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- PDB-6c3i: Crystal structure of the Deinococcus radiodurans Nramp/MntH dival... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6c3i | ||||||
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Title | Crystal structure of the Deinococcus radiodurans Nramp/MntH divalent transition metal transporter G45R mutant in an inward occluded state | ||||||
![]() | Divalent metal cation transporter MntH | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / divalent transition metal transporter / LeuT-fold / manganese importer / proton-coupled secondary transporter | ||||||
Function / homology | ![]() manganese ion transport / iron ion transmembrane transport / manganese ion transmembrane transporter activity / cadmium ion transmembrane transporter activity / intracellular manganese ion homeostasis / symporter activity / cellular response to iron ion / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zimanyi, C.M. / Bozzi, A.T. / Gaudet, R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structures in multiple conformations reveal distinct transition metal and proton pathways in an Nramp transporter. Authors: Bozzi, A.T. / Zimanyi, C.M. / Nicoludis, J.M. / Lee, B.K. / Zhang, C.H. / Gaudet, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 349.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 255.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 29.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 39.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6d91C ![]() 6d9wC ![]() 5kteS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1
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Components
#1: Protein | Mass: 48023.531 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: G45R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 Gene: mntH, DR_1709 / Plasmid: pET21 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-OLC / ( #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 7 Details: 20% PEG550 MME, 150 mM sodium chloride, 100 mM HEPES, pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 21, 2016 |
Radiation | Monochromator: cryo-cooled double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.95→50 Å / Num. obs: 17206 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 56.6918989193 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.233 / Rpim(I) all: 0.133 / Rrim(I) all: 0.27 / Net I/σ(I): 6.4 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.05 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 1.388 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 842 / CC1/2: 0.386 / Rpim(I) all: 0.795 / Rrim(I) all: 1.608 / % possible all: 98.8 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 5KTE Resolution: 2.95012617657→29.6188398829 Å / SU ML: 0.376242546461 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.98282988871 / Phase error: 30.6718981096 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 61.6133465416 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.95012617657→29.6188398829 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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