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- PDB-5tik: Structural basis for inhibition of erythrocyte invasion by antibo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tik
タイトルStructural basis for inhibition of erythrocyte invasion by antibodies to Plasmodium falciparum protein CyRPA
要素Cysteine-rich protective antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Plasmodium falciparum CyRPA Inhibitory antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


microneme lumen / microneme / symbiont entry into host / apical part of cell / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Cysteine-rich protective antigen 6 bladed domain / Cysteine-Rich Protective Antigen 6 bladed domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine-rich protective antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Chen, L. / Xu, Y. / Wang, W. / Thompson, J.K. / Goddard-Borger, E. / Lawrence, M.C. / Cowman, A.F.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structural basis for inhibition of erythrocyte invasion by antibodies toPlasmodium falciparumprotein CyRPA.
著者: Chen, L. / Xu, Y. / Wong, W. / Thompson, J.K. / Healer, J. / Goddard-Borger, E.D. / Lawrence, M.C. / Cowman, A.F.
履歴
登録2016年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine-rich protective antigen
B: Cysteine-rich protective antigen
C: Cysteine-rich protective antigen
D: Cysteine-rich protective antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,9424
ポリマ－157,9424
非ポリマー00
水23413
1
A: Cysteine-rich protective antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4851
ポリマ－39,4851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cysteine-rich protective antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4851
ポリマ－39,4851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cysteine-rich protective antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4851
ポリマ－39,4851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cysteine-rich protective antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4851
ポリマ－39,4851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.700, 83.560, 95.320
Angle α, β, γ (deg.)96.770, 104.110, 115.210
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Cysteine-rich protective antigen


分子量: 39485.402 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 30-362 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0423800
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8IFM8
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 9% PEG1000 9% PEG8000 0.25M potassium iodide 50 mM potassium thiocynate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→48.262 Å / Num. obs: 32256 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.753 % / Biso Wilson estimate: 71.06 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 10.84 / Num. measured all: 121060 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.09-3.273.6640.7392.1117464517647670.7610.86392.1
3.27-3.53.8220.433.9719218510350280.9030.598.5
3.5-3.783.8040.2616.6817592469546240.9470.30498.5
3.78-4.133.7750.179.3515655421841470.9780.19898.3
4.13-4.623.6470.08614.5114182395238890.9930.10198.4
4.62-5.333.7840.06618.2912921344234150.9950.07799.2
5.33-6.53.820.07117.0110998289328790.9940.08399.5
6.5-9.113.7680.05520.48466226222470.9970.06499.3
9.11-48.2623.6220.03628.724564129212600.9970.04297.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TIH

5tih


解像度: 3.09→48.262 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 25.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 1585 4.91 %
Rwork0.1874 30671 -
obs0.1895 32256 97.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 198.26 Å2 / Biso mean: 82.8684 Å2 / Biso min: 21.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.09→48.262 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10614 0 0 13 10627
Biso mean---45.2 -
残基数----1273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47214680
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451573
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6036494
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0903-3.190.41431280.36692486261488
3.19-3.3040.3091610.2712825298699
3.304-3.43620.28251440.2312840298499
3.4362-3.59260.24651230.212804292799
3.5926-3.78190.24471560.20082793294999
3.7819-4.01880.23961320.19182804293699
4.0188-4.32890.21691680.15892819298798
4.3289-4.76420.18761350.13372788292399
4.7642-5.45270.18521410.147628572998100
5.4527-6.86670.22261450.198228512996100
6.8667-48.26770.21191520.18392804295699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.614-1.79112.82154.1535-0.20655.1946-0.47170.49041.00620.0654-0.1859-1.1089-0.45640.840.32780.5768-0.12760.05680.5890.09920.6394-141.0998-5.5377-33.752
24.886-0.2172-0.13944.49170.08614.338-0.4078-0.43490.94781.42070.1563-1.3257-0.62260.73470.30210.8446-0.1306-0.38880.7005-0.08030.9895-133.8429-7.6811-17.3234
34.8911-2.972-1.09572.58960.2971.8299-0.26-0.59850.26032.11470.25690.0186-0.55340.05650.08840.98160.08290.00370.5648-0.02530.3969-147.7385-15.9363-11.6431
43.3099-1.96122.29564.3129-3.06895.0550.00390.2242-0.1103-0.0995-0.01870.20090.41810.25050.06640.4983-0.02880.02470.4021-0.0380.3146-151.2418-17.8954-30.2827
54.57271.04283.18892.00931.22064.2611-0.4147-0.62771.0787-0.4356-0.380.6879-0.7658-0.81590.50720.97230.2176-0.14090.6055-0.19290.5029-177.5362-6.894-58.4998
64.9181-0.26341.29961.92440.39076.1895-0.40140.24750.2509-0.4151-0.15170.6414-0.6993-0.78710.53211.1940.2301-0.28370.656-0.06990.6189-185.094-7.8959-73.5952
74.13841.02121.083.90260.48954.9509-0.2490.61210.1808-0.66220.0116-0.4347-0.58980.1330.20370.8696-0.1261-0.03450.5121-0.01380.3756-169.521-20.2082-77.5344
84.47950.59530.54242.61281.41966.7104-0.049-0.0877-0.0991-0.1256-0.0862-0.07-0.5251-0.03120.09040.7430.0006-0.10910.42060.01180.3057-165.5226-15.9355-57.9862
94.8320.6015-4.1120.96950.68937.4782-0.3937-0.8011-0.7778-0.0915-0.2944-0.26550.69350.90250.56440.84730.17590.05640.47910.26870.5964-140.250510.9351-59.5885
101.35161.6785-0.35323.1508-0.02457.4192-0.2298-0.0019-0.49450.5822-0.0133-0.33210.56971.62420.64760.65970.59520.0171.1070.70060.6788-131.41997.0086-62.5197
115.2434-1.0195-0.88095.8548-0.27867.4715-0.13340.0621-0.2767-1.0273-0.2607-1.02850.80810.84450.37710.72760.13380.2740.54470.01390.5183-135.629315.151-79.9145
126.03060.93620.09497.87531.06324.4648-0.11430.7701-0.1392-1.5970.0950.4710.3276-0.7113-0.05290.7483-0.06230.05170.5565-0.00890.3288-149.500720.5507-81.7801
135.83470.1127-0.74655.5548-2.14244.07710.11710.2220.17940.02890.01260.43490.0587-0.3281-0.0550.57480.03650.09940.37060.03470.3434-154.420126.9802-71.1823
145.399-0.7432-2.29645.4045-3.02346.904-0.0945-0.622-0.07060.3544-0.1819-0.1494-0.00940.54550.27010.7607-0.050.05680.49390.06130.2938-150.769317.2486-54.1893
154.4182-0.2717-4.14863.29071.51856.15490.03810.3507-0.02310.0816-0.54210.10220.247-0.87750.69140.7826-0.1835-0.07830.5926-0.07020.3505-171.25039.0589-35.8165
161.2915-1.424-1.96364.37883.26494.3905-0.23420.4534-0.9141-0.2773-1.11211.40640.4859-1.91280.52560.767-0.28030.0790.9111-0.40280.8203-186.02318.5223-27.003
174.63391.5878-0.24425.67891.92557.8713-0.5949-0.0202-0.13120.99430.03370.56060.4785-1.08760.40320.5955-0.17250.12210.7405-0.08280.395-181.889915.6923-13.3459
184.89110.6573-0.38477.96921.34688.84090.0779-0.0047-0.72130.9504-0.30890.24560.4166-0.60150.19520.5136-0.07050.01720.50920.03020.3341-173.887515.0956-12.0823
194.17821.2033-0.84924.8931-5.54046.5070.2599-0.40120.24162.3739-0.4697-0.6006-0.48190.07460.20710.75040.0531-0.00930.58680.03330.4345-169.356127.2349-10.0026
203.5823-1.1577-1.25124.0172.48826.32770.3250.30640.2704-0.7211-0.3345-0.3623-0.7775-0.04520.05850.5762-0.02460.05590.35940.05720.3253-164.135726.1141-26.5931
212.57161.03142.74161.66510.73543.16090.2260.6964-0.1446-0.5101-0.36610.1094-0.7635-0.9161-0.31250.79140.12970.06440.7931-0.14640.2723-167.168317.2768-39.4265
228.3368-1.555-0.42425.14510.94336.7994-0.21031.3798-0.71110.0414-0.31550.60830.7672-1.3110.33460.6316-0.06-0.02020.7892-0.21330.3565-168.269911.1217-38.3722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 46 )A1 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 134 )A47 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 135 through 180 )A135 - 180
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 181 through 332 )A181 - 332
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 46 )B1 - 46
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 47 through 122 )B47 - 122
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 123 through 220 )B123 - 220
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 221 through 332 )B221 - 332
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 46 )C1 - 46
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 47 through 63 )C47 - 63
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 64 through 134 )C64 - 134
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 135 through 180 )C135 - 180
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 181 through 249 )C181 - 249
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 250 through 333 )C250 - 333
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 0 through 29 )D0 - 29
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 30 through 67 )D30 - 67
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 68 through 109 )D68 - 109
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 110 through 153 )D110 - 153
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 154 through 180 )D154 - 180
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 181 through 278 )D181 - 278
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 279 through 307 )D279 - 307
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 308 through 333 )D308 - 333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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