[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-2g5f: The structure of MbtI from Mycobacterium Tuberculosis, the first ... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2g5f | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The structure of MbtI from Mycobacterium Tuberculosis, the first enzyme in the synthesis of Mycobactin, reveals it to be a salicylate synthase | |||||||||
![]() | COG0147: Anthranilate/para-aminobenzoate synthases component I | |||||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Beta Sandwhich / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | |||||||||
Function / homology | ![]() isochorismate lyase / isochorismate pyruvate lyase activity / catechol-containing siderophore biosynthetic process / isochorismate synthase / isochorismate synthase activity / oxo-acid-lyase activity / salicylic acid biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / chorismate mutase / chorismate mutase activity ...isochorismate lyase / isochorismate pyruvate lyase activity / catechol-containing siderophore biosynthetic process / isochorismate synthase / isochorismate synthase activity / oxo-acid-lyase activity / salicylic acid biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / chorismate mutase / chorismate mutase activity / response to host immune response / tryptophan biosynthetic process / magnesium ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Harrison, A.J. / Lott, J.S. / Yu, M. / Ramsay, R. / Baker, E.N. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | |||||||||
![]() | ![]() Title: The Structure of MbtI from Mycobacterium tuberculosis, the First Enzyme in the Biosynthesis of the Siderophore Mycobactin, Reveals It To Be a Salicylate Synthase Authors: Harrison, A.J. / Gardenborg, T. / Yu, M. / Middleditch, M. / Ramsay, R.J. / Baker, E.N. / Lott, J.S. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 352.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 284.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 501.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 536 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 74.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 104.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
---|---|
Other databases |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Details | The molecule runs as a monomer on size exclusion chromatography. |
-
Components
#1: Protein | Mass: 48779.172 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-IMD / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.8 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 316 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 15% PEG 4000, 0.2M Immadazole/malate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 316K |
-Data collection
Diffraction |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source |
| |||||||||||||||
Detector |
| |||||||||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength |
| |||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. all: 154253 / Num. obs: 154236 / % possible obs: 26 % / Observed criterion σ(F): 23.06 / Observed criterion σ(I): 4.75 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / % possible all: 97.6 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Bsol: 43.448 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.685 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|