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- PDB-6d91: Crystal structure of the Deinococcus radiodurans Nramp/MntH dival... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6d91 | ||||||
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Title | Crystal structure of the Deinococcus radiodurans Nramp/MntH divalent transition metal transporter in the outward-open, apo conformation | ||||||
![]() | Divalent metal cation transporter MntH | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / divalent transition metal transporter / LeuT-fold / manganese importer / proton-coupled secondary transporter | ||||||
Function / homology | ![]() manganese ion transport / cadmium ion transmembrane transporter activity / manganese ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / symporter activity / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bozzi, A.T. / Zimanyi, C.M. / Nicoludis, J.M. / Gaudet, R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structures in multiple conformations reveal distinct transition metal and proton pathways in an Nramp transporter. Authors: Bozzi, A.T. / Zimanyi, C.M. / Nicoludis, J.M. / Lee, B.K. / Zhang, C.H. / Gaudet, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 234 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 191.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6c3iC ![]() 6d9wC ![]() 6bu5 S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 44611.875 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: G223W Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 Gene: mntH, DR_1709 / Plasmid: pET21 / Production host: ![]() ![]() | ||
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#2: Chemical | ChemComp-OLC / ( #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 6 Details: 50 mM succinic acid, 20 mM spermidine, 100 mM MES, 26% PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 15, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.356→38.14 Å / Num. obs: 10998 / % possible obs: 63.94 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 37.61 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.1847 / Rpim(I) all: 0.07994 / Rrim(I) all: 0.2026 / Net I/σ(I): 8.83 |
Reflection shell | Resolution: 2.36→2.44 Å / Redundancy: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.3829 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 256 / CC1/2: 0.683 / Rpim(I) all: 0.3478 / Rrim(I) all: 0.5194 / % possible all: 15.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6BU5 ![]() 6bu5 Resolution: 2.356→38.136 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 35.54
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.356→38.136 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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