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Yorodumi- PDB-5tik: Structural basis for inhibition of erythrocyte invasion by antibo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tik | ||||||
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Title | Structural basis for inhibition of erythrocyte invasion by antibodies to Plasmodium falciparum protein CyRPA | ||||||
Components | Cysteine-rich protective antigen | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Plasmodium falciparum CyRPA Inhibitory antibody | ||||||
Function / homology | Function and homology information microneme lumen / microneme / symbiont entry into host / apical part of cell / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.09 Å | ||||||
Authors | Chen, L. / Xu, Y. / Wang, W. / Thompson, J.K. / Goddard-Borger, E. / Lawrence, M.C. / Cowman, A.F. | ||||||
Citation | Journal: Elife / Year: 2017 Title: Structural basis for inhibition of erythrocyte invasion by antibodies toPlasmodium falciparumprotein CyRPA. Authors: Chen, L. / Xu, Y. / Wong, W. / Thompson, J.K. / Healer, J. / Goddard-Borger, E.D. / Lawrence, M.C. / Cowman, A.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tik.cif.gz | 546.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tik.ent.gz | 460 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tik.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5tik_validation.pdf.gz | 447.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5tik_full_validation.pdf.gz | 458.4 KB | Display | |
Data in XML | 5tik_validation.xml.gz | 43.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5tik_validation.cif.gz | 58.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/5tik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/5tik | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5tihSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39485.402 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 30-362 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Strain: isolate 3D7 / Gene: PF3D7_0423800 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q8IFM8 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.96 Å3/Da / Density % sol: 58.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: evaporation Details: 9% PEG1000 9% PEG8000 0.25M potassium iodide 50 mM potassium thiocynate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.954 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 8, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.954 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.09→48.262 Å / Num. obs: 32256 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.753 % / Biso Wilson estimate: 71.06 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 10.84 / Num. measured all: 121060 / Scaling rejects: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5TIH Resolution: 3.09→48.262 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / Phase error: 25.45 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 198.26 Å2 / Biso mean: 82.8684 Å2 / Biso min: 21.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.09→48.262 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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