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万見
- PDB-4uao: Crystal structure of Apical Membrane Antigen 1 from Plasmodium Kn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uao
タイトルCrystal structure of Apical Membrane Antigen 1 from Plasmodium Knowlesi in complex with an invasion inhibitory antibody
要素
  • Apical merozoite antigen 1
  • immunoglobulin R31C2 VH and CH1 regions
  • immunoglobulin R31C2 light chain
キーワードCELL INVASION / Malaria / invasion inhibitory antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / membrane
類似検索 - 分子機能
Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / : / 3-Layer(bba) Sandwich / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / : / 3-Layer(bba) Sandwich / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Ig kappa chain C region, B allele / Ig gamma-2A chain C region
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium knowlesi (カニクイザルマラリア原虫)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Vulliez-Le Normand, B. / Saul, F.A. / Bentley, G.A.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of Plasmodium knowlesi Apical Membrane Antigen 1 and Its Complex with an Invasion-Inhibitory Monoclonal Antibody.
著者: Vulliez-Le Normand, B. / Faber, B.W. / Saul, F.A. / van der Eijk, M. / Thomas, A.W. / Singh, B. / Kocken, C.H. / Bentley, G.A.
#1: ジャーナル: Clin. Exp. Immunol. / 年: 1982
タイトル: Rat monoclonal antibodies which inhibit the in vitro multiplication of Plasmodium knowlesi.
著者: Deans, J.A. / Alderson, T. / Thomas, A.W. / Mitchell, G.H. / Lennox, E.S. / Cohen, S.
履歴
登録2014年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apical merozoite antigen 1
B: immunoglobulin R31C2 light chain
C: immunoglobulin R31C2 VH and CH1 regions


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1513
ポリマ－90,1513
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area33200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.864, 71.807, 90.688
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Apical merozoite antigen 1


分子量: 42511.449 Da / 分子数: 1 / 変異: N107K, S178N, N189E, S240R / 由来タイプ: 組換発現
詳細: fragment 43-387 of B3L5E1. N-terminal residues Glu 41 and Phe 42 are cloning artifacts. C-terminal residue Gly 388 is a cloning artifact, and following residues Leu 389 to His 410 correspond to expression tags.
由来: (組換発現) Plasmodium knowlesi (カニクイザルマラリア原虫)
遺伝子: PKH_093110 / プラスミド: PPicZalphaA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: B3L5E1, UniProt: A0A384KGX8*PLUS
#2: 抗体 immunoglobulin R31C2 light chain


分子量: 23671.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The sequence for chain B has been deposited to GenBank (KM225619)
由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P01835*PLUS
#3: 抗体 immunoglobulin R31C2 VH and CH1 regions


分子量: 23967.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The sequence for chain C has been deposited to GenBank (KM225620)
由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P20760*PLUS
構成要素の詳細The Fab light and heavy chains are numbered according to the Kabat convention
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 8% PEG 6000, 40 mM Hepes pH7.4, 80 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→43.35 Å / Num. obs: 17127 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 71.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W81, 2GCY, 1D5I, 1IGF

1w81

2gcy

1d5i

1igf


解像度: 3.1→40.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8811 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8245 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.475
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2662 838 4.9 %RANDOM
Rwork0.1884 ---
obs0.1925 17119 97.57 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-24.2978 Å20 Å24.9294 Å2
2---38.9061 Å20 Å2
3---14.6083 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.511 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→40.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6004 0 0 0 6004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016149HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.318342HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2105SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes162HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes892HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6149HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.57
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion802SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7237SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2974 121 4.35 %
Rwork0.236 2663 -
all0.2387 2784 -
obs--97.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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