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- PDB-5ezn: Crystal Structure of PfCyRPA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ezn
タイトルCrystal Structure of PfCyRPA
要素(Cysteine-rich protective antigen) x 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / MALARIA INHIBITORY ANTIBODY / FAB / cyrpa
機能・相同性
機能・相同性情報


microneme lumen / microneme / symbiont entry into host / apical part of cell / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cysteine-rich protective antigen 6 bladed domain / Cysteine-Rich Protective Antigen 6 bladed domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine-rich protective antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Favuzza, P. / Pluschke, G. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structure of the malaria vaccine candidate antigen CyRPA and its complex with a parasite invasion inhibitory antibody.
著者: Favuzza, P. / Guffart, E. / Tamborrini, M. / Scherer, B. / Dreyer, A.M. / Rufer, A.C. / Erny, J. / Hoernschemeyer, J. / Thoma, R. / Schmid, G. / Gsell, B. / Lamelas, A. / Benz, J. / Joseph, C. ...著者: Favuzza, P. / Guffart, E. / Tamborrini, M. / Scherer, B. / Dreyer, A.M. / Rufer, A.C. / Erny, J. / Hoernschemeyer, J. / Thoma, R. / Schmid, G. / Gsell, B. / Lamelas, A. / Benz, J. / Joseph, C. / Matile, H. / Pluschke, G. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2015年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Structure summary
改定 1.22017年4月26日Group: Other / Structure summary
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine-rich protective antigen
E: Cysteine-rich protective antigen
B: Cysteine-rich protective antigen
G: Cysteine-rich protective antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6874
ポリマ－78,6874
非ポリマー00
水905
1
A: Cysteine-rich protective antigen
E: Cysteine-rich protective antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4952
ポリマ－39,4952
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area17150 Å2
手法PISA
2
B: Cysteine-rich protective antigen
G: Cysteine-rich protective antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1912
ポリマ－39,1912
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area17050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.240, 78.500, 97.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cysteine-rich protective antigen


分子量: 18845.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0423800 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IFM8
#2: タンパク質 Cysteine-rich protective antigen


分子量: 20649.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0423800 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IFM8
#3: タンパク質 Cysteine-rich protective antigen


分子量: 19305.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0423800 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IFM8
#4: タンパク質 Cysteine-rich protective antigen


分子量: 19886.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0423800 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IFM8
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0-0.5 M MgCl2, 20-25 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→43 Å / Num. obs: 23448 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 80.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 15.57 / Num. measured all: 77219
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.51-2.587.21.6310.685900175317410.2941.93499.3
2.58-2.651.2880.895696167216670.4141.52699.7
2.65-2.720.8451.345474165616410.5861.00699.1
2.72-2.810.6211.825055157215670.7430.74599.7
2.81-2.90.4362.655118158115750.8380.52399.6
2.9-30.3213.694978147814760.9070.38199.9
3-3.110.2215.184963145314560.950.263100
3.11-3.240.1467.954646139313870.9770.17499.6
3.24-3.380.10111.134285132613170.9880.12199.3
3.38-3.550.07514.44089130712990.9920.09199.4
3.55-3.740.06517.583904120111900.9950.07899.1
3.74-3.970.04822.913846115211470.9970.05799.6
3.97-4.240.03331.293541108210680.9990.03998.7
4.24-4.580.02538.843201102210120.9990.03199
4.58-5.020.02342.7729519219130.9990.02799.1
5.02-5.610.02243.0528398528480.9990.02799.5
5.61-6.480.02539.723917577510.9990.0399.2
6.48-7.940.02143.2619396296230.9990.02699
7.94-11.230.01554.93158450349310.01798
11.230.01459.281928527710.01797.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHENIX精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ezo, 5ezi

5ezo

5ezi


解像度: 2.51→43 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2501 1178 4.9 %
Rwork0.1833 --
obs0.1866 24032 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 237.15 Å2 / Biso mean: 103.2297 Å2 / Biso min: 46.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5313 0 0 5 5318
Biso mean---73.61 -
残基数----637
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.33220.3469-5.99543.6321-1.43345.6071-0.86790.1856-1.4248-0.37280.4028-0.32261.22590.48880.80150.7228-0.0504-0.02040.9224-0.26930.9847-23.374226.8829-27.1611
23.3762.0372-1.54243.9822-1.74925.0492-0.95121.8247-2.4217-1.67420.26550.39720.4686-0.62690.50690.9256-0.20280.08431.158-0.56151.1108-19.344525.8272-39.9675
35.3199-0.4449-1.72561.9107-0.89751.1094-0.06962.0227-0.3515-0.79680.667-0.23641.1693-0.45081.04931.2026-0.30070.28451.9483-0.91021.1158-15.36423.5568-45.1544
48.52052.1624-1.03124.80731.01664.933-0.66362.7591-0.0148-1.14490.6809-0.1450.2212-0.12880.13271.0619-0.10670.00951.6187-0.04590.6613-10.140638.5973-45.8244
53.01950.6875-1.23488.48870.9543.2636-0.21761.0421.1276-1.17270.3185-0.8537-0.26190.0801-0.3340.6972-0.09630.16411.20010.10910.3441-2.137143.1478-39.9982
68.73552.6384-0.60785.45270.02674.65880.17130.72780.28390.0101-0.0945-0.44540.02890.4828-0.16410.45130.02630.06660.5387-0.0140.432-3.702543.1501-27.192
78.66955.1731-4.90985.4872-2.64998.1120.2011-0.0305-0.0370.258-0.3452-0.6897-0.31730.59030.1040.51010.0743-0.0170.47040.04820.5337-14.063940.5276-19.1201
82.36281.84432.59862.34933.0914.08530.49630.3997-1.59623.30490.8168-0.14391.57-0.7467-1.12461.74920.1188-0.11620.81350.16531.1876-16.477418.684-18.3376
98.91062.98720.53122.8179-3.02587.5849-0.10050.444-0.7593-1.0330.1631.06940.751-0.2454-0.03350.6366-0.12430.01130.5968-0.0590.5951-24.490433.1613-24.6178
105.63061.3328-4.39262.239-2.02846.77710.27720.23570.7968-0.03990.17140.2767-0.93480.4131-0.36240.7607-0.1325-0.05840.50770.02540.726-4.06569.1119-7.3402
114.43930.37614.62451.90790.16426.25520.3247-0.21380.9258-0.21560.1321-0.8703-1.15291.0834-0.06540.7935-0.22960.1690.7341-0.02460.96163.193712.0046-8.3551
127.15720.4527-0.07488.3050.04422.8137-0.27510.41490.4125-1.03490.3892-0.4967-0.26630.3803-0.0110.8139-0.08110.12550.76260.07310.78811.41482.6428-20.3102
137.70043.1005-0.63216.43621.53695.8821-0.29440.8750.1594-0.76490.262-0.28480.03340.3232-0.04450.7003-0.01730.13310.60960.02240.5427-3.4236-5.1971-24.4188
144.4271-1.7916-1.5388.5650.74618.3193-0.36590.0833-0.5844-0.60420.3360.88920.3805-1.0435-0.09980.5654-0.1206-0.01020.57180.02180.6795-18.2625-8.7389-19.054
155.6769-2.9546-1.3332.91862.49182.7395-0.30450.63611.46690.44920.405-0.3462-1.2888-0.5884-0.57020.6906-0.03420.09450.78750.160.8026-21.0946-0.2108-16.807
164.10640.951-0.12633.22482.40087.9097-0.0832-0.16810.08950.09570.1016-0.0608-0.1758-0.1381-0.02450.48640.03180.07370.4010.0290.591-16.988-1.5709-2.4932
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 52 )A32 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 83 )A53 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 84 through 103 )A84 - 103
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 104 through 176 )A104 - 176
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 177 through 209 )A177 - 209
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 210 through 260 )A210 - 260
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 261 through 315 )A261 - 315
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 316 through 330 )A316 - 330
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 331 through 362 )A331 - 362
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 32 through 75 )B32 - 75
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 76 through 92 )B76 - 92
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 93 through 119 )B93 - 119
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 120 through 209 )B120 - 209
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 210 through 235 )B210 - 235
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 236 through 251 )B236 - 251
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 252 through 362 )B252 - 362

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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