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- PDB-3m6k: Crystal Structure of N-terminal 44 kDa fragment of topoisomerase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m6k
タイトルCrystal Structure of N-terminal 44 kDa fragment of topoisomerase V in the presence of guanidium hydrochloride
要素Topoisomerase V
キーワードISOMERASE / helix-hairpin-helix / topoisomerase / conformational change in protein / guanidium hydrochloride
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase; domain 1 - #740 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #950 / DNA topoisomerase V, catalytic domain superfamily / : / : / : / Topoisomerase V, second (HhH)2 tandem domain / SAM domain-like / Topoisomerase V, HHH domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding ...DNA polymerase; domain 1 - #740 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #950 / DNA topoisomerase V, catalytic domain superfamily / : / : / : / Topoisomerase V, second (HhH)2 tandem domain / SAM domain-like / Topoisomerase V, HHH domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Helix non-globular / Special / DNA polymerase; domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Topoisomerase V
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Rajan, R. / Taneja, B. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structures of minimal catalytic fragments of topoisomerase v reveals conformational changes relevant for DNA binding.
著者: Rajan, R. / Taneja, B. / Mondragon, A.
履歴
登録2010年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Topoisomerase V
B: Topoisomerase V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7495
ポリマ－88,4642
非ポリマー2853
水54030
1
A: Topoisomerase V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2321
ポリマ－44,2321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Topoisomerase V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5174
ポリマ－44,2321
非ポリマー2853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.090, 70.090, 349.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-386-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12B
22A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALGLUGLUBB4 - 2804 - 280
21VALVALGLUGLUAA4 - 2804 - 280
12HISHISPHEPHEBB281 - 374281 - 374
22HISHISPHEPHEAA281 - 374281 - 374

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Topoisomerase V


分子量: 44232.012 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal 44 kDa fragment (Topo-44) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 株: AV19 / 遺伝子: MK1436, top5, Topoisomerase V / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q977W1
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.36 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M phosphate-citrate pH 5, 0.2 M NaCl, 16% PEG 8000, 1M Guanidium hydrochloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1781
2781
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-G10.97872
シンクロトロンAPS 21-ID-D20.97915
検出器
タイプID検出器日付詳細
RAYONIX MX-2251CCD2008年4月23日beryllium lenses
RAYONIX MX-2252CCD2008年4月23日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1siliconSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978721
20.979151
反射解像度: 2.6→29.5 Å / Num. all: 28160 / Num. obs: 28151 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 42.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 3331 / Rsym value: 0.522 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2-microdiffractometerデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→29.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 28.292 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.963 / ESU R Free: 0.363 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28883 1438 5.1 %RANDOM
Rwork0.24132 ---
all0.24371 28151 --
obs0.24371 26710 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.918 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.02 Å20 Å20 Å2
2--2.02 Å20 Å2
3----4.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5967 0 15 30 6012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226092
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024314
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.988241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.893.00110376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5385722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.32622.822326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.444151102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8281581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.21527
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.24572
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.23020
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.23361
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5221.54780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0861.51453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5825886
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.96832805
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4644.52355
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
13747medium positional0.560.5
21283medium positional0.680.5
13747medium thermal0.442
21283medium thermal0.442
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.451 93 -
Rwork0.366 1897 -
obs-1897 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9583-0.25171.63311.167-0.30770.92640.31080.1228-0.44770.4169-0.0102-0.24310.0472-0.0382-0.30060.0868-0.0745-0.12940.0277-0.0727-0.036233.42354.46330.655
21.9926-1.2413-0.50371.07520.09440.2866-0.535-1.13160.38410.24990.4697-0.4251-0.07560.20880.0653-0.0276-0.00410.00170.0273-0.019-0.011951.72443.31625.416
33.0438-0.6794-0.57081.5150.68015.00310.23460.41220.0134-0.2364-0.079-0.20410.20310.7726-0.15560.1147-0.00040.1592-0.0019-0.0633-0.064256.65486.92111.267
41.5646-0.10920.23533.7517-0.62362.51760.1448-0.143-0.1504-0.0835-0.0435-0.71680.03160.9569-0.1013-0.03440.0250.0292-0.0241-0.0348-0.045876.90676.50613.481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 280
2X-RAY DIFFRACTION2A281 - 378
3X-RAY DIFFRACTION3B4 - 280
4X-RAY DIFFRACTION4B281 - 378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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