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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ezn | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of PfCyRPA | ||||||
![]() | (Cysteine-rich protective antigen) x 4 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / MALARIA INHIBITORY ANTIBODY / FAB / cyrpa | ||||||
機能・相同性 | ![]() microneme lumen / microneme / symbiont entry into host / apical part of cell / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Favuzza, P. / Pluschke, G. / Rudolph, M.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the malaria vaccine candidate antigen CyRPA and its complex with a parasite invasion inhibitory antibody. 著者: Favuzza, P. / Guffart, E. / Tamborrini, M. / Scherer, B. / Dreyer, A.M. / Rufer, A.C. / Erny, J. / Hoernschemeyer, J. / Thoma, R. / Schmid, G. / Gsell, B. / Lamelas, A. / Benz, J. / Joseph, C. ...著者: Favuzza, P. / Guffart, E. / Tamborrini, M. / Scherer, B. / Dreyer, A.M. / Rufer, A.C. / Erny, J. / Hoernschemeyer, J. / Thoma, R. / Schmid, G. / Gsell, B. / Lamelas, A. / Benz, J. / Joseph, C. / Matile, H. / Pluschke, G. / Rudolph, M.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 288.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 234 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 465.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18845.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0423800 / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20649.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0423800 / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 19305.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0423800 / 発現宿主: ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 19886.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0423800 / 発現宿主: ![]() |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0-0.5 M MgCl2, 20-25 % PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月5日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.99998 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.51→43 Å / Num. obs: 23448 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 80.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 15.57 / Num. measured all: 77219 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5ezo, 5ezi 解像度: 2.51→43 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.7 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 237.15 Å2 / Biso mean: 103.2297 Å2 / Biso min: 46.15 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.51→43 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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