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万見
- PDB-3ndm: Crystal structure of Rho-Associated Protein Kinase (ROCK1) with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ndm
タイトルCrystal structure of Rho-Associated Protein Kinase (ROCK1) with a potent isoquinolone derivative
要素Rho-Associated Protein Kinase (ROCK1)
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Rho kinase / phosphorylation / dimerization / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apical constriction / podocyte cell migration / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of phosphatase activity / myoblast migration / membrane to membrane docking / regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta ...apical constriction / podocyte cell migration / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of phosphatase activity / myoblast migration / membrane to membrane docking / regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta / regulation of cell junction assembly / negative regulation of bicellular tight junction assembly / positive regulation of dephosphorylation / bleb / negative regulation of amyloid precursor protein catabolic process / embryonic morphogenesis / neuron projection arborization / bleb assembly / leukocyte tethering or rolling / negative regulation of biomineral tissue development / regulation of cell motility / positive regulation of amyloid-beta clearance / regulation of establishment of endothelial barrier / regulation of synapse maturation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / RHO GTPases Activate ROCKs / regulation of stress fiber assembly / actomyosin structure organization / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / response to angiotensin / aortic valve morphogenesis / cortical actin cytoskeleton organization / motor neuron apoptotic process / RHOBTB1 GTPase cycle / regulation of neuron differentiation / RND3 GTPase cycle / regulation of establishment of cell polarity / tau-protein kinase activity / regulation of focal adhesion assembly / leukocyte migration / leukocyte cell-cell adhesion / RHOB GTPase cycle / EPHA-mediated growth cone collapse / Apoptotic cleavage of cellular proteins / RHOC GTPase cycle / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / mRNA destabilization / negative regulation of amyloid-beta formation / regulation of synaptic vesicle endocytosis / mitotic cytokinesis / RHOH GTPase cycle / smooth muscle contraction / positive regulation of focal adhesion assembly / RHOA GTPase cycle / epithelial to mesenchymal transition / Rho protein signal transduction / regulation of cell adhesion / ruffle / positive regulation of autophagy / EPHB-mediated forward signaling / negative regulation of protein binding / centriole / regulation of microtubule cytoskeleton organization / negative regulation of angiogenesis / regulation of cell migration / blood vessel diameter maintenance / protein localization to plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / small GTPase binding / tau protein binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cytoplasmic stress granule / neuron projection development / G alpha (12/13) signalling events / lamellipodium / peptidyl-serine phosphorylation / actin cytoskeleton organization / secretory granule lumen / Potential therapeutics for SARS / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / cytoskeleton / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity
類似検索 - 分子機能
Rho-associated protein kinase 1, HR1 / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Rho-associated protein kinase 1, HR1 / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3ND / Rho-associated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Li, X.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Substituted 2H-isoquinolin-1-ones as potent Rho-kinase inhibitors: part 3, aryl substituted pyrrolidines.
著者: Bosanac, T. / Hickey, E.R. / Ginn, J. / Kashem, M. / Kerr, S. / Kugler, S. / Li, X. / Olague, A. / Schlyer, S. / Young, E.R.
#1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Substituted 2H-isoquinolin-1-ones as potent Rho-kinase inhibitors: part 2, optimization for blood pressure reduction in spontaneously hypertensive rats.
著者: Ginn, J.D. / Bosanac, T. / Chen, R. / Cywin, C. / Hickey, E. / Kashem, M. / Kerr, S. / Kugler, S. / Li, X. / Prokopowicz, A. / Schlyer, S. / Smith, J.D. / Turner, M.R. / Wu, F. / Young, E.R.
履歴
登録2010年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho-Associated Protein Kinase (ROCK1)
B: Rho-Associated Protein Kinase (ROCK1)
C: Rho-Associated Protein Kinase (ROCK1)
D: Rho-Associated Protein Kinase (ROCK1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,2567
ポリマ－192,0494
非ポリマー1,2073
水1,17165
1
A: Rho-Associated Protein Kinase (ROCK1)
B: Rho-Associated Protein Kinase (ROCK1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,4273
ポリマ－96,0252
非ポリマー4021
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Rho-Associated Protein Kinase (ROCK1)
D: Rho-Associated Protein Kinase (ROCK1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8294
ポリマ－96,0252
非ポリマー8052
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)162.784, 83.553, 177.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21C
31A
12D
22B
13D
23B
33C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain D and (resseq 10:165 or resseq 175:248 or resseq...D10 - 165
121chain D and (resseq 10:165 or resseq 175:248 or resseq...D175 - 248
131chain D and (resseq 10:165 or resseq 175:248 or resseq...D258 - 298
141chain D and (resseq 10:165 or resseq 175:248 or resseq...D307 - 370
151chain D and (resseq 10:165 or resseq 175:248 or resseq...D380 - 401
211chain C and (resseq 10:165 or resseq 175:248 or resseq...C10 - 165
221chain C and (resseq 10:165 or resseq 175:248 or resseq...C175 - 248
231chain C and (resseq 10:165 or resseq 175:248 or resseq...C258 - 298
241chain C and (resseq 10:165 or resseq 175:248 or resseq...C307 - 370
251chain C and (resseq 10:165 or resseq 175:248 or resseq...C380 - 401
311chain A and (resseq 10:165 or resseq 175:248 or resseq...A10 - 165
321chain A and (resseq 10:165 or resseq 175:248 or resseq...A175 - 248
331chain A and (resseq 10:165 or resseq 175:248 or resseq...A258 - 298
341chain A and (resseq 10:165 or resseq 175:248 or resseq...A307 - 370
351chain A and (resseq 10:165 or resseq 175:248 or resseq...A380 - 401
112chain D and (resseq 10:401) and backboneD0
212chain B and (resseq 10:401) and backboneB0
113chain D and resseq 900D900
213chain B and resseq 900B900
313chain C and resseq 900C900

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.864385, 0.50223, -0.024571), (0.487817, 0.825724, -0.283221), (-0.121953, -0.256798, -0.95874)-44.9361, 28.8339, 112.181
2given(0.950116, -0.308898, 0.043137), (-0.253624, -0.845679, -0.469576), (0.181531, 0.435211, -0.881838)39.861198, 19.9151, 75.005203
3given(-0.927647, -0.293616, -0.230784), (0.312475, -0.948658, -0.049073), (-0.204526, -0.117637, 0.971767)-67.833504, 48.086399, 30.6423
4given(-0.92022, -0.313447, -0.234408), (0.333454, -0.94143, -0.050182), (-0.204949, -0.124343, 0.970842)-66.873901, 49.288502, 30.321199
5given(-0.842489, 0.517679, 0.149065), (0.448551, 0.827342, -0.338094), (-0.298352, -0.217978, -0.929232)-48.953701, 28.9687, 105.705002

-
要素

#1: タンパク質
Rho-Associated Protein Kinase (ROCK1) / ROCK1


分子量: 48012.285 Da / 分子数: 4 / 断片: N-TERMINAL AND KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-415 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13464, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物 ChemComp-3ND / (3S,4R)-N-(7-chloro-1-oxo-1,4-dihydroisoquinolin-6-yl)-4-(4-chlorophenyl)pyrrolidine-3-carboxamide


分子量: 402.274 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17Cl2N3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 8.5% PEG3350, 0.1M MES, 50 mM CaCl2, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→46.95 Å / Num. all: 31473 / Num. obs: 31334 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1.7 / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 3.77 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.3-3.423.750.6491.7199.7
3.42-3.553.840.55621100
3.55-3.723.820.4082.91100
3.72-3.913.820.2993.81100
3.91-4.163.810.2025.11100
4.16-4.483.80.146.71100
4.48-4.933.810.1138.31100
4.93-5.643.80.0959.11100
5.64-7.13.750.07511.8199.9
7.1-46.953.520.04623.6196.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.6Lデータスケーリング
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
d*TREKデータ削減
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→42.527 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.51 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 35.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3105 1402 4.48 %
Rwork0.2409 --
obs0.244 31325 99.54 %
all-31334 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 167.506 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.854 Å20 Å25.4019 Å2
2--0.042 Å20 Å2
3----1.896 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→42.527 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12600 0 81 65 12746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112989
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26917545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5544816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781852
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062260
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11D1356X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.169
12C1356X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.169
13A1428X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.176
21D1568X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.209
22B1568X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.209
31D27X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.117
32B27X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.117
33C27X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.41790.37191510.36412966X-RAY DIFFRACTION100
3.4179-3.55470.40671320.36082997X-RAY DIFFRACTION100
3.5547-3.71640.36441420.32362966X-RAY DIFFRACTION100
3.7164-3.91220.38861340.3022993X-RAY DIFFRACTION100
3.9122-4.15710.33811610.2633006X-RAY DIFFRACTION100
4.1571-4.47780.31411430.23752929X-RAY DIFFRACTION100
4.4778-4.92780.29461520.22033001X-RAY DIFFRACTION100
4.9278-5.63950.28331200.21163031X-RAY DIFFRACTION100
5.6395-7.09980.29041490.1973034X-RAY DIFFRACTION100
7.0998-42.53030.24211180.18253000X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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