 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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